Macos｜在Jupyter notebook里添加R kernel

以前是windows系统，因为Jupyter notebook的交互和展示更友好，所以直接用Jupyter跑python和R。换macOS之后配置R kernel一直有点问题，记录下踩坑和最终解决方案。

主要参考教程：
jupyter notebook配置IRkernel
jupyter中配置R

预先准备

1. 下载anaconda、R（不一定需要Rstudio）
   直接官网下载系统对应的版本就可以 anaconda R
   检验：mac自带的terminal里输入以下命令，可以返回当前Jupyter版本号

   jupyter kernelspec --version
   

   在terminal里输入R 可以进入R
   

核心步骤

根据教程，在Jupyter里配置R kernel是这两步

# 第一步：安装IRkernel
install.packages('IRkernel')

# 第二步：在jupyter notebook中安装，以下两个按需执行其中一个即可
# 只在当前用户下安装
IRkernel::installspec()
# 或者是在系统下安装
IRkernel::installspec(user = FALSE)

如果在R的终端里可以直接跑通以上命令的话，你很幸运，就不需要看之后的参考了，打开Jupyter应该就能有R kernel

踩坑记录

在实际操作时会不知道这些命令是在终端输入还是在R命令行界面输入，并且一直有各种报错，以下时我踩的坑和解决方案。

坑1：不需要下载anaconda的R

有一些教程包括anaconda的官方教程都会让你在anaconda的prompt终端里用conda install 来下载r及其依赖包，但是我操作时遇到两个问题，一个是用anaconda下载的R和官网下载的路径不同、版本也不同，下载依赖包时有各种报错：
installation of package ‘digest’ had non-zero exit status

（注意，核心步骤里的命令都是在R里执行的，所以需要从终端里先用R命令进入R再执行，不过其实最后发现用不到anaconda下载的这个R）

坑2：在R console里执行IRkernel::installspec()时报错

既然终端无法install IRkernel，我就在R的console里也试了试（不是R studio）。执行install.packages(‘IRkernel’)时没报错，但是下一步出现了如下错误：jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 127.
我明明是下载且能打开Jupyter的，并且我在终端里可以成功执行“jupyter kernelspec --version”

所以我怀疑可能是环境变量之类的问题，导致我的R无法成功连接到Jupyter。

验证

我分别在终端（terminal）的R和R console中执行了R.home()，发现俩R的路径果然不一样
终端的路径
R console的路径

解决方案

1. 在终端里用sudo进入R console所在的那个文件夹
   sudo /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R
   （mac的默认路径应该就是这个，参考上面R.home()的路径，如果不一样的话就对应修改）
   输入用户密码后就可以进入R了
   
2. 此时再执行上述核心步骤的命令，就可以成功下载包并安装了