Linux使用中的一些常见命令

1、ls

ls（list）是一个用于列出目录内容的常见的Linux/Unix命令。它用于查看目录中包含的文件和子目录，以及它们的属性。基本语法：

ls
ls -l (详细列表)

• -l：以长格式（详细信息）列出文件和目录。

ls -l

• -a：显示所有文件，包括隐藏文件（以.开头的文件和目录）。

ls -a

• -h：以人类可读的方式显示文件大小。

ls -h

• -t：按修改时间排序文件和目录。

ls -t

• -r：以相反的顺序列出文件和目录。

ls -r

• -R：递归列出子目录的内容。

ls -R

• -S：按文件大小排序。

ls -S

• --color：启用彩色输出，以区分不同类型的文件。

ls --color

• -i：显示文件的inode号。

ls -i

• -d：仅显示目录本身，而不显示其内容。

ls -d

2、cd切换目录

cd directory_path

3、pwd显示当前工作目录

pwd

4、touch创建空文件

touch filename

5、mkdir创建新目录

mkdir directory_name

6、rm删除文件或目录

rm (remove)，是一个基本的 UNIX 命令，在 Linux 系统中是一个非常重要的命令，用于删除文件或目录。同时这也是一个应谨慎使用的命令，错误的使用此命令可能会删除重要的文件和数据。要使用 rm 删除文件，用户不需要具有读取/写入权限，但是必须有该文件上级目录的写入权限。在 Linux 中删除文件或目录不像 Windows 那样简单，因为一旦删除文件，它不会进入回收站而是完全删除，之后要想恢复非常困难的。

rm file_name
rm -r directory_name (递归删除目录)

• -f, --force: 在没有确认删除提示的下删除文件并忽略不存在的文件和参数

• -i: 删除文件前提示确认

• -I: 在删除三个以上的文件或递归删除文件之前提示确认，与 -i 选项相比，侵入性较小，同时提供防止频繁错误的保护。

• -interactive [=WHEN]: 根据指定的 WHEN 进行确认提示：never，once (-I)，always (-i)，如果此参数不加 WHEN 则总是提示

• --one-file-system: 递归删除一个层级时，跳过所有不符合命令行参数的文件系统上的文件

• --no-preserve-root: 不对根目录 ‘/’ 进行任何特殊处理

• --preserve-root [=all]: 不对根目录 ‘/’ 进行递归操作（默认启用）

• -r, -R, -recursive: 以递归方式删除目录及其内容

• -d, --dir: 不使用 -r/-R/-recursive 删除空目录，rm -dir 等同于 rmdir

• -v, --verbose: 显示正在进行的步骤

• --help: 显示可用的命令选项

• --version: 输出 rm 命令的版本信息

7、cp复制文件或目录

cp source_file destination

8、mv移动或重命名文件

mv old_name new_name

9、cat查看文件内容

cat file_name

10、grep在文件中搜索文本

grep pattern file_name

11、ps显示运行中的进程

ps aux (显示所有进程)

12、kill终止进程

kill process_id

13、top查看系统资源使用情况

top

14、ifconfig查看和配置网络接口

ifconfig

15、ping测试网络连接

ping host_or_ip

16、ssh远程登录到其他机器

ssh username@hostname_or_ip

17、scp安全复制文件到远程主机

scp source_file username@hostname_or_ip:destination

18、chmod修改文件权限

chmod permissions file_name

19、chown修改文件所有者

chown new_owner file_name

20、tar压缩和解压文件

tar -cvzf archive_name.tar.gz directory_to_compress
tar -xvzf archive_name.tar.gz

21、df显示磁盘使用情况

df

22、du显示目录占用的磁盘空间

du -h directory_name

23、find在文件系统中搜索文件

find /path/to/search -name filename

24、wget下载文件

wget URL

25、curl使用URL执行操作

curl URL

26、git版本控制工具

git clone repository_url

27、lsof列出打开的文件和套接字

lsof -i

28、netstat显示网络连接、路由、接口等信息

netstat -tuln

29、ssh-keygen生成SSH密钥

ssh-keygen

30、useradd创建新用户

useradd username

31、passwd更改用户密码

passwd username

32、ln创建链接（硬链接或符号链接）

ln source_file link_name

33、service启动、停止或重启系统服务

service service_name start|stop|restart

34、free显示内存使用情况

free

35、awk

awk '$1~/hello/{print $1}' 输入文件

• F参数 定义输入文件分隔符，默认是空白；比如定义分隔符为;需要awk -F ";"

• NF 输入文件对应的列的数目

• NR 输入文件对应行的数目

• OFS 定义输出文件中列与列之间的分割符，例如定义TAB分隔符OFS="\t"

36、sed

• 从gff文件中提取gene坐标bed文件

awk '$3~/gene/{print $1,$4,$5,$9}' OFS="\t" Gbarbadense_gene_model.gff3|awk -F ";" '{print $1}' |sed 's/ID=//g' >gene.bed

• 提取基因上下游3000bp启动子区域

awk -F ";" '{print $1}' ../../Ghirsutum_gene_model.gff3|awk -F "\t" '$3~/gene/&&$7=="-"{print $1,$5+1