python-蛋白质
坏丫头521
这个作者很懒,什么都没留下…
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Python+ASAquick+PSIPred蛋白质序列特征计算,ASAquick安装调用(Linux)
文章目录前言一、ASAquick安装二、利用Python跑多条序列2.1 准备数据2.2 Python循环调用ASAquick的溶剂可及性2.3 Python循环调用PSIPred得二级结构总结 前言 在小编的上一篇文章里,主要介绍了利用python对包含多条蛋白质序列的fasta文件的拆分,其实小编做这一步就是因为有一些生物软件在跑特征的时候,需要一条一条的输入蛋白质序列,比如利用PSIPred得到蛋白质的二级结构的时候。今天小编依然和大家分享一下我在做东西的时候碰到的一些值得记录的过程。 今天的分享主原创 2020-10-28 20:56:54 · 1643 阅读 · 2 评论 -
Python蛋白质序列文件(.fasta)拆分
Python蛋白质序列文件(.fasta)拆分前言目的代码总结 前言 这是小编的第一篇博客,也是一种尝试,主要记录在python应用中遇到的一些小问题,小编平时做的主要是DNA结合蛋白的识别与预测,需要借助多种软件进行特征提取,如PSI——BLAST,PSIpred等等,小编这次要解决的问题就是小编拿到的原始序列数据为一个fasta文件中包含多个序列,但PSIpred是一条一条跑,因此需要将其拆分 目的 首先给大家看一下小编的文件样式: 这是从某位大佬文献中获得的6个数据集,小编想要通过python编原创 2020-10-04 16:48:12 · 5300 阅读 · 5 评论