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原创 小白入门医疗多模态领域。关于TCGA数据集中RNA序列数据和WSI数据的下载,WSI可视化,并解决openslide报错。(踩坑解决,无需魔法)

此时你可以试试import openslide-python 会报这样的错(如果不一样可能是版本的问题,我这里是python3.8 openslide-python-1.3.1)在Win10环境中下载并配置gdc-client工具,并以TCGA白血病转录组学数据为例,讲解下载过程_gdc-client安装。注意,是所有代码的前面,包括import,因为你后面可能会import histolab这个库,也会报错。具体数据的下载请参考这篇,讲的很详细,推荐用命令行方式下载。我们以BRCA为例,就选择这两个。

2024-06-17 17:03:59 553

原创 关于图像分割GAN based 方法

在生成对抗网络(GAN)的训练过程中,生成器(G)和鉴别器(D)通过反向传播更新权重以达到最优化。训练分为两个主要步骤:训练鉴别器识别真实图像和生成图像,以及训练生成器欺骗鉴别器。代码片段中的反向传播策略是实现这一训练过程的关键部分。

2024-03-28 22:03:39 270 2

原创 报错解决:one of the variables needed for gradient computation has been modified by an inplace operation

会更新权重,如果没有新的梯度计算,那么第二次尝试更新权重时就会使用旧的梯度信息,这时候计算图已经因为第一次更新而改变,导致这个错误。2.提示这个变量被修改过,那么着手解决:网上的一些解决方法基本是检查模型定义中是否有。仔细查看代码 发现optimizer.step()了两次 ,当你尝试连续两次调用。时,如果在这两次调用之间没有重新计算梯度(即没有调用。但是这两种方案都不能解决遇到的问题。3.删掉第一个,代码正常运行。

2024-03-28 21:50:18 326 1

原创 AttributeError: ‘xx类‘ object has no attribute ‘xx属性‘

报错AttributeError: 'ghaph_net' object has no attribute 'out_channels',可是我明明定义了这个属性啊。上网查:init两端都得为双下划线__init__这pycharm自动补全补了个int 也是够无语的。后续解决:__int__->__init__结果:我的没这个问题。

2024-03-21 12:46:15 234

原创 对可分离卷积的一些理解

例如,如果输入和输出通道数仍为512,但中间层的通道数为32(512/16),那么总参数量将是512 * 32 + 32 * 512 = 32,768,远少于单个全连接层的参数量。- **参数量**:如果我们直接使用一个输入和输出通道数相同的全连接层,参数量会是输入通道数乘以输出通道数。- **特征提取能力**:虽然这样的全连接层可以学习输入和输出之间的复杂映射,但它并不强制模型去学习更加有效和紧凑的特征表示。- **计算量**:同样,减少的参数量直接导致计算量的减少,使得模型更加高效。

2024-02-29 21:15:52 315

原创 tensor.scatter的详细例子

理解torch.scatter_()_torch .scatter_-CSDN博客。看了很多 多数都是直接抄官方的。

2024-02-29 21:11:55 419

原创 对vit的一些理解

在多头注意力机制中,每个头计算的注意力是独立的,这意味着一个头在计算自己的注意力分数时,只会使用自己的查询(Q)、键(K)和值(V)向量。因此,一个头的输出不会与其他头直接进行点积。相反,每个头都专注于从输入中提取不同的特征子集。首先对于【2,3,512,512】的输入,当设定patchsize=16时,图片经过卷积核大小、步长为16,输出通道为768的卷积操作后,得到【2,768,32,32】的特征图。

2024-02-29 21:11:10 1006

空空如也

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