Python使用ICC

1. 环境配置
2. 安装R
3. 安装rpy2
4. 安装ICC
5. 代码测试

 1.环境配置，我这边使用的是Conda创建的虚拟环境，由于rpy2这个包只能在3.7及以下安装，所以新建了个3.7的python虚拟环境

conda create --name testEnv python==3.7

conda activate testEnv

pip install rpy2

如果安装过程中出现以下问题，就去先装R

2.安装R  直接去官网安装 The Comprehensive R Archive Network (r-project.org)

安装过程傻瓜式下一步就行。我这边是安装在E盘了。

安装之后需要配置一下环境变量

在Path中加如R的安装bin路径

配置完这个，应该就可以用pip安装上rpy2了

3.安装rpy2

 之后再添加两个环境变量

新建R_HOME  是R语言的安装路径

新建R_USER  是rpy2的安装路径

 4.安装ICC

打开Rgui.exe执行文件，Rgui.exe文件一般在你安装的R语言的路径下/bin/x64中，如下图：

 

 菜单栏选择 程序包–》 安装程序包–》然后在弹出的框中首先选择安装的源，最好选择国内源，速度快。然后再选择你要安装的包即可。ICC安装成功后，会打印出二进制程序包的地址。

5.至此，准备工作就做完了。下边可以进行代码测试

from rpy2.robjects import DataFrame, FloatVector, IntVector
from rpy2.robjects.packages import importr
from math import isclose

groups = [1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 6, 7, 7, 7, 7, 8, 8, 8, 8]

values = [1, 2, 0, 1, 1, 3, 3, 2, 3, 8, 1, 4, 6, 4, 3, 3, 6, 5, 5, 6, 7, 5, 6, 2, 8, 7, 7, 9, 9, 9, 9, 8]

r_icc = importr("ICC")

df = DataFrame({"groups": IntVector(groups),"values": FloatVector(values)})

icc_res = r_icc.ICCbare("groups", "values", data=df)

icc_val = icc_res[0] # icc_val now holds the icc value

# check whether icc value equals reference value

print(isclose(icc_val, 0.728, abs_tol=0.001))