分子模拟 第一章 绪论（南开孙老师课程笔记）

1.1 分子模拟的概念

名词理解
理论化学 theoretical chemistry
计算化学 computation chemistry

分子模拟（Molecular Modeling） 泛指用于模拟分子或分子体系性质的方法。

计算化学研究的领域：

• 预测分子结构
• 储存和搜索各种化学信息（chemical databases）
• 确定结构和活性的关系（QSPR QSAR）
• 计算辅助分子设计（催化剂 药物设计）

分子模拟过程

• 选择计算方法：量子力学或分子力学
• 计算：如能量最小化，MD或Monte Carlo模拟，构象搜索等
• 分析：计算结果的分析

分子模拟的应用

• 预测尚未合成的化合物的性质
• 更全面的了解分子的性质
• 最终目的是设计

分子模拟（计算化学）计算可以获得什么性质–基于量子化学

• 化学反应过程
• 化合物稳态结构
• 谱图验证及预测
• 分子各种性质
• 热力学分析
• 分子间相互作用
• 激发态

1.2 分子模拟研究现状

计算机的发展–硬件背景
CPU 多核技术
GPU 并行技术
计算机的发展-软件背景

研究内容

• 理论化学
• 应用计算

1.3 本课程