半自动原点矫正

本文使用半自动的办法进行原点矫正，代码的主要作用是自动打开需要进行原点矫正的文件，随后手动进行原点矫正后，在matlab的command界面，激活光标后，按键盘任意键来打开下一个文件。

下面是matlab代码，分为.m和job.m两个文件。运行时，打开.m文件点击运行，开始进行数据处理。代码如下：

.m文件代码

% List of open inputs
global files filenames sub anat lesi path;
path = 'F:\TWDTIproject\datatoprocess\2NonCMSGroup\1_reoriented_nii'; %待处理的文件目录
files=dir(path);
filenames = {files.name};
for i=3:length(filenames)
    sub = files(i).name;
    anat = fullfile(path,sub,'3DT1.nii,1');  %需要进行原点矫正的图像
    lesi = fullfile(path,sub,'TMASK.nii,1');  %需要同时进行原点矫正的mask
    nrun = 1; % enter the number of runs here
    jobfile = {'F:\TWDTIproject\datatoprocess\reorient_job.m'};
    jobs = repmat(jobfile, 1, nrun);
    inputs = cell(0, nrun);
    for crun = 1:nrun
    end
    spm('defaults', 'FMRI');
    spm_jobman('run', jobs, inputs{:});
    pause()
end

job.m文件代码：

%-----------------------------------------------------------------------
% Job saved on 08-Dec-2022 10:59:42 by cfg_util (rev $Rev: 6134 $)
% spm SPM - SPM12 (6225)
% cfg_basicio BasicIO - Unknown
%-----------------------------------------------------------------------
global anat;
matlabbatch{1}.spm.util.disp.data = {anat};
%matlabbatch{2}.spm.util.reorient.srcfiles = {
                                             %'D:\CMS-MB-multicenter_project\tiantanhospital\testreor\383360\t1.nii,1'
                                             %'D:\CMS-MB-multicenter_project\tiantanhospital\testreor\383360\t1mask.nii,1'
                                             %};
%matlabbatch{2}.spm.util.reorient.transform.transM = [0 0 0 0
                                                     %0 0 0 0
                                                     %0 0 0 0
                                                     %0 0 0 1];
%matlabbatch{2}.spm.util.reorient.prefix = 'ro';

操作过程如下：

step 1: matlab command 界面输入：spm fmri，随后使用matlab打开.m文件，并单击运行

step 2：在系统自动打开第一个文件后，手动矫正原点。①移动光标至前联合；②点击set origin；③点击reorient；④选择需要和T1一起reorient的mask文件，并点击确定；⑤保存.mat文件

step 3: 光标移动到matlab command 界面，并点击激活后，单击键盘任意键，开始循环，打开下一个需要矫正的文件

End