@[TOC]sra-toolkit报错:An error occured: SetCurrentDirectory: 目录名称无效。
注:本篇文章是抱着:总不可能只有我犯这种愚蠢的错误吧! 想法写下的,也给自己记录留个档
sra-toolkit报错:An error occured: SetCurrentDirectory: 目录名称无效。
用如下命令查看fasterq-dump的使用说明
fasterq-dump -h
如图所示,fasterq-dump的作用对象是文件路径
而在此之前,我在使用fasterq-dump命令时,都作用向了具体的文件名,因此报了这个错,所以很简单的做法就是将作用的对象改为包含sra文件的文件夹路径即可
例如
fasterq-dump -O .\SRR2753143 F:\Bioinformatic_data\sra\SRR2753143
-O或是–outdir参数可以指定输出到的文件夹位置
反思:
之前下载数据的时候头铁没有使用prefetch,而是自己用浏览器硬下载下来,这样把所有的sra文件存在了一个文件夹里面,而不是使其每个sra文件单独放在一个以他的sra序号命名的文件夹里面,导致后续程序执行也出了问题。
sra-tools的说明文档较为详尽地介绍了prefetch与fasterq-dump结合获取fastq文件的使用流程。
其中有几个注意点:
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prefetch下载下来的sra文件会默认保存在其同名文件夹中,而即使要移动该文件夹,也不要将该文件夹重命名
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相较于以前的fastq-dump命令,现在的fasterq-dump会默认使用参数–split-3,而且这个命令会比fastq-dump更快。一些两者间的差异如下:
此外,fasterq-dump没有自动压缩的选项了,拆分后的fastq文件需自己转换为gz格式。
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我所参考的批量转换代码:
for i in *sra
do
echo $i
/path/sratoolkit.2.3.5-2-mac64/bin/fastq-dump --split-3 $i
done