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原创 关于单细胞转录组多样本整合的一些粗浅理解
当自己正在进行多样本的单细胞转录组流程的时候,常常看见有人问:质控是对每一个样本都进行一遍后,再进行整合;还是说先把所有样本先整合起来,再一次性进行质控。结合大牛的回答,我认为:都可以,因为质控是根据每个细胞样本的线粒体基因,红细胞基因,核糖体基因占改细胞所有已测出的转录组的比例进行cutoff的。质控的基本单位是细胞,无论是先质控后整合(merge),还是先整合再质控都是按照一个细胞为基本单位进行。
2024-02-26 15:47:33
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原创 生信学习笔记--单细胞转录组细胞注释
细胞注释是进行深入分析的第一步,但是却受到基础分析的严重影响。细胞类型注释之前必须严格进行细胞质控,低质量和双细胞的存在会严重干扰注释进程。其次,也要选择一个合适的聚类精度,精度低:稀有细胞类型可能与更大的簇合并,或者相关的细胞亚型可能相互合并;精度高:单个细胞类型可能被分割成多个clusters,具有很少的独特标记,这通常是实验噪声而不是区分的结果,如果一个cluster识别到了多个细胞类型,可以提高分群精度或者在分群分析。
2024-02-26 13:22:15
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原创 生信学习笔记(二)
3. 更新集合:使用`update()`方法来更新集合,可以传入一个集合、列表或者其他可迭代对象。2. 删除元素:使用`remove()`方法或者`discard()`方法来删除指定的元素。2. 删除键值对:使用`del`关键字或者`pop()`方法来删除指定的键值对。3. 更新键值对:使用赋值操作或者`update()`方法来更新已有的键值对。Python中的字典和集合都是可变的数据类型,可以进行增加、删除和更新操作。1. 增加键值对:使用赋值操作或者`update()`方法来增加新的键值对。
2024-01-20 13:54:29
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原创 生信学习笔记(一)
1、 列表[]:类似R语言的向量,可以放int,string,logic等类型数据,是一个动态数据类型,与元组来说,是一个比较动态自由的数据类型,可以进行以下操作:append, inser,remove等操作增删改。pop()方法用于删除指定索引位置的元素,并返回被删除的元素。需要注意的是,`reversed()`返回的是一个迭代器对象,如果需要转换成列表,需要使用`list()`函数将其转换成列表。因此,pop()方法是根据索引位置来删除元素的,而remove()方法是根据元素的值来删除元素的。
2024-01-18 19:27:26
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空空如也
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