【R绘图】
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R语言ggplot2 | 热图+随机森林重要性!升级版~
定义了ggrf_ggcor_plot()函数,该函数能够做到一键生成随机森林+热图。原创 2024-03-22 19:20:29 · 1282 阅读 · 1 评论 -
跟着Nature Communications学作图:纹理柱状图+添加显著性标签!
跟着NC学作图:纹理柱状图+显著性添加!原创 2023-11-01 23:01:07 · 1325 阅读 · 0 评论 -
跟着Nature正刊学作图 | 双轴柱状+折线散点图!
R语言双轴图!原创 2023-10-31 22:10:00 · 648 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | R语言绘制物种组成面积图(三)
面积图又叫区域图。它是在折线图的基础之上形成的, 它将折线图中折线与自变量坐标轴之间的区域使用颜色或者纹理填充,这样一个填充区域我们叫面积。颜色的填充可以更好地突出趋势信息(比如时间上的差异,分类上的差异),需要注意的是颜色要带有一定的透明度,透明度可以很好地帮助使用者观察不同序列之间的重叠关系,没有透明度的面积会导致不同序列之间相互遮盖减少可以被观察到的信息。与折线图相似,面积图可用于强调数量随时间或分类而变化的程度,也可用于引起人们对总值趋势的注意。他们最常用于表现趋势和关系,而不是传达特定的值。原创 2023-08-10 11:09:00 · 1344 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | R语言绘制物种组成冲积图(一)
不存在左右先后顺序,不存在箭头表示先后,左右的位置可以随意互换。左/右位置没有特别的意义,尺寸可以按任何顺序排列。原创 2023-04-25 13:34:52 · 422 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | R语言绘制物种组成堆叠柱状图(二)
堆叠柱状图可以形象地展示一个大分类包含多个小分类的数据,以及各个小分类的占比,显示的是单个分类与总体间的关系。常见的堆叠柱状图:每个柱子上的值分别代表不同的数据大小,各子分类的数据总和代表整根柱子的高度。适用于比较每个分组的数据总量。百分比堆叠柱状图:柱子的各个层代表的是该类别数据占该分组总体数据的百分比。适用于比较各组间的相对变化。原创 2023-04-25 13:32:25 · 3349 阅读 · 1 评论 -
R语言ggplot2 | 修改ggplot主题
与其他软件相比,R语言善于绘图,并且绘图质量极高,其中ggplot2作为R语言绘图神器更是被频繁使用。ggplot2绘图系统拥有图例调整系统、主题调整系统、标签调整系统。但是在实际应用中,我们常因为美化图形主题而感到麻烦,这里面主要是因为记不住复杂的主题调整参数。因此就想,有没有一个能够像Excel那样使用鼠标进行傻瓜式的点点点就可以修改图形。今天在这里向大家介绍一个简单快捷的方法——在实际的ggplot使用中,主题参数众多,我们在可以看到theme的参数众多且复杂。原创 2023-04-21 23:21:50 · 1165 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | 给图片添加上下标
每次都用PPT来调整图中的细节很麻烦,今天分享R语言添加下标、上标,并且探索在不同位置图元素添加上标和下标。原创 2023-04-21 23:12:27 · 2784 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | 绘制随机森林重要性+相关性热图
在文献中,我们经常遇到随机森林和相关性热图的组合图片(下图),它由一幅叠加变量重要性圆圈的相关性热图和一幅说明因变量被解释程度的条形图组成。今天,我们将试着用自己的数据在R里面去复现这类图。原创 2023-04-19 00:15:36 · 8038 阅读 · 9 评论 -
R语言ggplot2 | 三元图
