【本体】Protege（平台无关版） Linux上的安装与配置（附Protege5.6.2软件资源）

前言

Protégé软件是斯坦福大学医学院生物信息研究中心基于Java语言开发的本体编辑和知识获取软件，或者说是本体开发工具，也是基于知识的编辑器，属于开放源代码软件。这个软件主要用于语义网中本体的构建，是语义网中本体构建的核心开发工具。

最近由于项目要求，需要在linux系统上部署运行Protege，WebProtege感觉不太好用，官方的linux安装教程（https://protegewiki.stanford.edu/wiki/Install_Protege5_Linux）
也已经过时，链接404了，于是分享下我的安装和配置过程。

下载

在官网-下载处，找到平台无关版（platform independent version）的下载链接，如图中红框所示。若有弹窗点击已注册即可。

考虑到国外下载速度问题，我这里放一个Protege5.6.2的资源。

下载下来是一个zip压缩包，关于如何解压请自行百度。

java环境配置

首先通过

java -version

查看是否已有了java环境，若已自带java环境则会输出java版本。

若没有则需要先安装java环境，根据需要安装Java运行时环境（JRE）或Java开发工具包（JDK），
如果只是要运行该软件不需要开发的话，安装JRE即可。

sudo apt-get install default-jre

或者

sudo apt-get install default-jdk

安装好java环境后，这时候直接在路径下运行./run.sh会遇到报错（./run.sh: line 30: jre/bin/java: No such file or directory）

如图所示：

报错主要的原因是在run.sh中已经写好了java的路径。

如果你安装的java路径与文件中的不一致则会出现这种情况。

解决办法有两种，一种是修改系统的JAVA_HOME环境变量路径，使其能与文件中的路径对应。另一种是直接修改文件中的路径为自己装好的java路径（推荐）。

方法一

方法一是直接修改文件中的路径为自己装好的java路径（推荐）

通过

which java

查看已安装好的java路径

用任意文本编辑器打开run.sh，将对应路径改为上述java路径

修改完成后，在对应路径输入./run.sh，成功运行。

方法二

方法二是修改系统的JAVA_HOME环境变量路径，使其能与文件中的路径对应。

相对方法一比较麻烦，好处是设置好了JAVA_HOME以后其他软件都能用不用再改。

可以通过编辑~/.bashrc文件来配置环境变量。执行以下命令打开该文件：

vim ~/.bashrc

在文件末尾添加以下内容：

export JAVA_HOME=/usr
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

上述第一行export JAVA_HOME=(你实际java路径去掉后面/bin/java)

注意，由于run.sh文件中格式为JAVA_HOME/bin/java,因此这里不用填写完整的java路径，不然会重复，需要去掉后面/bin/java的部分，即/usr.

保存并关闭文件，然后执行以下命令使配置生效：
source ~/.bashrc

修改完成后，在对应路径输入./run.sh，成功运行。