EWAS软件 dos版使用方法（1）

表观遗传关联研究软件应用

实验课练习EWAS

甲基化位点在每个人中的表达水平不同，在疾病、正常样本中寻找甲基化位点显著性差异，进而评估疾病进行寻找甲基化位点（marker）。

基于β值的关联分析

C:

cd C:\Users\temp\Desktop\生信案例分析

java -jar ewas_20210603.jar

t.test  T检验

输入数据文件格式

芯片数据，甲基化信号。β值=（甲基化信号）/（甲基化信号+非甲基化信号+背景信号）

背景信号默认为100.

首行：title和样本标签

（Normal：1；case：2）

第二行之后

   第一列：甲基化位点名称

   第二列：所在染色体号

   第三列：染色体上物理位置

   第四列及之后：甲基化表达值

java -jar ewas_20210603.jar -t.test -input GSE65163_anno.txt -out ewasttest.txt

输出结果文件

第一列：甲基化位点名称

第二列：所在染色体号

第三列：染色体上物理位置：

Case_valid_size:可用的case数(删去了不符合标准的样本数据)

control_valid_size:可用的control数

case、control的均值、FC值、T值、p值（<0.05）

linear 线性回归分析

java -jar ewas_20210603.jar -linear -input GSE65163_linear.txt -output lineas_GSE65163.txt -unsort

logistic 逻辑回归  -formula phenotype~(波浪号)marker

#根据疾病-位点进行逻辑回归

java -jar ewas_20210603.jar -logistic -formula disease_state~marker -input GSE65163_logistic.txt -output logistic_GSE65163.txt -unsort

Y=ax+b

coefficient.Intercept 截距    SE.Intercept    Zvalue.Intercept    Pvalue.Intercept    coefficient.marker  SE.marker       Zvalue.marker       Pvalue.marker

#根据性别-位点进行逻辑回归

java -jar ewas_20210603.jar -logistic -formula gender~marker -input GSE65163_logistic.txt -output logistic_gender_GSE65163.txt -unsort

#根据疾病状态—性别&位点进行逻辑回归    二元logistic

java -jar ewas_20210603.jar -logistic -formula disease_state~marker+gender -input GSE65163_logistic.txt -output logisticMG_GSE65163.txt -unsort

ID_REF    sampleSize     validSampleSize    coefficient.Intercept      SE.Intercept    Zvalue.Intercept    Pvalue.Intercept       coefficient.marker  SE.marker      Zvalue.marker       Pvalue.marker       coefficient.gender  SE.gender       Zvalue.gender       Pvalue.gender

基于β值的关联分析基于β基于β值的关联分析于β值的关联分析基于β值的关联分析基于β值的关联分析