AGNES层次聚类方法

第1关：距离的计算

任务描述

本关任务：根据本关所学知识，完成calc_min_dist函数，calc_max_dist函数以及calc_avg_dist函数分别实现计算两个簇之间的最短距离、最远距离和平均距离。

相关知识

为了完成本关任务，你需要掌握：

• 为什么需要距离
• 距离的计算

为什么需要距离

AGNES算法是一种自底向上聚合的层次聚类算法，它先会将数据集中的每个样本看作一个初始簇，然后在算法运行的每一步中找出距离最近的两个簇进行合并，直至达到预设的簇的数量。所以AGNES算法需要不断的计算簇之间的距离，这也符合聚类的核心思想（物以类聚，人以群分），因此怎样度量两个簇之间的距离成为了关键。

距离的计算

衡量两个簇之间的距离通常分为最小距离、最大距离和平均距离。在AGNES算法中可根据具体业务选择其中一种距离作为度量标准。

最小距离

最小距离描述的是两个簇之间距离最近的两个样本所对应的距离。例如下图中圆圈和菱形分别代表两个簇，两个簇之间离得最近的样本的欧式距离为3.3，则最小距离为3.3。

假设给定簇Ci​与Cj​，则最小距离为：

dmin​=minxini,zinj​dist(x,z)

最大距离

最大距离描述的是两个簇之间距离最远的两个样本所对应的距离。例如下图中圆圈和菱形分别代表两个簇，两个簇之间离得最远的样本的欧式距离为23.3，则最大距离为23.3。

假设给定簇Ci​与Cj​，则最大距离为：

dmin​=maxxini,zinj​dist(x,z)

平均距离

平均距离描述的是两个簇之间样本的平均距离。例如下图中圆圈和菱形分别代表两个簇，计算两个簇之间的所有样本之间的欧式距离并求其平均值。

假设给定簇Ci​与Cj​，∣Ci​∣,∣Cj​∣分别表示簇i与簇j中样本的数量，则平均距离为：

dmin​=∣Ci​∣∣Cj​∣1​sumxini​sumzinj​dist(x,z)

编程要求

根据提示，在右侧Begin-End区域补充代码，完成clac_min_dist函数，calc_max_dist函数以及calc_avg_dist函数分别实现计算两个簇之间的最短距离、最远距离和平均距离。注意：距离请使用欧氏距离。

calc_min_dist函数中的参数:

• cluster1：簇1中的样本数据，类型为ndarray
• cluster2：簇2中的样本数据，类型为ndarray

calc_max_dist函数中的参数:

• cluster1：簇1中的样本数据，类型为ndarray
• cluster2：簇2中的样本数据，类型为ndarray

calc_avg_dist函数中的参数:

• cluster1：簇1中的样本数据，类型为ndarray
• cluster2：簇2中的样本数据，类型为ndarray

测试说明

只需完成clac_min_dist函数，calc_max_dist函数以及calc_avg_dist函数即可，平台会对你编写的代码进行测试，并会按顺序打印最小距离、最大距离与平均距离。以下为其中一个测试用例，其中cluster1部分表示属于簇1的样本数据，cluster2部分表示属于簇2的样本数据：

测试输入： {'cluster1':[[0, 1, 0], [1, 0, 1], [1, 2, 3.2], [0, 0, 1.2], [1, 1, 0.1]], 'cluster2':[[10.1, 20.3, 9], [8.2, 15.3, 11]]}

预期输出： 17.016756, 23.977906, 21.133420

import numpy as np


def calc_min_dist(cluster1, cluster2):
    '''
    计算簇间最小距离
    :param cluster1:簇1中的样本数据，类型为ndarray
    :param cluster2:簇2中的样本数据，类型为ndarray
    :return:簇1与簇2之间的最小距离
    '''

    #********* Begin *********#
    min_dist = float('inf')
    for i in range(len(cluster1)):
        for j in range(len(cluster2)):
            dist = np.sqrt(np.sum((cluster1[i]-cluster2[j])**2))
            if dist < min_dist:
                min_dist = dist
    return min_dist
    #********* End *********#


def calc_max_dist(cluster1, cluster2):
    '''
    计算簇间最大距离
    :param cluster1:簇1中的样本数据，类型为ndarray
    :param cluster2:簇2中的样本数据，类型为ndarray
    :return:簇1与簇2之间的最大距离
    '''

