qqqqqrc的博客

本文主要是对蛋白质的序列和结构进行聚类

多任务是指在同一时间内执行多个任务。定义举例并发在一段时间内交替执行多个任务单核CPU处理多任务并行在一段时间内真正的同时一起执行多个任务多核CPU处理多任务python中可使用多进程实现多任务。**进程(Process)**是资源分配的最小单位，他是操作系统进行资源分配和调度运行的基本单位。通俗理解：一个正在运行的一个程序就是一个进程。例如：正在运行的qq、wechat等，它们都是一个进程。

DockQ是一种用于评估蛋白质-蛋白质分子对接模型的工具和指标。它被广泛用于评估蛋白质分子对接方法的性能和预测模型的准确性。取值范围在0到1之间。Fnat：表示预测复合物中保留的原生界面接触的比例。原生界面接触是指在原生复合物结构中，两个蛋白质分子之间距离在5Å以内的重原子对。这个指标反映了对接模型在接触点上的准确性。LRMS：表示对接模型中配体的主链原子与原生结构的均方根偏差。配体是对接模型中较短的链，LRMS衡量了配体在对接后的空间位置准确性。iRMS。

date “+%Y-%m-%d %H:%M:%S” #xx年xx月xx日 xx时xx分xx秒。​ 蓝色表示目录，白色表示文件，绿色表示可执行文件，红色为压缩包。​ 连接文件，同时打开两个文件，如：cat 文件1 文件2。​ ls -l > ls.txt # 重定向某一目录。​ -a 同时拷贝文件权限，拷贝文件原有属性。​ cp -r 目录 递归复制目录下文件。​ -3 上个月，这个月，下个月日历。​ -V 字符串中含有数值时，按数值排序。

从 Ubuntu 24.04 开始，Ubuntu 的软件源配置文件变更为 DEB822格式，路径为 /etc/apt/sources.list.d/ubuntu.sources。确认 conda 是否安装。以下命令均来自于教程。

PDB常用软件和脚本汇总

在进行实际分析时，可能会碰到需要分离蛋白配体和受体的情况。

批量并行下载PDB文件

在进行mmseqs2时需要用到的原始文件为fasta格式，因此需要将PDB文件转换成对应的fasta文件。

通过PDBfixer修复蛋白残基