OHIF Viewers 项目介绍

花花进修

于 2024-08-29 15:43:21 发布

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分类专栏： DICOM医学影像查看器文章标签： node.js react.js yarn 前端

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_45947672/article/details/141680074

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项目结构

项目架构

│
├── extensions
│   ├── default               # 默认功能
│   ├── cornerstone           # 使用 Cornerstonejs 处理 2D/3D 图像
│   ├── cornerstone-dicom-sr  # 结构化报告 (DICOM SR)
│   ├── measurement-tracking  # 测量追踪功能
│   └── dicom-pdf             # 在视口中查看 DICOM 包装的 PDF 文件
│   # 还有更多扩展功能...
│
├── modes
│   └── longitudinal          # 纵向测量追踪模式
│   └── basic-dev-mode        # 使用 Cornerstone 的基础查看器 (面向开发者的模式)
│   # 还有更多模式...
│
├── platform
│   ├── core                  # 业务逻辑核心
│   ├── i18n                  # 国际化支持
│   ├── ui                    # React 组件库
│   └── app                   # 连接平台和扩展项目
│
├── ...                      # 其他共享配置文件
├── lerna.json               # MonoRepo (Lerna) 设置
├── package.json             # 共享的开发依赖项和命令
└── README.md                # 项目说明文档

OHIF v3 由以下组件组成，将在进一步中详细描述部分：

@ohif/app：控制扩展注册、模式的核心框架组合和路由。
@ohif/core：一个有用且可重复使用的医学成像功能库对于网络。
@ohif/ui：一个可重用的组件库，用于构建 OHIF 风格的应用程序跟。
Extensions：一组用于构建应用程序的构建块。OHIF组织维护一些核心库。
Modes：告诉 @ohif/app 如何撰写的配置对象扩展，用于在平台的不同路线上构建应用程序。

OHIF 为一些常见的使用场景维护了少量功能强大的扩展。这些扩展与 OHIF/Viewers 仓库一起存放在项目的根目录下的 extensions/ 文件夹中。

下面那个表格展示了 OHIF 中各种类型模块的功能描述。

OHIF V3 组件库

@ohif/app

此库是使用模式、扩展和构建的核心库一个应用程序。扩展可以作为应用配置传入，并且将应用程序在适当的时间使用和初始化。后初始化 Viewer 将使用扩展和模式并构建所需的路线，然后可以通过研究列表访问这些内容，或直接通过 URL 参数。

发布时，模式也将通过配置插入到应用程序中，但这仍然是一个正在开发/讨论的领域，他们目前正在在测试版中从窗户拉出。

这个框架的未来想法只涉及添加模式和获取在运行时或构建时都需要扩展版本，但此决定还有待商榷。

视口重新渲染优化

我们利用 React 记忆模式来防止不必要的重新渲染除非视口属性的某些方面发生变化。你可以采取查看组件中的函数以看看这是如何完成的。areEqualOHIFCornerstoneViewport

function areEqual(prevProps, nextProps) {  
if (prevProps.displaySets.length !== nextProps.displaySets.length) {   
 return false;  
}  
if (    prevProps.viewportOptions.orientation !==    nextProps.viewportOptions.orientation  ) 
{    return false;  }  // rest of the code

如您所见，我们检查道具是否为真，如果是，我们将如果属性或方向发生变化，请重新渲染视口变化。needsRerenderingdisplaySets

我们使用 viewportId 来标识视口，并在 React 中将其用作键渲染。这很重要，因为它允许我们跟踪视口以及它的状态，并且还让 React 在网格而不重新渲染它。但是，在某些情况下，我们需要这样做强制重新渲染视口，例如，当视口被冻结时具有新的细分。对于这些情况，我们使用 prop 强制重新渲染视口。您可以将其添加到needsRerenderingviewportOptions

视口组件由组件管理。哪个视口组件的使用取决于：ViewportGrid

挂起协议
布局配置
已注册的 SopClassHandlers

@ohif/core

OHIF核心是一套经过精心维护和测试的基于网络的医学成像设备函数和类。此库包括用于以下位置的管理器和服务在查看器应用程序中。

OHIF 核心在很大程度上类似于 v2 中的 @ohif/core 库，但是很多逻辑已移至扩展：但是，有关 DICOMWeb 和其他的所有逻辑数据获取机制已被拉出，因为这些机制现在存在于扩展中，稍后再述。

