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生信原理
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Nicole_winning
学如逆水行舟,不进则退!
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【BLAST算法原理】什么是K串?什么是HSP?什么是E值?
“做过多序列比对的人都知道BLAST,也常听到K串、HSP以及E值,那么这些名词到底是什么意思?”BLAST算法原理是什么?原创 2024-01-11 00:13:39 · 1338 阅读 · 0 评论 -
【R语言双序列比对】全局比对Needleman-Wunsch算法&局部比对Smith-Waterman算法原理及代码实现
全局比对和局部比对的显著区别是局部比对的得分矩阵中的分值均≥0,即在考虑打分方式时,局部比对要多考虑一种。在初始化得分矩阵的第一行和第一列时,两者有不同。对于全局比对,需要依次加上gap罚分值,而对于局部比对,则只需要都初始化为0。全局比对和局部比对的核心思想是依次寻求重复子问题的最优子结构,通过序列比对,可以发现序列之间的相似性,也可以判别序列之间的同源性,推断序列之间的进化关系,辨别序列之间的差别,寻找遗传变异。原创 2023-11-24 00:06:35 · 1999 阅读 · 5 评论 -
【Viterbi算法的Python和R语言实现】利用HMM纠正基因测序错误
隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model, HMM)可用于解决多种问题,包括评估问题,给定模型,求某个观察值序列的概率,可用向前算法实现;解码问题,对给定模型和观察值序列,求可能性最大的状态序列,可用Viterbi算法实现;学习问题,对给定的一个观察值序列,调整参数,使得观察值出现概率最大,可用向前向后算法(EM)实现。声音信号可以被视为一个时间序列,而HMM可以用于建模声音信号中的语音单元,如音素。通过学习发射概率矩阵,HMM可以用于识别说话人所说的单词或短语。原创 2023-12-17 00:46:03 · 1071 阅读 · 1 评论 -
【生信】QTL定位与全基因组关联分析(GWAS)
上面的QQ-plot中,X轴表示期望-Log10(p-value)(值越大,说明p-value越小,即越显著),Y轴表示观测的-Log10(p-value),由上图可以看出,在p-value较小时,观测p值和期望p值比较一致,,表型呈非连续变异,而遗传物质的数量呈潜在的连续变异的性状,即只有超过某一遗传阈值时才出现的性状,如动植物包括人类的抗病力、死亡率以及单胎动物的产仔数等性状,称为阈性状(threshold character或threshold trait)植物上,模式植物抗逆性基因的定位较多。原创 2023-12-20 00:21:43 · 6566 阅读 · 0 评论