对比两个文件中的文件，把A与B对比后，重复的复制到C文件夹

A是主程序文件夹（文件多齐全），文件齐全。B中文件夹内文件出现异常（网站运行的程序文件），现在需要把B文件夹内的异常文件替换掉。

可以使用PHP的scandir()函数遍历文件夹中的文件，然后使用file_exists()函数判断文件是否存在，如果存在，则可以使用copy()函数将文件从A文件夹复制到C文件夹。

具体实现代码如下：

function compareFolders($folderA, $folderB, $folderC) {
    $filesA = scandir($folderA);
    $filesB = scandir($folderB);

    // 遍历文件夹A中的文件
    foreach ($filesA as $fileA) {
        if ($fileA != '.' && $fileA != '..') {
            $pathA = $folderA . '/' . $fileA;
            $pathC = $folderC . '/' . $fileA;

            // 如果文件夹B中不存在该文件，则复制到文件夹C
            if (!in_array($fileA, $filesB)) {
                copy($pathA, $pathC);
            } else {
                // 如果文件夹B中存在该文件，则比较文件内容是否相同
                $pathB = $folderB . '/' . $fileA;

                if (md5_file($pathA) != md5_file($pathB)) {
                    copy($pathA, $pathC);
                }
            }
        }
    }
}

在上面的代码中，首先使用scandir()函数遍历文件夹A和文件夹B中的文件，并使用in_array()函数判断文件夹B中是否存在该文件。如果文件夹B中不存在该文件，则使用copy()函数将文件从文件夹A复制到文件夹C。

如果文件夹B中存在该文件，则使用md5_file()函数比较文件内容是否相同，如果不同，则将文件从文件夹A复制到文件夹C。

使用示例：

$folderA = 'path/to/folderA';
$folderB = 'path/to/folderB';
$folderC = 'path/to/folderC';

compareFolders($folderA, $folderB, $folderC);

其中，$folderA为待比较的文件夹A，$folderB为对比的文件夹B，$folderC为结果保存的文件夹C。