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在进行分子动力学模拟的时候，往往需要对于我们关心的热力学、动力学量以及体系结构信息等进行统计。主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力)......

分子动力学基本分析-数密度二维云图及一维分布计算

Matlab处理聚合物质心

拉伸过程的孔隙体积识别

AutoFF+moltemplate快速建模

我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的。根据手册执行命令，这里不再赘述 （注意，测试的data文件为。

孔径分布

孔体积识别

冯米塞斯应力（von Mises stress）云图MATLAB实现

气液固三相线识别

巧用Ovito-液滴接触角曲线识别

液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图

根据选取的原子选择删除范围；附近的原子并且目标原子距离质心。、提取需要删除的原子数据；、随机选取几个原子；

每一帧都对应体系的一个温度状态。也就是每一帧都会存在一个热导率。例如：文献中 Thermal conductivity of glass fiber-reinforced silica aerogels using molecular dynamics simulations，给出的例子。那么如何计算这个随时间变化的热导率呢？...

相比于经典的动力学，即体系一开始模拟需要指定键、角等信息，这样实现化学反应的模拟。反应力场引入了键级的概念，去描述键的断裂和生成。Lammps中也提供了相关的命令输出指定时间内的反应产物，（fix reaxff/species ）那么如何有效的统计反应过程中，产物的变化呢？...

在拍摄电竞的时候，我们通常会对图片进行处理，比如，测量距离等等。那么如何根据现有图片结果，快速测量呢？

matlab处理实验测量接触角

速度⾃关联函数是一个描述系统在某⼀时刻的速度（3N个分量量；N是粒⼦子数）与另一时刻的速度的关联程度的函数。这个函数的自变量是关联时间（correlation time。速度自关联函数可以构成一个张量，但一般只考虑三个方向（对各向同的性系统还可以对三个⽅方向作平均，从⽽而得到一个标量）.........

Matlab实现溶液中球颗粒附近原子识别及颗粒质心运动轨迹

热力学性质的不均匀性导致的热力学过程叫做输运过程，相应的现象叫做输运现象。由于粒子数密度的不均匀性导致粒子的输运（扩散现象）.由于粒子数密度的不均匀性导致粒子的输运（扩散现象）.均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散。均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散。那么如何根据轨迹文件计算MSD呢？那么如何根据轨迹文件计算MSD呢？

我们在分析物理过程，如气体冷凝过程、粉尘降尘等，最重要的一点是如何分析识别团簇。例如，冷凝过程，有几个液滴呢？

任意结构不同粗糙度的表面制作—MATLAB一、根据现有data文件制作不同粗糙度表面1.同样的这里我们需要选择函数作为手动1. 同样的这里我们需要选择函数作为手动1.同样的这里我们需要选择函数作为手动 “工具”\color{red}“工具”“工具”；具体的方法参考拓展阅读内容：2. 这里我们采用一个大的非晶无定形二氧化硅材料作为我们的输入data，也就是素材二、根据不同粗糙度的函数设置参数三、根据不同粗糙度的函数设置参数一、根据现有data文件制作不同粗糙度表面1.同样的这里我们需要选择函数作为手动.

我们通常在计算时，模拟体系内往往会出现，明显的两相，如固-液两相，气-液两相等等。当然，在分子尺度也很难定义什么是固体、什么是液体。例如无定型态，这在分子尺度是固态还是液态呢？当然，这个不是我们讨论的重点，我们的问题是怎么区分这些原子呢？即什么原子属于固体、液态原子？什么原子属于气态？这个方法只适用于两相区分明显的体系，如气液。

这是根据实验拍摄得到的一组连续时间的照片，我们通过。例如把这些图片处理为视频。

弯曲石墨烯Matlab生成1、不同三角函数下的弯曲石墨烯2、读取石墨烯data文件（这里石墨烯请用VMD生成）3、不同三角函数下的弯曲石墨烯脚本4. 全部代码1、不同三角函数下的弯曲石墨烯2、读取石墨烯data文件（这里石墨烯请用VMD生成）%{ This code is to read data from lammps for modification like we get data from MS, however the struction of data is ver

Lammps纳米压痕接触面积计算

Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析一、团簇？Cluster？是什么？二、分子动力学也有聚类算法-Kmean？三、分子动力学轨迹中“噪音”如何处理？四、基于周期性边界的聚类分析（MD-kmean）分析五、基于MD的聚类分析（MD-kmean）中心点如何选取？一、团簇？Cluster？是什么？♠\spadesuit♠团簇，有很多自然现象会出现团簇行为，比如液滴的冷凝，晶体生长等等。♠\spadesuit♠♠\spadesuit♠那么在分子动力学中，整个动力学的运动.

