非root用户安装MinkowskiEngine到anaconda虚拟环境遇到的问题记录

一、需要安装MinkowskiEngine的目标环境

主机：

Centos Linux8，cuda12.2.

anaconda：

python3.9，gcc9.5.0(用conda安装的gcc)，pytorch2.3.1（对应cuda12左右的版本）

二、直接安装

pip有安装MinkowskiEngine的命令，首先肯定是直接尝试安装

pip install MinkowskiEngine -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

问题一：

直接安装是报错的，然后稍微往上面翻了一下报错，缺少cblas.h。

自动安装不行所以选择了手动安装。

三、手动安装

找到MinkowskiEngine的git官网：MinkowskiEngine的git链接

可以手动下载整个压缩包或者使用git命令下载

git clone https://github.com/NVIDIA/MinkowskiEngine.git
cd MinkowskiEngine

下载好之后也就是正常开始安装，当然肯定也是报错的。

# 这里CONDA_PREFIX换成anaconda本身的虚拟环境名称即可。
python setup.py install --blas_include_dirs=${CONDA_PREFIX}/include --blas=openblas

错误一：cuda版本不匹配的问题

RuntimeError: The detected CUDA version (12.2) mismatches the version that was used to compile

一般的手动setup.py安装会有版本检测，注释检测即可。

错误二：虚拟环境pip安装ninja引起的问题

我个人把ninja理解成安装助手的意思，看到然后因为ninja报错不太好看bug所以有些博主直接pip

uninstall ninja这里我们也采用了暂时卸载ninja的做法，但是这一步骤做不做感觉都可以，感兴趣的自己试试。

错误三：回到了直接安装时出现bug的地方，没有cblas.h头文件

缺少了openblas这个包。linux本身的包，解决：

openblas安装方法很多，conda、apt-get、手动安装

• 没有root所以apt-get无法使用，如果有root的朋友可以直接：

sudo apt-get install libopenblas-dev

• conda安装，conda本身也可以装，大家参考MinkowskiEnginegit官网的安装教程：

conda install openblas-devel -c anaconda

• 第一种我没法用，第二种我由于某些原因也没装上，所以有了第三种：目的安装openblas，没有root。

还是日常去官网找zip或者tar包https://sourceforge.net/projects/openblas/files/加压。这里注意一下跟gcc的匹配关系，个人感觉应该是有关系的，我是gcc9.5，找了openblas-0.3.21，安装成功了但是安装结果说的是不完全安装，不过对我来讲够了。有其他需求的朋友找别的博客细看一下不完全安装的原因吧。

安装：

cd openblas-0.3.21/
# 这里找到的需要gfoetran的命令，如果没有的朋友自己想办法或者直接make试试
make FC=gfortran NO_AVX2=1 
make install PREFIX=/非root可以配置的自己想要安装到的目录

不幸运的是不完全安装，但是好在安装成功了也就不管了继续MinkowskiEngine的安装。

当然手动安装需要配置环境变量：vim一下.bashrc，加入下面的几行

OPEN_BLAS_HOME=PREFIX/openblas # PREFIX改成安装的openblas路径
export CPLUS_INCLUDE_PATH=$OPEN_BLAS_HOME/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH
export LIBRARY_PATH=$OPEN_BLAS_HOME/lib:$LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$OPEN_BLAS_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

错误四：这里遇到了MinkowskiEngine源代码里面的一些文件报错，找了官网问题讨论里面的一些参考https://github.com/NVIDIA/MinkowskiEngine/issues/543

emmm大概就按照下面步骤自己操作了：

1. 找到setup文件中

MAX_COMPILATION_THREADS = 12

改成

MAX_COMPILATION_THREADS = 4

2. 有些文件里面好像缺少了头文件，直接按照下面操作

修改：MinkowskiEngine/src/convolution_kernel.cuh文件，加入：

#include <thrust/execution_policy.h>

修改：MinkowskiEngine/src/coordinate_map_gpu.cu文件，加入：

#include <thrust/unique.h>
#include <thrust/remove.h>

修改：MinkowskiEngine/src/spmm.cu文件，加入：

#include <thrust/execution_policy.h>
#include <thrust/reduce.h> 
#include <thrust/sort.h>

修改：MinkowskiEngine/src/3rdparty/concurrent_unordered_map.cuh文件，加入：

#include <thrust/execution_policy.h>

四、安装成功

解决完上面的bug回到手动安装的命令

# 这里CONDA_PREFIX换成anaconda本身的虚拟环境名称即可。
python setup.py install --blas_include_dirs=${CONDA_PREFIX}/include --blas=openblas

差不多没啥问题了。

最后给出一些我参考的链接：

记录MinkowskiEngine 安装过程中的踩坑经历_minkowski engine-CSDN博客

安装MMdetection3D和MinkowskiEngine - MSTK - 博客园 (cnblogs.com)

非root用户安装OpenBLAS_非root 安装 openblas-CSDN博客