@ohif/ui

首先，我们发现一个巨大的时间消耗/进入壁垒正在建造新的 UI及时符合OHIF的主题。出于这个原因，我们建立了一个新的 UI组件库，其中包含构建其所需的所有组件自己的观众。

这些组件仅是演示性的，因此您可以将它们与任何内容重复使用你想要的逻辑。由于组件是演示性的，因此您可以换掉如果您希望为白标，请使用具有符合 API 的自定义 UI 库的 @ohif/ui 观众。UI 库是为了让开发更轻松、更快捷，但扩展组件不是强制性的。

OHIF V3体系结构

Video Tutorials | OHIF 扩展模式

OHIF CLI 促进了创建、链接和发布 OHIF 模式和扩展。以下视频演示了如何使用 CLI 进行

创建模式和扩展
链接本地模式和扩展
NPM 的发布模式和扩展
向 OHIF 添加已发布的模式和扩展
向 OHIF 提交模式

更新数据源的配置

可以使用该方法更新现有数据源的配置。以下代码片段代码演示了如何使用来更新配置现有 DICOMWeb 数据源（名为），并使用 Google Cloud Healthcare API 数据源的配置。ExtensionManager.updateDataSourceConfigurationupdateDataSourceConfigurationdicomweb

extensionManager.updateDataSourceConfiguration( "dicomweb",  {    name: 'GCP',    wadoUriRoot:      'https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/ohif-cloud-healthcare/locations/us-east4/datasets/ohif-qa-dataset/dicomStores/ohif-qa-2/dicomWeb',    qidoRoot:      'https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/ohif-cloud-healthcare/locations/us-east4/datasets/ohif-qa-dataset/dicomStores/ohif-qa-2/dicomWeb',    wadoRoot:      'https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/ohif-cloud-healthcare/locations/us-east4/datasets/ohif-qa-dataset/dicomStores/ohif-qa-2/dicomWeb',    qidoSupportsIncludeField: true,    imageRendering: 'wadors',    thumbnailRendering: 'wadors',    enableStudyLazyLoad: true,    supportsFuzzyMatching: true,    supportsWildcard: false,    dicomUploadEnabled: true,    omitQuotationForMultipartRequest: true,  },);

模板：布局模式

概述

LayoutTemplates是 v3 中的一个新概念，模式使用它来控制布局的路线。布局模板是一个 React 组件，它被赋予了一组定义 API 以访问工具栏状态、命令和热键的管理器，如以及布局模板定义的属性。

例如，默认的 LayoutTemplate 接受 leftPanels、rightPanels 和视口作为属性，它使用它来构建其视图。

此外，对结构具有完全的控制权。应用。你可以在左侧放置工具，或者有严格的指导工作流通过以编程方式设置工具，您可以选择适合您的用例。layout template

const getLayoutTemplateModule = (/* ... */) => [
  {
    id: 'exampleLayout',
    name: 'exampleLayout',
    component: ExampleLayoutComponent,
  },
];

传递给的是经理和服务使用定义的模式左/右面板、模式定义的视口和 OHIF 。LayoutTemplate 利用 extensionManager 来抓取类型扩展模块条目：propslayoutTemplateViewportGridComp*.getModuleEntry(id)

