使用sra toolkit,hisat2,stringtie进行有参考基因组的拼接
本文以SRR7663112为例,分为以下几步
建立工作目录 $ mkdir 221 && cd 221,目录下有五个子目录分别为
a)$ mkdir genes ——存放基因注释 *.gff
b) $ mkdir genome ——存放完整基因 *.fna
c)$ mkdir indexes ——存放索引 *.ht2 和用来抽取索引的extract_exons.py,extract...
原创
2018-11-17 17:49:54 ·
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