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科研记录
文章平均质量分 76
第一篇博客源于科研,虽然目前关于科研的博文较少,但是很开心有这么一个契机让我做出了改变。
YuanbaoQiang
非科班自学,正在搭建自己的计算机体系~
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数据处理-拉伸中的strain-stress曲线
目录基本步骤软件推荐代码部分草图输出主要记录科研中遇到的通用数据处理过程源代码下载:Deformation of Amorphous Polyethylene,不过里面的data不是以文件形式提供的,不太方便。所以可以从我的资源里下载:deformTest.tar.gz,里面含有基本的源数据和对应的处理py脚本。基本步骤得到数据文件(来源于各种仿真程序,通常可以导致指定格式的文件。批量读取文件的话,需要考虑到文件夹内文件的排序以及文件类型问题)得到文件中的数据(读取上述文件中的数据,需原创 2021-01-08 19:07:41 · 3449 阅读 · 2 评论 -
投稿历程(8.3-8.31)(Langmuir二审结束)
8.31收到预录邮件,9.2号在系统中正式为接受状态论文地址:Qiang, Y., Wu, W., Lu, J., Jiang, B., Ziegmann, G. Progressive Molecular Rearrangement and Heat Generation of Amorphous Polyethene Under Sliding Friction: Insight from the United-Atom Molecular Dynamics Simulations. Lang.原创 2020-09-05 20:48:09 · 3621 阅读 · 2 评论 -
投稿历程(7.3-8.3)(Langmuir一审结束)
投稿历程(7.3-8.3)(Langmuir一审结束????)刚好一个月的一审,结果还不算太糟糕,有望中刊!目前在回复审稿人意见,后续见刊后,会将论文所涉及到的代码以及后处理的脚本全部上传到git仓库中,也会单独写一份详细的模仿文档,提供初学者建模、动力学、后处理一个完整的练习过程。请持续关注~Langmuir一审编辑????:require significant consideration and revision of the manuscriptThe reviews for yo原创 2020-08-05 06:32:18 · 3182 阅读 · 3 评论 -
投稿历程(6.10-7.3)
目录投稿历程(6.10-7.3)ACS NanoInternational Journal of Heat and Mass TransferTribology InternationalLangmuir投稿历程(6.10-7.3)一个月之间换投了四个期刊,但是对论文质量提升没啥作用,倒是见识了不少的投稿系统????。总体而言ACS整体效率都很高,爱思唯尔下的Tribology International效率奇高。第一篇论文说实话做的并不是很好,模仿的居多,但还是希望自己的论文可以早日送审!A原创 2020-07-03 09:52:10 · 3407 阅读 · 4 评论 -
文献及写作
#文献管理及论文写作相关这主要是一门课的课程作业,趁这个机会就整理了一些,需要的可以看看,文献管理要从娃娃抓起,刚入学就应该重视了。##文献管理###常用检索系统####收费商业学术文献数据库(一般高校内网都可以进)(依次为个人常用顺序)WEB OF SCIENCEELSEVIERScienceDirect…####免费学术文献网站(部分需翻墙)(依次为个人常用顺序)谷歌学术微软学术必应学术百度学术…如果平常英文文献看的多,推荐可以找到适合自己的一条翻墙途径(不干其他原创 2020-06-18 11:19:04 · 1198 阅读 · 1 评论 -
报错解决:Lammps中lmp_mpi编译出错
目录????问题描述错误分析解决措施问题描述进行lmp_mpi编译时出错,以下为报错信息:/usr/bin/ld: ./liblammps_mpi.a(pair_born_coul_dsf.o): in function `LAMMPS_NS::PairBornCoulDSF::single(int, int, int, int, double, double, double, double&)':/opt/lammps/lammps/src/Obj_mpi/../math_special原创 2020-12-24 09:44:03 · 10648 阅读 · 4 评论 -
Ubuntu-多用户SSH登陆及LAMMPS计算
前言最近给实验室的Ubuntu服务器进行软件方面的配置,需要实现的功能如下:实现多用户SSH登陆;实现外网直接访问服务器(内网穿透);服务器多用户创建、切换、权限授予;Ubuntu之间、Ubuntu与Windows文件传输;多用户间文件共享问题;多用户分别在各自目录环境下进行LAMMPS计算。基于以上的配置,可以让大家的模拟计算更加的方便~先前准备实现多用户SSH登陆;实现外网直接访问服务器(内网穿透);服务器多用户创建;参考之前的记录:计算机网络-Ubuntu服务器实现多用户SS原创 2020-11-14 11:37:04 · 724 阅读 · 0 评论 -
报错解决:moltemplate.sh requires python
因为最近有好多人问我这个错误原因,所以我就统一说明一下我当时的解决方法!以下的解决过程仅供参考~报错信息执行moltemplate.sh脚本的时候,出现需要python的错误信息,可是python环境已经安装好了。。。moltemplate.sh requires python错误解决查看moltemplate.sh的源代码,发现问题所在:#!/usr/bin/env bash# (note: Classic Bourne shell (#!/bin/sh) also worked a.原创 2020-11-11 16:24:21 · 764 阅读 · 1 评论 -