    #********* Begin *********#
    max_dist = 0
    for i in range(len(cluster1)):
        for j in range(len(cluster2)):
            dist = np.sqrt(np.sum((cluster1[i]-cluster2[j])**2))
            if dist > max_dist:
                max_dist = dist
    return max_dist
    #********* End *********#


def calc_avg_dist(cluster1, cluster2):
    '''
    计算簇间平均距离
    :param cluster1:簇1中的样本数据，类型为ndarray
    :param cluster2:簇2中的样本数据，类型为ndarray
    :return:簇1与簇2之间的平均距离
    '''

    #********* Begin *********#
    avg_dist = 0
    count = 0
    for i in range(len(cluster1)):
        for j in range(len(cluster2)):
            dist = np.sqrt(np.sum((cluster1[i]-cluster2[j])**2))
            avg_dist += dist
            count += 1
    avg_dist /= count
    return avg_dist
    #********* End *********#

 第2关：AGNES算法流程

任务描述

本关任务：补充python代码，完成AGNES函数完成聚类功能。

相关知识

为了完成本关任务，你需要掌握AGNES算法流程

AGNES算法流程

AGNES算法是一种自底向上聚合的层次聚类算法，它先会将数据集中的每个样本看作一个初始簇，然后在算法运行的每一步中找出距离最近的两个簇进行合并，直至达到预设的簇的数量。

举个例子，现在先要将西瓜数据聚成两类，数据如下表所示：

编号	体积	重量
1	1.2	2.3
2	3.6	7.1
3	1.1	2.2
4	3.5	6.9
5	1.5	2.5

一开始，每个样本都看成是一个簇(1号样本看成是1号簇，2号样本看成是2号簇，...，5号样本看成是5号簇)，假设簇的集合为C=[[1], [2], [3], [4], [5]]。

假设使用簇间最小距离来度量两个簇之间的远近，从表中可以看出1号簇与3号簇的簇间最小距离最小。因此需要将1号簇和3号簇合并，那么此时簇的集合C=[[1, 3], [2], [4], [5]]。

然后继续看这4个簇中哪两个簇之间的最小距离最小，我们发现2号簇与4号簇的最小距离最小，因此我们要进行合并，合并之后C=[[1, 3], [2, 4], [5]]。

然后继续看这3个簇中哪两个簇之间的最小距离最小，我们发现5号簇与[1, 3]簇的最小距离最小，因此我们要进行合并，合并之后C=[[1, 3, 5], [2, 4]]。

这个时候C中只有两个簇了，达到了我们的预期目标（想要聚成两类），所以算法停止。算法停止后会发现，我们已经将5个西瓜，聚成了两类，一类是小西瓜，另一类是大西瓜。

如果将整个聚类过程中的合并，与合并的次序可视化出来，就能看出为什么说AGNES是自底向上的层次聚类算法了。

AGNES伪代码如下：

1. #假设数据集为D，想要聚成的簇的数量为k
2. def AGNES(D, k):
3. #C为聚类结果
4. C = []
5. #将每个样本看成一个簇
6. for d in D:
7. C.append(d)
9. #C中簇的数量
10. q=len(C)
11. while q > k:
12. 寻找距离最小的两个簇a和b
13. 将a和b合并，并修改C
14. q = len(C)
15. return C

编程要求

在Begin-End区域完成AGNES函数实现聚类功能，并将聚类结果返回(量化距离时请使用簇间最大欧氏距离)。PS:假设数据集为[[1, 2], [10, 11], [1, 3]]，那么聚类结果可能为[[[1, 2], [1, 3]], [[10, 11]]]

