医学知识图谱:精准完备全流程
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医学知识图谱、临床知识图谱
Debroon
万象禅心(这辈子只搞AI+WEB3.0),闲下写点(AI技术,医学影像,医学大模型 & 人性关系底层逻辑,狼性佛心团队建设,引流霸榜营销演说)。
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从电子病历(EMRs)构建医学知识图谱
在本研究中,通过使用中国一家三甲医院的大数据平台,我们构建了一个复杂的医学知识图谱,这个图谱不仅包含多种医学实体类型,还采用了四元组结构代替了传统的三元组结构,以提供更丰富的信息和关系表示。本研究通过使用大规模的数据和先进的分析技术,构建了一个能够全面反映糖尿病及其相关条件的知识图谱,这在以往的研究中是很少见的。在之前的研究中,构建糖尿病相关的知识图谱通常只利用了少量的数据,比如特定的医学文献或者小规模的病例记录。在这些四元组中,第四元素提供了关于关系的额外信息,如症状出现的频率或治疗的具体适应症。原创 2024-04-13 12:04:03 · 756 阅读 · 0 评论 -
PrimeKG:为精准医学分析设计的多模态知识图谱
PrimeKG是为精确医学研究专门设计的一个知识图谱,它集成了来自20个高质量数据源的信息,涵盖17,080种疾病和超过400万种数据关系。这些关系包括了疾病与蛋白质变化、生物过程、身体结构功能以及药物治疗作用等多个层面。与其他知识图谱不同的是,PrimeKG特别强调了包括药物的适应症、禁忌症和非标签用途等通常缺失的药物-疾病关系。原创 2024-04-13 10:04:02 · 702 阅读 · 0 评论 -
RCTKG:针对用户的罕见病临床试验知识图谱
RCTKG的规模和内容节点和边:知识图谱中有2,216,062个节点和8,437,108条边。节点代表数据点,比如临床试验、疾病等;边则代表节点之间的连接或关系。罕见病与临床试验的关联:这个图谱包含了2,086种被称为GARD的罕见病,这些疾病与一个或多个临床试验有关联。如何使用RCTKG通过编程方式,研究人员可以从这个知识图谱中提取关于临床试验的信息,这支持了罕见病的研究和治疗方法的开发。知识图谱的完善状态当前状态。原创 2024-04-13 09:21:33 · 675 阅读 · 0 评论 -
PBXAI:将疾病预测转为沿知识图谱的随机游走
表格展示了每种预测疾病的概率以及相应的转移概率,例如,患者从现在的高血压、糖尿病、肥胖、贫血状态,预测未来可能继续患有高血压(自循环概率0.88)、糖尿病(自循环概率0.81)、贫血(自循环概率0.87);然后,一个数学对象沿着知识图谱行走,从一个患者实体开始行走,该实体根据患者当前的疾病或者风险因素连接知识图谱,停止在疾病的实体,数学对象的生成轨迹表示患者的疾病发展路径,对象的行走策略由强化学习模块控制,该模块由电子健康记录数据训练。这个图展示的是一个算法的伪代码,具体是疾病预测和路径推理的算法。原创 2024-04-12 17:30:41 · 796 阅读 · 0 评论 -
怎么构建医学临床知识图谱?
因此,面对一个具体的患者,医生可能会选择一个基于个人偏好而不是最佳证据的治疗方案,这可能不是最优的选择,从而影响治疗效果和患者的长期健康。临床知识图谱不仅作为一个信息的整合者,还充当了一个智能的推理工具,它能够基于现有的知识和数据生成新的假设和见解,帮助找到新的治疗方法。然后,CKG还考虑了张阿姨的生活方式,提出了一系列个性化的饮食建议和运动计划,这些都是专门为她的情况量身定制的。最后,CKG分析了这种新药物可能的副作用和张阿姨目前正在服用的药物之间的交互作用,以确保新方案的安全性。原创 2024-04-11 14:58:49 · 595 阅读 · 0 评论 -
【医学知识图谱 自动补全 关系抽取】生成模型 + 医学知识图谱 = 发现三元组隐藏的关系实体对
模型接着在学习到的潜在空间中探索,并生成新的疾病与症状实体对,如生成了一个未在训练数据中直接观察到的实体对:“缺乏维生素D”(疾病实体)和“骨痛”(症状实体)之间的“引起”关系。这个过程使CRVAE能够学习如何从训练数据中捕捉到医疗实体对之间的复杂关系,并将这种理解用于生成新的、潜在的医疗实体对,这可能有助于发现之前未知的医疗关系。模型的这种生成能力特别适用于数据稀疏的领域,比如医疗实体关系发现,其中许多潜在的关系可能尚未被发现或记录在现有的医疗数据库中。原创 2024-02-13 22:32:48 · 833 阅读 · 0 评论 -