Moltemplate安装错误解决(Win下)
Moltemplate安装错误解决(Win下)朋友在安装Moltemplate过程中遇到的问题moltemplate.sh: command not found解决办法:windows的ubuntu子系统下修改path路径,添加环境变量:export PATH="/mnt/e/professional software/Moltemplate/moltemplate_2020-6-12/moltemplate:$PATH"export PATH="/mnt/e/professional so原创 2020-07-10 12:45:15 · 5743 阅读 · 1 评论 -
Liquid/Solid Surface-02
目录Liquid/Solid Surface-02Liquid ModelingModeling in MoltemplateRelaxation in LammpsWall ModelingHybrid ProcessNi-Ni LJ PotentialNi-UA CombiningRelaxation Process*.data From VMDPE Relaxation ProcessApplied Force on The Upper WallLiquid/Solid Surface-02建原创 2020-06-29 08:54:25 · 993 阅读 · 0 评论 -
VMD使用
目录VMD使用打开data文件周期性显示问题原子选择移动原子导出图片导出data文件VMD使用打开data文件在Extensions/Tk Console中,先cd到data文件所在地址,键入:topo readlammpsdata filename.data周期性显示问题显示盒子边界: pbc box模型in-cell显示: pbc wrap -all取消in-cell显示: pbc unwrap -all原子选择选择同一类型的原子: atomselect top "type 1"移动原创 2020-06-29 07:44:13 · 10269 阅读 · 2 评论 -
Ubuntu下安装vmd
Ubuntu下安装vmdOvito pro已经要收费了,所以就转战VMD吧。参考: Ubuntu下安装vmdsudo apt-get install csh libstdc++5wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/files/final/vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gzgunzip vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CU原创 2020-06-24 17:04:07 · 8058 阅读 · 11 评论 -
Liquid/Solid Surface-01
目录Liquid/Solid Surface-01Some Slip ModelPE/AuPE/micaOscillatory Couette flowsSome United-Atom PE Force FieldDetails of the n-alkanes modelThe well-known (Siepmann-Karaborni-Smit) SKS united-atom potential modelCapaldi et al.Bolten et al.Liquid/Solid Surfa原创 2020-06-23 21:52:42 · 649 阅读 · 3 评论 -
给下一届-分子动力学相关
目录给下一届-分子动力学相关系统选择Win和Linux软件安装LAMMPS安装Python](https://www.python.org/)及[Anaconda安装Moltemplate安装(粗粒化建模)(目前在用)[Materials Studio(MS)](https://3dsbiovia.com/products/collaborative-science/biovia-materials-studio/)安装(初期可以熟悉尝试)MD流程任务一(建模):粗粒化(Moltemplate)/全原子(M原创 2020-06-18 11:18:01 · 4272 阅读 · 5 评论 -
python二维温度云图绘制
资源下载git clone https://github.com/YuanbaoQiang/LAMMPS_TOOLBOX.git所需数据格式坐标1,坐标2,对应的值,和之前我的二维温度云图实现差不多,只不过这次所有的数据都是python处理的,没用excel,没用origin而已。Coord1 Coord2 temp1 39 34.41931 41 209.1251 43 275....原创 2020-04-28 21:57:53 · 9947 阅读 · 2 评论 -
Ubuntu编译Moltemplate出现的一些问题
pip install 太慢导致失败换pip的源参考:ubuntu pip安装太慢导致失败环境变量设置官方的设置:export PATH="$PATH:$HOME/moltemplate/moltemplate"export PATH="$PATH:$HOME/moltemplate/moltemplate/scripts"实际地址根据自己需求:export PATH="/hom...原创 2020-04-14 15:46:58 · 1447 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu下的lammps GPU加速(真的香)