布局模板的简化代码为：Default extension

extensions/default/src/ViewerLayout/index.jsx

import React from 'react';
import { SidePanel } from '@ohif/ui';

function Toolbar({ servicesManager }) {
  const { ToolBarService } = servicesManager.services;

  return (
    <>
      // ToolBarService.getButtonSection('primary') to get toolbarButtons
      {toolbarButtons.map((toolDef, index) => {
        const { id, Component, componentProps } = toolDef;
        return (
          <Component
            key={id}
            id={id}
            {...componentProps}
            bState={buttonState}
            isActive={isActive}
            onInteraction={args => ToolBarService.recordInteraction(args)}
          />
        );
      })}
    </>
  );
}

function ViewerLayout({
  // From Extension Module Params
  extensionManager,
  servicesManager,
  hotkeysManager,
  commandsManager,
  // From Modes
  leftPanels,
  rightPanels,
  viewports,
  ViewportGridComp,
}) {
  const getPanelData = id => {
    const entry = extensionManager.getModuleEntry(id);
    const content = entry.component;

    return {
      iconName: entry.iconName,
      iconLabel: entry.iconLabel,
      label: entry.label,
      name: entry.name,
      content,
    };
  };

  const getViewportComponentData = viewportComponent => {
    const entry = extensionManager.getModuleEntry(viewportComponent.namespace);

    return {
      component: entry.component,
      displaySetsToDisplay: viewportComponent.displaySetsToDisplay,
    };
  };

  const leftPanelComponents = leftPanels.map(getPanelData);
  const rightPanelComponents = rightPanels.map(getPanelData);
  const viewportComponents = viewports.map(getViewportComponentData);

  return (
    <div>
      <Toolbar servicesManager={servicesManager} />

      <div>
        {/* LEFT SIDEPANELS */}
        <SidePanel
          side="left"
          defaultComponentOpen={leftPanelComponents[0].name}
          childComponents={leftPanelComponents}
        />

        {/* TOOLBAR + GRID */}
        <ViewportGridComp
          servicesManager={servicesManager}
          viewportComponents={viewportComponents}
          commandsManager={commandsManager}
        />

        {/* Right SIDEPANELS */}
        <SidePanel
          side="right"
          defaultComponentOpen={rightPanelComponents[0].name}
          childComponents={rightPanelComponents}
        />
      </div>
    </div>
  );
}

悬挂协议

悬挂协议是任何放射学观察器的重要组成部分。 OHIF 使用悬挂协议来处理视口中图像的排列。在简而言之，已注册的协议将与 DisplaySet 匹配可用。每个协议都会得到一个分数，并且它们会被排名。这应用获胜协议（最高分）并运行其设置以用于视口待安排。

在挂起协议中，您可以：OHIF-v3

定义视口应从什么布局开始（例如，2x2 布局）
指定视口的类型及其方向（例如，堆栈、带有 Sagittal 视图的体积）
定义在布局的哪个视口中显示哪个 displaySets（例如，具有“CT”模态的 displaySet 和 “Coronary Arteries” 的 “SeriesDescription” 将显示在布局的第一个视口中）
应用某些初始视口设置（例如，反转对比度、跳转到特定切片等）
为视口添加特定的同步规则（例如，同步索引 1、2 的视口缩放，或同步索引 2、3 的视口的 VOI）

使用您可以提供/注册 OHIF 的协议以利用。hangingProtocolModule

这是一个示例协议，如果使用该协议，它将悬挂一个 1x3 布局，第一个视口显示 CT 图像，第二个视口显示 PT 图像，第三个视口显示它们的融合，所有这些都以矢状方向实现视图

