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生信学习笔记
文章平均质量分 78
新客草草
这个作者很懒,什么都没留下…
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使用efetch从NCBI批量下载数据
如下图,直接使用send to下载全部数据的话,由于数据量过大,会出现中断等情况,所以使用efetch工具下载。原创 2023-03-03 19:26:04 · 1296 阅读 · 0 评论 -
Can‘t locate CPAN.pm in @INC
Can't locate XML/LibXML.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/l ocal/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/原创 2022-12-08 17:57:57 · 941 阅读 · 0 评论 -
GEO芯片数据下载和探针ID转换(保姆级教程)
R语言安装、GEO芯片数据下载、探针ID转换原创 2022-11-25 15:55:42 · 23488 阅读 · 30 评论 -
用R语言做WGCNA分析全步骤二(附代码解读)【转载】
代码逐句分析一、文章来源二、 关联模块与临床特征1.量化module-trait(模块-特征)关系二级目录三级目录一、文章来源初学WGCNA,觉得博主的代码写的很不错,但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解,后查阅了很多资料,终于看明白了,于是写了一篇笔记,记录自己的学习心得,有不准确的地方,还望各位大佬们不吝赐教~原文链接:WGCNA简明指南二、 关联模块与临床特征1.量化module-trait(模块-特征)关系在这个分析中,我们希望识别与临床特征显著相关的模块。由于我们已经有了每个原创 2022-04-11 20:54:10 · 5505 阅读 · 8 评论 -
用R语言做WGCNA分析全步骤一(附代码解读)【转载】
代码逐句分析一、文章来源二、基因共表达网络构建及模块识别1.数据导入、清洗及预处理2.检查过度缺失值和离群样本3.聚类做离群样本检测4.载入临床特征数据三、自动构建网络及识别模块1.确定合适的软阈值:网络拓扑分析2.一步构建网络和识别模块一、文章来源初学WGCNA,觉得博主的代码写的很不错,但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解,后查阅了很多资料,终于看明白了,于是写了一篇笔记,记录自己的学习心得,有不准确的地方,还望各位大佬们不吝赐教~原文链接:WGCNA简明指南二、基因共表达网络构建及模原创 2022-04-09 00:11:19 · 20178 阅读 · 14 评论 -
用R语言做WGCNA分析全步骤
加权基因共表达网络构建安装WGCNA包准备基因表达矩阵离群样本检测安装WGCNA包首先最好下载R4.1.3版本,然后按照这位博主的的方法安装好WGCNA包:WGCNA包安装当你输入library(WGCNA)没有提示错误时,说明安装成功准备基因表达矩阵在做xx(后面以水稻为例)加权基因共表达网络之前,我们需要先获得若干水稻样本中各基因的表达情况,即基因表达矩阵,类似如下图(后期我会开放下载渠道,记得提醒我)第一列表示基因的ID号,第一行表示样本的名称(一共有十个样本),矩阵中的数字表示该基因在原创 2022-04-04 16:57:11 · 7899 阅读 · 0 评论