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医学图像分割及其他
文章平均质量分 78
介绍医学图像分割及其他知识
爱幻想-hjyp
遇到坎就得迈过去
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语义分割在原图上可视化标签
语义分割可视化标签原创 2023-02-25 11:28:06 · 1268 阅读 · 0 评论 -
图像分割评价指标:Dice和MIoU
语义分割指标Dice和MIoU代码实现原创 2023-02-25 10:56:12 · 4511 阅读 · 0 评论 -
python读取、显示、保存图片的几种方法
目录读取图像使用opencv读取使用PIL包读取保存图片显示图片代码总结读取图像读取图像我一般采用的有两种方法,如果想要读成numpy数组格式就用opencv方式,想要读成Image对象格式就用PIL包读取。使用opencv读取如果是读取灰度图,需要指定颜色模式为cv2.IMREAD_GRAYSCALE,这样读取出的是一个二维数组,而不是彩色图像的三维数组。如果读取彩色图像,则不需要指定读取模式,这样读取出的是一个三维数组(H, W, C),但通道的的顺序是BGR。使用PIL包读取使用PIL包原创 2022-04-12 20:26:56 · 7402 阅读 · 0 评论 -
COCO数据集格式、mask两种存储格式、官方包API详解
文章目录前言COCO数据集格式总体组织结构`image对象`的主要属性:`annotation对象`的属性主要:pycocotools包中的COCO对象及APICOCO对象的属性COCO对象的方法前言在前面的文章中我们介绍了如何使用COCO提供的官方API来进行coco格式数据集的可视化,下面我们主要来讲COCO数据集格式和官方API实现。COCO数据集格式coco数据集格式充分利用了面向对象的思路:整个标注文件是一个json对象,这个大的json对象包含几个主要的filed:"info","lic原创 2022-01-06 12:06:57 · 15049 阅读 · 5 评论 -
制作用于分割的带掩码的coco格式的数据集
文章目录大致原理参考教程切片代码大致原理处理医学图像最常见的是MRI格式,但是MRI是三维的,如果想用detecron2或者maskrcnn跑类似的三维图片需要先进行切片,然后为切片制作coco格式的json文件,下面我们就来介绍一下如何把三维图像转成二维的,并为二维切片制作json文件。本教程同样适用于二维图片,只是少了一个三维切片的过程。大致原理就是:把三维的原始MRI标注文件切片依次处理每一张切片,因为我的任务是一个多分类的任务,所以每一张图片上都有多个类别。处理的时候,要单独处理每一个原创 2021-11-29 22:45:58 · 2278 阅读 · 0 评论 -
深度剖析monai(一) Data和Transforms部分
monai使用 自定义数据增强方法 自定义数据读取器 源码思想简略分析原创 2022-06-23 20:46:53 · 5169 阅读 · 5 评论 -
使用Matplotlib库可视化COCO数据集格式常用函数 (一)
目录前言理论知识在单个子图上显示、保存图片在多个子图上显示图片在图片上绘制检测框多子图显示图片,设置窗口的属性(名称,坐标范围)前言经常使用COCO格式数据集的同学们肯定会经常对模型的输出结果进行可视化,可视化最常用的包是matplotlib.pyplot,下面就让我们看一下如何使用plt包对COCO格式的数据进行可视化。理论知识matplotlib.pyplot是python中画图常用的包,在使用前通常用import matplotlib.pyplot as plt引入,以下都用plt代替这个包。原创 2022-01-05 23:17:09 · 2743 阅读 · 0 评论 -
使用Matplotlib库可视化COCO数据集格式常用函数 (二)
文章目录前言可视化标注文件中的检测框可视化标注文件中的掩码可视化预测文件的检测框和掩码同时可视化原始图像,标注结果,预测结果前言在文章(一)中我们主要介绍了plt包绘制图像的原理和基本使用方法,下面我们借用pycocotools包介绍COCO格式数据的可视化。pycocotools包是官方给出的包,提供了很多针对COCO格式的API,对于pycocotools包的详细实现可以查看这篇文章。可视化标注文件中的检测框为了可视化标注文件中的检测框,需要执行如下步骤:首先根据标注的json文件构建一个原创 2022-01-06 11:01:45 · 3584 阅读 · 6 评论 -
使用SimpleITK读取、保存、处理nii文件
目录前言nii格式读取nii成numpy格式将numpy格式保存成nii什么是origin、Direction、Spacing,以及如何设置它们示例重采样前言nii.gz格式是保存医学图像非常重要一种格式,下面来介绍一下如何使用SimpleITK这个包来处理nii文件。我们首先会介绍最简单的读取、保存、以及如何转为numpy数组;然后再来介绍一些高级操作,什么是Direction、Origin、Spacing、重采样。nii格式首先nii格式就是后缀名为.nii或.nii.gz的文件,该格式又叫NI原创 2022-05-23 16:27:04 · 15739 阅读 · 7 评论