const oneByThreeProtocol = {
  id: 'oneByThreeProtocol',
  locked: true,
  name: 'Default',
  createdDate: '2021-02-23T19:22:08.894Z',
  modifiedDate: '2022-10-04T19:22:08.894Z',
  availableTo: {},
  editableBy: {},
  imageLoadStrategy: 'interleaveTopToBottom',
  protocolMatchingRules: [
    {
      attribute: 'ModalitiesInStudy',
      constraint: {
        contains: ['CT', 'PT'],
      },
    },
  ],
  displaySetSelectors: {
    ctDisplaySet: {
      seriesMatchingRules: [
        {
          weight: 1,
          attribute: 'Modality',
          constraint: {
            equals: {
              value: 'CT',
            },
          },
          required: true,
        },
        {
          weight: 1,
          attribute: 'isReconstructable',
          constraint: {
            equals: {
              value: true,
            },
          },
          required: true,
        },
      ],
    },
    ptDisplaySet: {
      seriesMatchingRules: [
        {
          attribute: 'Modality',
          constraint: {
            equals: 'PT',
          },
          required: true,
        },
        {
          weight: 1,
          attribute: 'isReconstructable',
          constraint: {
            equals: {
              value: true,
            },
          },
          required: true,
        },
        {
          attribute: 'SeriesDescription',
          constraint: {
            contains: 'Corrected',
          },
        },
      ],
    },
  },
  stages: [
    {
      id: 'hYbmMy3b7pz7GLiaT',
      name: 'default',
      viewportStructure: {
        layoutType: 'grid',
        properties: {
          rows: 1,
          columns: 3,
        },
      },
      viewports: [
        {
          viewportOptions: {
            viewportId: 'ctAXIAL',
            viewportType: 'volume',
            orientation: 'sagittal',
            initialImageOptions: {
              preset: 'middle',
            },
            syncGroups: [
              {
                type: 'voi',
                id: 'ctWLSync',
                source: true,
                target: true,
              },
            ],
          },
          displaySets: [
            {
              id: 'ctDisplaySet',
            },
          ],
        },
        {
          viewportOptions: {
            viewportId: 'ptAXIAL',
            viewportType: 'volume',
            orientation: 'sagittal',
            initialImageOptions: {
              preset: 'middle',
            },
          },
          displaySets: [
            {
              id: 'ptDisplaySet',
            },
          ],
        },
        {
          viewportOptions: {
            viewportId: 'fusionSAGITTAL',
            viewportType: 'volume',
            orientation: 'sagittal',
            initialImageOptions: {
              preset: 'middle',
            },
            syncGroups: [
              {
                type: 'voi',
                id: 'ctWLSync',
                source: false,
                target: true,
              },
            ],
          },
          displaySets: [
            {
              id: 'ctDisplaySet',
            },
            {
              options: {
                colormap: 'hsv',
                voi: {
                  windowWidth: 5,
                  windowCenter: 2.5,
                },
              },
              id: 'ptDisplaySet',
            },
          ],
        },
      ],
      createdDate: '2021-02-23T18:32:42.850Z',
    },
  ],
  numberOfPriorsReferenced: -1,
};


function getHangingProtocolModule() {
  return [
    {
      id: 'oneByThreeProtocol',
      protocol: oneByThreeProtocol,
    },
  ];
}

协议

id

协议的唯一标识符，此 ID 可以在模式配置中使用指定应为特定模式使用哪个协议。一种模式可以通过其 ID 请求协议（这使得 OHIF 在没有的情况下应用该协议 matching），或者提供一个 ID 数组，该数组将使 ProtocolEngine 选择最佳匹配协议（基于 protocolMatching rules，这是下一节）。

imageLoadStrategy

图像加载策略指定了一个函数（按名称），其中包含要重新排序的逻辑图像加载请求。这允许加载之前查看的图像比装得更晚的早。可用的策略包括：

interleaveTopToBottom 从顶部开始，然后向底部工作，用于正在加载的所有序列
interleaveCenter 就像从上到下一样，但从中心开始
第 n 个实例是加载每 n 个实例的策略，从中心开始和终点，然后沿着图像逐渐填充。这导致部分图像查看非常快。

protocolMatchingRules

协议的标准列表以及提供的排名分数。

weight：匹配规则的权重。最终，所有注册的协议根据权重进行排序，获胜的协议获得应用于查看器。
attribute：需要匹配的标签。这可以是研究级元数据或自定义属性，例如“StudyInstanceUID”， “StudyDescription”， “ModalitiesInStudy”， “NumberOfStudyRelatedSeries”， “NumberOfSeriesRelatedInstances” 除了这些标签之外，您还可以使用之前注册的自定义属性。我们稍后将对此进行详细了解。
from：表示属性的来源。这允许获取值从其他对象（如实例对象）而不是从当前的一个。prior

constraint：属性需要满足的约束。它接受的 a 可以是 [、、、、、validatorequalsdoesNotEqualcontainsdoesNotContainstartsWithendsWidth]

