【容器技术】详解华为云基因容器服务GCS

基因测序面临成本高、效率低和门槛高的挑战。华为云推出基因容器服务GCS,基于Kubernetes,提供三层架构解决这些问题。GCS利用容器技术简化软件管理和流程控制,实现资源高效利用,支持并发和动态任务切割,降低基因测序的时间和成本。此外,GCS提供图形化流程设计器和多集群管理,助力基因科学领域的创新和发展。
摘要由CSDN通过智能技术生成

基因测序,作为“下一个能够改变世界”的技术,已经由实验室研究演变到临床使用,为人类预测罹患多种疾病的可能性,提前预防和治疗疾病提供了一套可靠的方法和手段。而基于基因测序在预防和治疗疾病方面的准确和可靠,基因测序也因此成为了精准医疗的基础。据预测,基因测序市场未来五年复合增长率在35%左右,2022年有望突破300亿美元。

基因测序的难题

然而,虽然基因测序市场火爆异常,但实际上,对于基因测序厂商来说,目前面临着很多的困难和挑战,具体而言,最主要的就是成本高、效率低、门槛高。

成本高

所谓成本高,是指基因测序的基础设施成本和运营成本高。不同于传统的常规计算,基因计算,需要对海量的数据进行非常复杂的计算。测算一个人的基因,就需要对30亿对的DNA进行测算,涉及的算法包括映射、过滤、去重、排列、索引、压缩、重校验等等,以HiSeq X10测序仪产生的数据为例,一个人30x全基因组样本数据FASTQ文件就会达到200GB ,中间数据sam文件大小将超过600GB。这无论对于服务器的计算还是存储能力都提出了很高的要求,从而导致IT基础设施成本居高不下。同时,对这些IT基础设施的维护,也会带来大量的运维成本。

效率低

效率低首先是指计算的效率低,基因测序将会耗费大量的时间,据悉,人类历史上的第一次的基因测序耗费了6个国家,10年的时间才最终完成,而即使在科技已经日新月异的今天,如果采用传统的IT架构和计算框架,在基因数据的分析和解读方面平均也会需要30+小时,这是一个很低的计算效率。其次,是指资源利用率低。基因测序业务有明显淡旺季之分,通常旺季业务是淡季的数倍ÿ

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