解决RDkit输入smiles画分子的二维图时出现保存不了图片的问题: AttributeError: ‘Image‘ object has no attribute ‘save‘

问题描述

用RDkit输入smiles画分子的二维图的时候出现保存不了图片的问题，代码如下：

from rdkit.Chem import Draw
from rdkit import Chem
smis=[
    'COC1=C(C=CC(=C1)NS(=O)(=O)C)C2=CN=CN3C2=CC=C3',
    'C1=CC2=C(C(=C1)C3=CN=CN4C3=CC=C4)ON=C2C5=CC=C(C=C5)F',
    'COC(=O)C1=CC2=CC=CN2C=N1',
    'C1=C2C=C(N=CN2C(=C1)Cl)C(=O)O',
]

mols=[]
for smi in smis:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
    mols.append(mol)
img=Draw.MolsToGridImage(mols,molsPerRow=4,subImgSize=(300,300),legends=['' for x in mols])
img.save('filename.png')

会报错如下：
AttributeError: ‘Image’ object has no attribute ‘save’

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原因分析：

问题出在这里：

img=Draw.MolsToGridImage(mols,molsPerRow=4,subImgSize=(300,300),legends=['' for x in mols])

Draw.MolsToGridImage(）里的属性 returnPNG 要设置成 False，才能返回图片，改为：

img=Draw.MolsToGridImage(mols,molsPerRow=4,subImgSize=(300,300),legends=['' for x in mols],returnPNG=False)

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解决方案：

改成

from rdkit.Chem import Draw
from rdkit import Chem
smis=[
    'COC1=C(C=CC(=C1)NS(=O)(=O)C)C2=CN=CN3C2=CC=C3',
    'C1=CC2=C(C(=C1)C3=CN=CN4C3=CC=C4)ON=C2C5=CC=C(C=C5)F',
    'COC(=O)C1=CC2=CC=CN2C=N1',
    'C1=C2C=C(N=CN2C(=C1)Cl)C(=O)O',
]

mols=[]
for smi in smis:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
    mols.append(mol)
img=Draw.MolsToGridImage(mols,molsPerRow=4,subImgSize=(300,300),legends=['' for x in mols],returnPNG=False)
img.save('filename.png')

成功保存图片，解决撒花~