不能在FROM子句中为更新指定目标表 (You can't specify target table 'xxx' for update in FROM clause )...

在select外边套一层，让数据库认为你不是查同一表的数据作为同一表的更新数据：

update user_basic set is_new=1 where id IN(

SELECT  a.id  FROM     (
    SELECT     user_basic.id   FROM    user_basic,staff,(
        SELECT * FROM plt_copy WHERE id IN (
            SELECT MAX( plt_copy.ID ) AS ID FROM  plt_copy
                JOIN user_basic ON user_basic.id = plt_copy.USER_ID
                JOIN staff ON staff.work_num = plt_copy.EMPCODE 
                WHERE CALL_RESULT = 1  GROUP BY   USER_ID 
            ) 
       ) AS plt_copy 
    WHERE
        user_basic.staff_id = staff.id 
        AND plt_copy.EMPCODE = staff.work_num 
        AND plt_copy.USER_ID = user_basic.id 
        AND user_basic.staff_id IS NOT NULL 
    AND
    CASE
            WHEN ( user_basic.allot_time - 300 ) > UNIX_TIMESTAMP( plt_copy.CALL_TIME ) THEN
        TRUE ELSE FALSE 
     END 
        GROUP BY
        USER_ID 
    ) AS a

);