1. 安装docker
如果在windows上安装的话,那原先在电脑上的vmware就不能使用了,因此本人这里选择在vmware的ubuntu 18.04虚拟机上安装docker,若事先没有安装vmware的话,可以选择在windows上安装。
ubuntu安装docker代码
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y docker.io
检测docker是否安装成功
docker version
这里可能会有因为用户权限出问题,可以这样解决点击这里。
安装成功就会下面的图片
2. 获取pnet项目文件
拉取pnet项目镜像
docker pull yisnsiy/pnet
拉取后使用下面的命令看看刚刚获取的镜像是否在docker里面了
docker image ls
用pnet 镜像生成容器(pnet_test是要生成的容器名,你可以换成自己的名字,yisnsiy/pnet是所要用的镜像名)
sudo docker run --name pnet_test -idt yisnsiy/pnet
看下创建的容器是否成功
docker ps -a
启动名为pnet_test的容器
docker start pnet_test
进入pnet_test容器
docker exec -it pnet_test /bin/bash
这样就进入装有anaconda和pnet新的系统
3. 运行pnet项目
切换到运行pnet所需的名为pnet_env的虚拟环境
conda activate pnet_env
进入pnet项目的目录
cd /home/code/pnet_prostate_paper
环境和依赖都已经配好了,使用github上的命令运行项目即可
因为docker中系统支持图形化界面比较麻烦,需要对docker的宿主机进行过多操作,而且生成图片的中间数据在此项目中都有,图片也可以在项目所属的github中查看。所以这个项目中不支持查看图片,若有兴趣弄出图形化可以自行捣鼓,此贴为自己捣鼓docker的学习过程的记录。
参考博客
(本人自用)将本地的anaconda环境封装到docker中并导出为压缩包