from 属性

该属性允许您从另一个对象中检索要测试的属性，例如上一个研究、研究的整个列表或模块中提供的其他值。from

OHIF 提供的值可供您使用：

activeStudy：使用活动研究的元数据进行匹配
studies：使用研究列表（所有研究）的元数据进行匹配
allDisplaySets：所有可用的显示集
displaySets：如果选择器与某个研究匹配，则这些是该研究的显示集
prior：研究列表中第一个研究的元数据，该研究不是活动研究
options：在匹配过程中，我们还提供了一个 Options 对象，其中包含您可以用作值的以下信息：from
studyInstanceUIDsIndex：研究列表中的研究索引
instance：被匹配实例的元数据，恰好是 displaySet.instance 元数据。

displaySetSelectors（必需）

定义协议将用于排列的显示集。

  displaySetSelectors: {
    ctDisplaySet: {
      seriesMatchingRules: [
        {
          weight: 1,
          attribute: 'Modality',
          constraint: {
            equals: {
              value: 'CT',
            },
          },
          required: true,
        },
        {
          weight: 1,
          attribute: 'isReconstructable',
          constraint: {
            equals: {
              value: true,
            },
          },
          required: true,
        },
      ],
    },
    ptDisplaySet: {
      seriesMatchingRules: [
        {
          attribute: 'Modality',
          constraint: {
            equals: 'PT',
          },
          required: true,
        },
        {
          weight: 1,
          attribute: 'isReconstructable',
          constraint: {
            equals: {
              value: true,
            },
          },
          required: true,
        },
        {
          attribute: 'SeriesDescription',
          constraint: {
            contains: 'Corrected',
          },
        },
      ],
    },
  }

如上所述，我们指定了两个 displayset：1） ctDisplaySet 、 2） ptDisplaySet ctDisplaySet 将与所有 CT 和可重构的系列匹配 ptDisplaySet 将与所有 PT 和可重构的系列匹配。

如您所见，每个选择器都由一个作为键和一组（displaySetMatchingRules）组成，后者为 displaySet 提供分数根据匹配规则。得分最高的 displaySet 将用于。idseriesMatchingRulesid

阶段

每个协议都可以定义一个或多个阶段。每个阶段都定义了特定的布局和视口规则。因此，该属性是一个对象数组，每个对象都是一个阶段。stages

viewportStructure（视口结构）

定义查看器的布局。您可以定义和的数量。应该有数量属性中的视口配置。请注意，视口的顺序是首先是行，然后是列。rowscolumnsrows * columnsviewports

viewportStructure: {
    type: 'grid',
    properties: {
      rows: 1,
      columns: 2,
      viewportOptions: [],
    },
},

除了相等的视口大小外，您还可以定义视口以跨越多行或多列。

viewportStructure: {
    type: 'grid',
    properties: {
      rows: 1,
      columns: 2,
      viewportOptions: [
        {
          x: 0,
          y: 0,
          width: 1 / 4,
          height: 1,
        },
        {
          x: 1 / 4,
          y: 0,
          width: 3 / 4,
          height: 1,
        },
      ],
    },
},

视口

此字段包括将挂在查看器上的视口。

viewports: [
  {
    viewportOptions: {
      viewportId: 'ctAXIAL',
      viewportType: 'volume',
      orientation: 'sagittal',
      initialImageOptions: {
        preset: 'middle',
      },
      syncGroups: [
        {
          type: 'voi',
          id: 'ctWLSync',
          source: true,
          target: true,
        },
      ],
    },
    displaySets: [
      {
        id: 'ctDisplaySet',
      },
    ],
  },
  // the rest
],

服务

具体的可以查看ohif官方文档哦~~~

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OHIF Viewers 项目介绍

LayoutTemplates是 v3 中的一个新概念，模式使用它来控制布局的路线。布局模板是一个 React 组件，它被赋予了一组定义 API 以访问工具栏状态、命令和热键的管理器，如以及布局模板定义的属性。例如，默认的 LayoutTemplate 接受 leftPanels、rightPanels 和视口作为属性，它使用它来构建其视图。此外，对结构具有完全的控制权。应用。你可以在左侧放置工具，或者有严格的指导工作流通过以编程方式设置工具，您可以选择适合您的用例。},
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