利用f2py实现python调用fortran

利用f2py实现python调用fortran

参考文献

https://docs.scipy.org/doc/numpy/f2py/getting-started.html#the-smart-way

引言

f2py是包含在numpy中的一个工具,可以实现产生fortran程序的python接口功能。

由于fortran函数可能不区分输入输出参数,而python函数是必须区分的,为了明确输入输出参数,f2py有三种使用方式:

  1. 不做任何修改直接执行命令生成python模块。f2py会自己识别输入输出参数,但不一定准确,可能会出错。
  2. 先生成.pyf文件,在其中修改内容指定输入输出后生成python模块。
  3. 修改fortran程序源码加入注释明确输入输出后执行命令生成python模块。

下面详细介绍每种方式的使用流程:

最快的直接使用方式

f2py -c fname.f -m fname

其中fname.f为fortran文件的名字,fname为生成的python模块的名字。

生成.pyf文件的使用方法

f2py fib1.f -m fib2 -h fib1.pyf

使用以上的命令会生成名为fib1.pyf的文件,其内容如下:

!    -*- f90 -*-
python module fib2 ! in 
    interface  ! in :fib2
        subroutine fib(a,n) ! in :fib2:fib1.f
            real*8 dimension(n) :: a
            integer optional,check(len(a)>=n),depend(a) :: n=len(a)
        end subroutine fib
    end interface 
end python module fib2

! This file was auto-generated with f2py (version:2.28.198-1366).
! See http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e/

其主要内容为解析的fortran文件的内容,会列出所有包含的subroutine的标题,参数和参数定义。

生成此文件的目的为可以在其中加入intent(in),intent(out),depend(n)字符来明确参数的输入输出和依赖特性。

修改后的.pyf 文件如下:

!    -*- f90 -*-
python module fib2 
    interface
        subroutine fib(a,n)
            real*8 dimension(n),intent(out),depend(n) :: a
            integer intent(in) :: n
        end subroutine fib
    end interface 
end python module fib2

随后执行如下命令生成python模块。

f2py -c fib2.pyf fib1.f

在fortran源码中加入注释的使用方式

直接在fortran源码中加入注释:

!f2py intent(in) n
!f2py intent(out) a
!f2py depend(n) a

来明确输入输出及依赖,例子如下:

! FILE: FIB3.F
      SUBROUTINE FIB(A,N)
!
!     CALCULATE FIRST N FIBONACCI NUMBERS
!
      INTEGER N
      REAL*8 A(N)
!f2py intent(in) n
!f2py intent(out) a
!f2py depend(n) a
      DO I=1,N
         IF (I.EQ.1) THEN
            A(I) = 0.0D0
         ELSEIF (I.EQ.2) THEN
            A(I) = 1.0D0
         ELSE 
            A(I) = A(I-1) + A(I-2)
         ENDIF
      ENDDO
      END
! END FILE FIB3.F

随后执行命令:

f2py -c -m fib3 fib3.f

即可生成python模块。

生成的具体python函数

在使用过程中,具体生成的python函数需要从运行过程中显示的信息来判断。

与生成函数的参数传递

如果涉及到数组,最好使用numpy模块来解决。

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PythonFortran的混合编程可以通过使用F2PYFortran to Python)工具来实现F2PY是一个用于将Fortran代码转换为Python调用模块的工具,它可以将Fortran代码编译成Python模块,使得Python代码可以调用Fortran代码。 以下是Python封装Fortran的步骤: 1. 编写Fortran代码,并创建一个Fortran模块文件。例如,假设我们有一个Fortran程序文件`test.f90`,其中包含一个名为`add`的子程序,它可以计算两个整数的和。我们可以使用以下命令编译Fortran代码,生成一个名为`test_module.so`的共享库文件: ``` f2py -c -m test_module test.f90 ``` 2. 在Python中导入创建的Fortran模块。可以使用以下代码: ```python import numpy as np from test_module import add a = np.array([1, 2, 3]) b = np.array([4, 5, 6]) c = add(a, b) print(c) ``` 在上述代码中,我们首先导入了Numpy库和我们创建的Fortran模块`test_module`中的`add`子程序。然后,我们使用Numpy创建了两个数组`a`和`b`,并将它们作为参数传递给`add`子程序。最后,我们打印输出结果。 注意,在使用F2PY封装Fortran代码时,需要将Fortran代码中的变量类型和Python中的变量类型进行匹配。同时,还需要考虑Fortran代码中的数组是按列存储还是按行存储的,以及是否使用了Fortran特有的数组下标从1开始的特性。 除了使用F2PY进行Python封装Fortran外,还可以使用Cython、SWIG等工具进行混合编程。这些工具都可以将Fortran代码编译成Python调用模块,使得Python代码可以调用Fortran代码

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