BioMedKGs:算法生成医学知识图谱,解决构建和维护工作量巨大问题
在关系识别方面,BIOS能够识别和表示生物医学概念之间的复杂关系,例如,它可能包含一个关系三元组[阿司匹林, 可治疗, 发热],其中"可治疗"是连接阿司匹林和发热两个概念的关系,展示了BIOS如何用于自动诊断、问答和药物发现等多种AI任务。:我们从文献中收集关于肺结核的术语和短语,并为每个术语建立索引。比如,在BIOS中,“2型糖尿病"这一概念可能会以多种形式和名称存在,如"2型糖尿病”、“II型糖尿病”、“2型糖尿病糖尿病”、“T2DM”、“非胰岛素依赖型糖尿病”、"NIDDM"等。原创 2024-03-31 17:46:40 · 1301 阅读 · 0 评论 -
【医学大模型】TECHGPT-2.0:大模型加强医学知识图谱
通过集成两个7B规模模型和一个QLoRA模型权重,TechGPT-2.0旨在提高模型在构建知识图谱任务上的性能,这包括但不限于提高实体识别(NER)和关系提取(RE)的准确性。传统的大型模型在处理长文本时可能会遇到性能瓶颈,尤其是在注意力机制对长距离依赖捕捉的限制上。TechGPT-2.0通过引入QLoRA和位置插值方法来优化长文本的处理,从而能更好地处理更长的输入序列。TechGPT-2.0的结构和训练方法被优化,以更好地适应特定任务,如知识图谱构建,这通常涉及对特定领域的深入理解。原创 2024-02-26 09:17:48 · 1172 阅读 · 0 评论 -
统一大语言模型和知识图谱:如何解决医学大模型-问诊不充分、检查不准确、诊断不完整、治疗方案不全面?
之前大模型只能给出一个方向性的诊断。在真实世界的临床应用实践上,最后要给出具体疾病的临床分型和分期。从结构的角度出发,利用整体和部分的关系,有序地思考,正确决策,更有助于深度分析思考。医学大模型相当于一个模式识别系统,能迅速反应出 XX 特征 是 XX 疾病。大模型最大的问题就是它的模糊和宽泛,给出的检查方案经常有缺失和缺漏。这种结构化的完备能力,我们能通过 5 种专业的知识图谱实现。但是 ta 做不到完备的、全流程的医生治疗过程。大模型给出的治疗方案往往也是偏方向性的。偏离主诉和没抓住核心。原创 2023-12-16 19:05:11 · 1204 阅读 · 0 评论 -
【医学大模型 数据增强】GPT4 生成多样性医学语料模版,医疗知识图谱抽取实体,填充语料模板
代入角色>假定你是深度学习领域的一位资深训练专家,目前你面临的任务是创建一套用于意图识别的数据集。特别是,在关于“疾病定义”的问题分类中,你发现现有的训练语料库显得相当匮乏。因此,你的目标是为这一特定类别扩充更多的训练样本。为了使问题样本更加多样和口语化,你需要构造各式各样的询问句,这些句子长度不一,风格各异,以避免重复的表达形式。在构建的语料模板中,将用[disease]来代替具体的疾病名,[symptom]用来代替具体的症状,[department]则代表相关的医疗科室。原创 2024-03-21 09:47:01 · 1717 阅读 · 2 评论 -
MPIKGC:大语言模型改进知识图谱补全
知识图谱就像一个大数据库,里面有很多关于不同事物的信息,这些信息是以三元组的形式存在的,比如(人物,关系,事物),如(Ian Bryce,制片,变形金刚:月黑之时)。基于描述的KGC方法通过分析文本描述来理解实体和关系,而大型语言模型则为这些方法提供了一个强大的工具,可以深入挖掘文本中的知识,帮助填补知识图谱中的缺口。:通过这样的操作,我们不仅补充了单个疾病的信息,还在不同疾病之间创建了新的联系,有助于揭示它们之间可能的共同生物学机制或治疗方法的对比。原创 2024-03-18 22:06:22 · 1448 阅读 · 0 评论 -
用临床知识图谱 + 医学文本向量库,设计一个医疗诊断系统
两大类深度学习模型,分别用于不同的自然语言处理(NLP)任务:词嵌入模型是一类用于将单词、短语或者文档转换为向量形式的模型。这些向量捕捉了单词之间的语义关系,如相似性或上下文关联。例如,text2vec、M3E等模型能够将文本中的每个单词映射到一个高维空间中的点,这个点的位置与单词的语义密切相关。通过这种方式,模型能够理解和处理自然语言,为诸如文本分类、情感分析等任务提供基础。举个例子:在词嵌入模型中,"king"和"queen"这两个词虽然是不同的,但它们在向量空间中的位置会非常接近,因为它们有着相似的上原创 2024-04-09 17:30:46 · 1047 阅读 · 0 评论 -
