天意生信云-CSDN博客

原创必看！Seurat赋能 Xenium空间转录组学分析全攻略

作为10x Genomics推出的一项先进空间转录组学技术，能够在单细胞分辨率的基础上，精确地检测和定位组织切片中基因的表达情况。通过结合分子检测的灵敏度与空间定位的准确性，Xenium为深入研究细胞在复杂组织环境中的空间位置及其功能和相互关系提供了强大的工具。接下来的内容将以代码为主线，逐步梳理使用Seurat处理和分析此类数据的流程。官方教程： https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_spatial_vignette_2。

2025-05-19 10:26:33 483

原创探索细胞轨迹：SpaTrack如何利用最优传输理论解析细胞动态

SpaTrack是空间转录组技术中用于重建细胞动态变化轨迹的工具包。它巧妙地融合了基因表达信息和空间坐标，利用最优传输理论（Optimal Transport）来推断空间转录组数据中的细胞轨迹。本文以损伤后蝾螈脑再生细胞的空间数据为例，详细阐述了SpaTrack的核心原理和标准分析流程。学会SpaTrack的使用，你也能以更低的计算内存和负载重建精细的细胞生命轨迹。

2025-05-11 20:54:48 645

原创 R包安装又报错？别慌！这份生信人专属避坑指南请收好 (oligo, DMwR, catboost, extraTrees...)

继上一期分享R包安装策略后【】，我们注意到特定包的安装细节仍是许多研究者面临的挑战。基于近期收到的用户咨询反馈，oligo包怎么装才能顺利读取芯片数据？DMwR包用哪种方法（CRAN归档、Conda或GitHub）安装最稳妥？如何直接从指定URL安装 catboost？以及，安装extraTrees时，如何从根源上解决因 rJava 依赖（特别是 libjvm.so 缺失）导致的失败？此外，如果你需要安装特定版本的Matrix包或其他包，本篇也提供了清晰的指引。

2025-05-11 20:52:57 636

原创三代测序技术100问（1）：NGS与第三代测序，如何做出明智选择？

回到最初的问题：NGS与TGS，如何抉择？李博士的建议是：没有绝对最优的技术，只有相对最适的方案。清晰定义研究问题：您的核心科学目标是什么？是组装未知基因组，还是检测已知基因的点突变？是关注整体基因表达水平，还是精细解析转录本异构体？评估样本与资源：样本的复杂性、基因组大小、可用核酸量以及项目预算，都是必须考虑的现实因素。如同选用工具箱中的工具，锤子与螺丝刀各司其职。在测序技术的选择上，深入理解各项技术的优劣势，精准匹配研究目标和资源条件，才能做出最明智的决策，让技术真正赋能科学发现。下一问预告。

2025-04-18 20:34:31 936

原创单细胞分析 | Seurat 和 H5ad 对象互换不再麻烦！scKidney 一键搞定！

在进行单细胞数据分析的时，一个普遍存在的问题是，许多优秀的分析工具分散在 R 和 Python 两大生态系统中。R 语言的 Seurat 包凭具有强大的整合分析能力和丰富的可视化功能；而 Python 语言则在深度学习、大规模数据处理等方面展现出独特优势，其 AnnData (H5ad) 格式也因其高效的存储和交互性而备受青睐。这种工具链的分裂导致研究者在不同平台间切换时，常常面临数据格式转换的难题。

2025-04-18 20:31:20 839