液滴在仙人掌刺上自驱动的过程，如何准确识别固液界面的原子数进行判断？

Lammps 的 Delete_atoms 命令有问题 EXCUSE！？——— Matlab指定百分比删除原子

Matlab处理多层吸附问题

MATLAB 如何识别动态吸附？1. 物理过程-动态吸附2. 读取DUMP轨迹%-----------------------------------------------%% Author：lammps_materials@163.com %%-----------------------------------------------%% first we need to read dump filefile ="diffusion.dump";

如何采用Matlab生成任意函数的粗糙表面Step 1 选择函数例如：f(x,y)=cos(x)+sin(y)f(x,y) = cos(x)+sin(y)f(x,y)=cos(x)+sin(y)其他复杂情况：Step 2 全部代码%{This code is to make any roughness surface by certain function by Matlab;After data file is generated, the VMD is used t.

融化过程中RDF的变化weixin_50560116朋友，提出两个错误：（1）已经更新了PBC函数，（2）t1if 改为 if (复制错误)；

如何通过键序参数（Steinhardt bond orientational order parameters）识别晶体生长、成核、烧结、融化等问题呢。这里主要用到了compute orientorder/atom command 这个命令计算Step 1 理论背景这里我提供Youtube上的两个课程非常详细，可自行下载学习。(Please click here)提取码：ewt0Step 2 LAMMPS中如何计算输出#计算compute 1 all orientorde.

原子模型中如何定义孔隙呢，可以理解为给定一个点，最大的球能通过并且不和周围原子重叠。STEP 1 那么先建立一个多孔结构这是气体分布在多孔结构中（图片Ovito 生成），那么这个结构如何表征呢。STEP 2 这里我们介绍怎么用MATLAB生成合适的输入文件这里用到一个开源代码，具体文献可以参考：DOI 10.1021/la052651k这里我们只需要坐标，不需要其他的信息如键、角等，首先是读取data文件%{ This code is to read data from.

1、为什么要空间划分？LAMMPS怎么进行空间划分？在体系中的多个粒子，如果我们把体系划分为相同大小的格子，我们可以把体系的运动轨迹以方形盒子的形式展现。那么如果盒子足够小，比如： 1 ×\times× 1 ×\times× 1 A˚3\text{Å}^{3}A˚3。这样就可以用每一个盒子代表一个粒子的运动。相同的，如果盒子和模拟体系一样大，那么每一个盒子统计出来的物理量就是整体体系的物理量。因此，合理划分体系可以可视化空间孔隙、裂隙等。比如，气泡、裂隙识别《Lammps空间划分——识别三维裂隙》.

all_frame = size(atom_data,3); % 全部需要计算的帧bin_num = 100; % 将体系划分blockR = 3;%%----------------------------------------------%%%xl,yl,zl%%----------------------------------------------%%xl = x_bound(1,2)-x_bound(1,1);yl = y_bound(1,2)-y_b.

%------------------------------------------------% % this code is only for temperature%------------------------------------------------% all_frame = size(atom_data,3); % 全部需要计算的帧bin_num = 147; % 将体系划分blockKB = 8...

如何根据lattice准确create原子数，定制data文件为了使得初始模型更加稳定，不会出现重叠或者长程力无法计算（particle-particle-particle mesh）以及image flage 并行出错等问题。通常根据lattice，并设置region，采用create_atom命令创建原子（气、液体）。制作成下图模型：（粗粒化气体）但是我们发现无法准确的定义原子个数，比如准确create 3000个。如果采用随机放置，又会造成体系不稳定。如果采用另一个方法：1、先cr.

分享一个甲烷全原子模型的分子模板对于分子模板有疑问的朋友关注博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/104443175# CH4 molecule template5 atoms ---> 分子中的总原子数4 bonds ---> 分子中的总键数6 angles ---> 分子中的总键角数Coords ---> 原子坐标信息# atom-ID X Y Z1 -6.72883 .