【大模型信息抽取】KnowLM:知识图谱 + 大模型,实现更有效的信息抽取和知识管理
结构化输出格式(s_format)可以为:“{‘head’: ‘头实体’, ‘relation’: ‘关系’, ‘tail’: ‘尾实体’}”。右侧更专注于指令数据集,包括实体识别(NER)、关系抽取(RE)、事件抽取(EE)等NLP任务,以及各种中文和英文的数据集。左侧用于预训练的数据集,包括中文(红色)、英文(绿色)、代码(蓝色),以及这些数据的处理步骤,如分词、清洗等。目前需要从大量文本中,抽取信息,构建知识图谱,加强和补足大模型的专业能力,避免胡说八道、宽泛模糊问题。原创 2024-02-02 09:47:32 · 3639 阅读 · 0 评论 -
基于多数据源融合的医疗知识图谱框架构建研究
医疗大数据通常包括规范的电子病历、医疗健康社区中的用户生成内容(UGC)、医疗词典资源和相关政策文件等,这些数据根据其表现形式,可以被分为结构化数据、半结构化数据和非结构化数据三类。中文医疗知识图谱的构建过程,包括多数据源融合、医疗文本数据处理、医疗实体识别、实体及实体关系标注、实体链接与知识融合、实体关系抽取、知识图谱表示及存储和图谱的动态构建等关键技术环节。:收集到的数据需要进行清洗和预处理,包括格式统一、去除噪声数据、数据分词和词性标注等,以提高数据质量,为后续的实体识别和关系抽取打好基础。原创 2024-04-02 10:52:47 · 960 阅读 · 0 评论 -
【医学实体识别】从糖尿病论文和临床指南中,做关键信息分类
BiLSTM层的输出是每个单词对于不同实体类别的分数(例如B-Person表示一个人名的开始,I-Person表示人名的内部,B-Organization表示组织名的开始,I-Organization表示组织名的内部,O表示不属于任何实体类别)。例如,当处理用户的医疗咨询问题时,可以利用这个实体识别模型来分析问题文本,识别出里面提到的医疗实体,然后根据这些实体和知识图谱中的信息进行匹配,找到最合适的答案或建议给用户。在这句话中,命名实体识别(NER)的任务是识别并分类句子中的关键信息。原创 2024-03-25 11:23:59 · 824 阅读 · 5 评论 -
【医学大模型 动态知识图谱】AliCG概念图 = 知识图谱 + 实时更新、细粒度概念挖掘、个性化适应
AliCG的部署方法通过文本重写、概念嵌入和概念化预训练,提升了信息检索质量、神经网络的概念学习能力以及模型的预训练效果,这些方法分别针对信息检索中的文本理解、深度学习模型的概念理解能力和预训练阶段的知识注入问题,提供了有效的解决方案。这两张图表共同展示了阿里巴巴开发的概念图的复杂和动态性质,用以提高语义搜索能力。与以往的方法不同,这种方法利用用户行为来估计给定实例的概念置信分数,通过统计用户的搜索和点击行为来估算概念置信度,并结合隐式和显式用户行为的数据,构建一个动态演变的分类体系。原创 2024-02-13 15:04:50 · 2020 阅读 · 0 评论 -
【大模型 知识图谱】ChatKBQA:KBQA知识图谱问答 + 大模型
生成阶段说明了ChatKBQA如何使用训练数据(自然语言问题与对应的逻辑形式)通过指令调优来fine-tune开源LLMs。展示了输入的自然语言问题是如何经过fine-tuned的LLM和beam search来生成候选的逻辑形式。检索阶段展示了如何从知识库中检索与候选逻辑形式相匹配的实体和关系。介绍了无监督检索的使用,如SimCSE、Contriever和BM25,来优化逻辑形式,并最终生成可以执行的SPARQL查询。原创 2024-02-18 19:17:30 · 1537 阅读 · 0 评论 -
HyKGE = 预检索阶段生成假设性输出 + 知识图谱深入探索 + 信息片段重排序,解决了查询不完整性、准确度和深度不足、展示不佳问题,提升了答案的准确性、相关性和体验。
基于现有方法的局限性,作者提出了假设知识图谱增强(HyKGE)框架,该框架旨在通过结合知识图谱和LLMs,利用LLMs的零样本能力和预训练知识来弥补用户查询的不完整性,从而提供更准确和可靠的回答。通过上述四个子解法的组合运作,HyKGE框架能够有效地处理用户查询的不完整性,精准地从知识图谱中检索和整合信息,同时过滤掉噪声,最终提供准确、相关且高质量的回答。通过这种逐步拆解的方式,HyKGE框架利用LLMs的强大生成能力和知识图谱的准确性,有效处理了用户查询的不完整性,提高了回答的准确度和用户体验。原创 2024-03-31 23:13:18 · 873 阅读 · 0 评论