三元图,顾名思义,是一个等边三角形式的图像,它将本该是三维的x,y,z三轴转化为二维的三角形展示出来,三角形的三个角可以是一个或者一组样本,通过观察三角形中点的位置判断样本在三组间的分布状况。通常这类图用于展示组学数据(进行差异表达基因的分析),作为延伸,也可以用来分析微生物16S/ITS/18S扩增子宏基因组数据,并且可以结合火山图分析,探究微生物在三组样本间的富集状况。原创 2023-04-02 21:49:14 · 946 阅读 · 2 评论 -
R语言ggplot2 | 告别AI和PS,地表最全R语言拼图
R语言能够完成拼图的包应该有多种。本篇博文中,我给大家总结了地表最常用的四种拼图包,分别是patchwork、cowplot、ggpubr、customLayout。这几个拼图包都可以与绘图神器"ggplot2"包完美的结合,必须掌握。只要我们把这几个包都掌握了就可以与AI、PS真正地say goodbye了~原创 2023-04-01 19:11:21 · 1563 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | 多图排版
本次分享的例子使用R自带的数据集mtcars,画散点图和箱线图等。如何对多张图进行排版~原创 2023-03-08 23:54:21 · 3073 阅读 · 3 评论 -
R语言ggplot2 | 用百分比格式表示数值
在 R 中将数字格式化为百分比的最简单方法是使用 scales 包中的 percent() 函数。# 此函数使用以下语法: percent(x , accuracy = 1)不懂的函数可以先help或者?函数名(前提需要先加载对应R包)介绍主要的参数:x : 要格式化为百分比的对象accuracy : 要四舍五入的数字。例如,使用 .01 舍入到小数点后两位。原创 2023-03-08 21:47:14 · 2872 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | 浅谈ggplot2包的学习逻辑
浅谈ggplot2包的学习逻辑~希望对大家有所帮助原创 2023-02-12 22:48:47 · 562 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | 如何绘制美观的散点图
利用ggplot2包及相关包描绘美观且有用的散点图。散点图是一种常用的图形,可以直观展示回归分析中数据的分布和聚合情况(因变量随自变量而变化的大致趋势,进而找到变量之间的合适函数关系)。我们经常看到用散点图表示线性回归关系,进行预测分析,进而做出科学的决策。变量之间的关系有很多,如线性关系、指数关系、对数关系等等,当然,没有关系也是一种重要的关系。原创 2022-10-27 09:28:36 · 3710 阅读 · 0 评论 -
R语言ggplot2 | PCA分析及其可视化
R语言主成分分析及其可视化(PCA分析)~原创 2022-10-27 09:05:05 · 3838 阅读 · 5 评论 -
自定义函数 | R语言偏相关分析及绘图
在多个变量中,排除了一个或若干个控制变量的影响后,直接计算两个变量之间的相关程度。这更有助于准确理解变量间的相互影响、相互作用的关系。通俗点说,如果我们的数据集中有A,B,C,D,E五个变量,其中E为响应变量。当我们分析A,E间的相关性时,可能B的变化会同时引起A,E的变化。消除了B影响后的相关,称为偏相关。偏相关分析的主要作用在于,在所有的变量中,判断哪些解释变量对响应变量的影响较大,从而选择作为必需的解释变量,至于那些对响应变量影响较小的自变量就可以舍去而不予考虑。原创 2022-10-24 01:03:51 · 7319 阅读 · 6 评论 -
R语言ggplot2 | 循环画图及导出
展示数据的方式有很多,图形无疑是最佳的方法之一,因为图形能更直观地展示数据的变化规律。ggplot2是R语言绘图功能最强大的R包之一,大家肯定非常熟悉,但平时绘图的时候可能需要画同类型图很多次,因此循环绘图是很有必要学习和掌握的。今天主要与大家分享ggplot循环画图及保存导出。原创 2022-10-16 09:27:56 · 4738 阅读 · 3 评论 -
R语言ggplot2 | 如何自定义facet分面的坐标轴范围
ggplot绘图,利用geom_blank()函数 或 ggh4x包facetted_pos_scales( ) 函数来解决facet分面中y轴的自定义范围问题~原创 2022-03-18 13:32:19 · 8400 阅读 · 5 评论