其中：

• feature：数据集，类型为ndarray
• k：表示想要将数据聚成k类，类型为int

测试说明

只需完成AGNES函数即可，程序内部会调用您所完成的AGNES函数对数据进行聚类，若聚类后的簇与真实结果相似度高于0.8视为过关。

import numpy as np
def AGNES(feature, k):
    '''
    AGNES聚类并返回聚类结果
    假设数据集为`[1, 2], [10, 11], [1, 3]]，那么聚类结果可能为`[[1, 2], [1, 3]], [[10, 11]]]
    :param feature:训练数据集所有特征组成的ndarray
    :param k:表示想要将数据聚成`k`类，类型为`int`
    :return:聚类结果
    '''
    #********* Begin *********#
    # 找到距离最小的下标
    def find_Min(M):
        min = np.inf
        x = 0;
        y = 0
        for i in range(len(M)):
            for j in range(len(M[i])):
                if i != j and M[i][j] < min:
                    min = M[i][j];
                    x = i;
                    y = j
        return (x, y, min)
    #计算簇间最大距离
    def calc_max_dist(cluster1, cluster2):
        max_dist = 0
        for i in range(len(cluster1)):
            for j in range(len(cluster2)):
                dist = np.sqrt(np.sum(np.square(cluster1[i] - cluster2[j])))
                if dist > max_dist:
                    max_dist = dist
        return max_dist
    #初始化C和M
    C = []
    M = []
    for i in feature:
        Ci = []
        Ci.append(i)
        C.append(Ci)
    for i in C:
        Mi = []
        for j in C:
            Mi.append(calc_max_dist(i, j))
        M.append(Mi)
    q = len(feature)
    #合并更新
    while q > k:
        x, y, min = find_Min(M)
        C[x].extend(C[y])
        C.pop(y)
        M = []
        for i in C:
            Mi = []
            for j in C:
                Mi.append(calc_max_dist(i, j))
            M.append(Mi)
        q -= 1
    return C
    #********* End *********#

 第3关：红酒聚类

任务描述

本关任务：sklearn中的AgglomerativeClustering类实现了AGNES算法，本关你需要使用 sklearn 中AgglomerativeClustering来对红酒数据进行聚类。

相关知识

为了完成本关任务，你需要掌握：AgglomerativeClustering

数据集介绍

数据集为一份红酒数据，一共有178个样本，每个样本有13个特征，这里不会提供你红酒的标签，你需要自己根据这13个特征对红酒进行聚类，部分数据如下图：

数据获取代码：

1. import pandas as pd
2. data_frame = pd.read_csv('./step3/dataset.csv', header=0)

AgglomerativeClustering

AgglomerativeClustering的构造函数中有两个常用的参数可以设置：

• n_clusters：将数据聚成n_clusters个类
• linkage：设置AGNES聚类时使用最小簇间距离、最大簇间距离还是平均距离。传入ward表示最小簇间距离，传入complete表示最大簇间距离，传入average表示平均距离

AgglomerativeClustering类中的fit_predict函数用于训练模型并获取聚类结果，fit_predict函数有一个向量输入：

• X：数据集，形状为**[样本数量,特征数量]**的ndarray

AgglomerativeClustering的使用代码如下：

1. from sklearn.cluster import AgglomerativeClustering
2. agnes = AgglomerativeClustering(k=5)
4. # 注意：x为ndarray
5. result = agnes.fit_predict(x)

编程要求

在Begin-End区域填写Agglomerative_cluster(data)函数完成红酒数据聚类任务，簇的数量为3。其中：

• data：数据样本，类型为ndarray，shape=[样本数量, 特征数量]

• return: 聚类结果，类型为ndarray

注意：直接使用原始数据进行聚类的效果可能不太理想，你可能需要对数据进行预处理。

提示：AGNES算法需要计算距离，想想什么样的预处理方式对依赖距离的算法有好的效果。

测试说明

只需返回聚类结果即可，程序内部会检测您的代码，吻合度高于0.9视为过关。

#encoding=utf8
from sklearn.cluster import AgglomerativeClustering
 
def Agglomerative_cluster(data):
    '''
    对红酒数据进行聚类
    :param data: 数据集，类型为ndarray
    :return: 聚类结果，类型为ndarray
    '''
 
    #********* Begin *********#
    from sklearn.preprocessing import StandardScaler
    scaler = StandardScaler()
    data = scaler.fit_transform(data)
    agnes = AgglomerativeClustering(n_clusters=3)
    result = agnes.fit_predict(data)
    return result
 
    #********* End *********#