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原创 利用structflow 一秒钟建立nanotube结构并生成cif文件
废话不多说,直接上效果图推荐大家一个建立tube模型的软件 structure-flow,安装方法非常简单pip install pymatflow把结构随便找个文件夹放下,然后直接sflow tube -i 1T.cif -o tube.cif直接出结构...
2021-05-02 23:04:27 1070 1
原创 Deepmd-lammps在集群上的编译方法(以南方科大的集群为例)
Deepmd是一款高效的神经网络势函数训练软件,只需要有一些Linux和基本的lammps分子动力学基础的使用者即可上手。Deepmd具有很好的lammps接口。但是对于初学者而言,deepmd-lammps编译不是一件容易的事,编译过程中的坑非常非常多。即便deepmd官网上手册中有打包好conda包,但由于不同的编译环境,编译出来的结果有可能是报错的。除此之外,官网的一键安装包在编译过程中没有采用intel的加速功能,实际测试与本方法相比速度慢了大约1倍左右(原因是因为lammps官网有个加速的包...
2021-04-22 22:36:24 4881 5
空空如也
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