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RSS订阅原创 关于单细胞转录组多样本整合的一些粗浅理解
当自己正在进行多样本的单细胞转录组流程的时候，常常看见有人问：质控是对每一个样本都进行一遍后，再进行整合；还是说先把所有样本先整合起来，再一次性进行质控。结合大牛的回答，我认为：都可以，因为质控是根据每个细胞样本的线粒体基因，红细胞基因，核糖体基因占改细胞所有已测出的转录组的比例进行cutoff的。质控的基本单位是细胞，无论是先质控后整合（merge），还是先整合再质控都是按照一个细胞为基本单位进行。
2024-02-26 15:47:33
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原创 生信学习笔记--单细胞转录组细胞注释
细胞注释是进行深入分析的第一步，但是却受到基础分析的严重影响。细胞类型注释之前必须严格进行细胞质控，低质量和双细胞的存在会严重干扰注释进程。其次，也要选择一个合适的聚类精度，精度低：稀有细胞类型可能与更大的簇合并，或者相关的细胞亚型可能相互合并；精度高：单个细胞类型可能被分割成多个clusters，具有很少的独特标记，这通常是实验噪声而不是区分的结果，如果一个cluster识别到了多个细胞类型，可以提高分群精度或者在分群分析。
2024-02-26 13:22:15
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原创 生信学习笔记（二）
3. 更新集合：使用`update()`方法来更新集合，可以传入一个集合、列表或者其他可迭代对象。2. 删除元素：使用`remove()`方法或者`discard()`方法来删除指定的元素。2. 删除键值对：使用`del`关键字或者`pop()`方法来删除指定的键值对。3. 更新键值对：使用赋值操作或者`update()`方法来更新已有的键值对。Python中的字典和集合都是可变的数据类型，可以进行增加、删除和更新操作。1. 增加键值对：使用赋值操作或者`update()`方法来增加新的键值对。
2024-01-20 13:54:29
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原创 生信学习笔记（一）
1、 列表[]：类似R语言的向量，可以放int，string，logic等类型数据，是一个动态数据类型，与元组来说，是一个比较动态自由的数据类型，可以进行以下操作：append, inser，remove等操作增删改。pop()方法用于删除指定索引位置的元素，并返回被删除的元素。需要注意的是，`reversed()`返回的是一个迭代器对象，如果需要转换成列表，需要使用`list()`函数将其转换成列表。因此，pop()方法是根据索引位置来删除元素的，而remove()方法是根据元素的值来删除元素的。
2024-01-18 19:27:26
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空空如也
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