参考Lammps实现GPU加速,博客界面很好看,就是要翻墙,哈哈哈,所以我就转到CSDN大家参考学习。GPU加速显卡驱动安装(本文默认为英伟达) - 检查自己的驱动是否安装成功nvidia-smi如果安装成功会有如下输出:如果未安装会有如下结果:nvidia-smi command not found - 安装驱动ubuntu-drivers devices #...原创 2020-04-13 00:03:02 · 22469 阅读 · 25 评论 -
Ubuntu安装并行Lammps
安装所需包sudo su #开启管理员模式,输入密码后继续apt-get install gcc #安装gccapt-get install g++ #安装g++apt-get install gfortran #安装gfortranapt-get install make #安装make下载所需文件在home目录下打开终端:#新建lammp...原创 2020-04-11 15:12:07 · 19279 阅读 · 32 评论 -
Win+ubuntu单硬盘双系统安装(雷神新911机型)
所需硬件及软件所需硬件及软件硬件:U盘一个(8G以上)软件:UbuntuUbuntuBootice(UEFI引导修复)启动盘制作我最一开始用的是refus,说实话挺好用的,做win和ubuntu的系统盘都没问题,之前拿这个做过华硕的ubuntu启动盘,可以顺利安装,但是在我的雷神上ubuntu引导貌似有点问题:快速启动不显示U盘(确认bios已经设置好了)UEFI+GPT ...原创 2020-04-11 13:15:06 · 3055 阅读 · 4 评论 -
moltemplate导出模型密度控制2.0
模型这是我用moltemplate做出来的一个聚合度为50的PE链,共有72条,盒子体积64x64x350,ppf边界。初始结构虽然经过最小化,但是由于间距很小,在lammps中的弛豫过程需要很长的时间甚至会出错。解决方案采用soft势先用soft势替换原先设定的lj势,达到推开原子,避免重叠的情况,同时也可以做出一个较为良好的初始结构。pair_style soft 2.0p...原创 2020-03-29 23:42:46 · 2375 阅读 · 2 评论 -
2-bead polymer built by moltemplate_forcefield.lt(example file)
ForceField{}原创 2020-03-29 20:03:23 · 742 阅读 · 0 评论 -
二维温度云图实现
涉及到的命令chunk/atomtemp/chunkave/chunk部分命令仅供参考#-----------------------C层温度分布compute 1 C chunk/atom bin/2d y 0.0 2.0 z 0.0 2.0 #对原子进行分类切块compute 2 C temp/chunk 1 temp com yes #去除chunk质...原创 2020-03-26 22:07:58 · 11771 阅读 · 7 评论 -
Lammps命令更新记录(2020.3.26.01已更新)
2020年3月16日write_data; read_data; write_restart; read_restart;fix_addforce2020年3月17日move linear原创 2020-03-17 09:25:21 · 1182 阅读 · 1 评论 -
Lammps基础命令(2020.3.26.01已更新)
声明命令以及分析仅限于我在学习过程中涉及到的,细节还是得根据manual来。小建议:在PDF中添加自己的常用命令标签,方便反复查阅。常用命令write_restart:可以保留之前的模拟的group,运算后的原子坐标,速度,温度等信息,但是fix和variable在下次模拟中仍然需要重新声明。配合命令:read_restart.Although the purpose of res...原创 2020-03-17 00:24:03 · 13183 阅读 · 1 评论 -
置顶必看!!
我写博客的目的去年年底开始接触MD,期间走了很多的弯路,调研了很多的软件,也都尝试使用过,但最后都不了了之。三月初的时候还告诉导师不想做MD了,因为感觉自己的处境很封闭,没有任何学习资料,连最一开始的第一步都很困难,脑子里连MD的一个完整流程思路都没走通,后期导师的鼓励算是让我重新找回方向吧,最终还是打开了MS和lammps,开始摸索ing,开始做一些简单的模仿性学习,目前也算是取得了一些小进步...原创 2020-03-16 10:45:58 · 1072 阅读 · 5 评论 -
Moltemplate安装
软件介绍Moletemplate安装需要以下软件版本为个人推荐Windows下子系统(WSL),Ubuntu 16.04 LTSPython安装,Python3.8.2Moltemplate安装包,可git,可直接download压缩包,Package downloadWindows子系统安装Python安装Python安装勾选Add Python to PATH注意安...原创 2020-03-15 09:57:40 · 8886 阅读 · 2 评论 -
Windows下Ubuntu子系统安装
应用商店安装(企业版)Windows LTSC、LTSB、Server 安装 Windows Store 应用商店我下载的四个文件,在文件夹内Powershell输入命令即可。Add-AppxPackage *Ubuntu子系统安装Windows安装Linux子系统–安装GUI界面...原创 2020-03-15 08:31:59 · 898 阅读 · 0 评论 -
分子动力学入门
所用系统Windows 10 企业版现用软件Materials studio 7.0(商用)链接: linkLammps(免费开源)链接: linkOvito(可视化)链接: link其余软件由于首先接触的是粗粒化相关分子动力学,所以对相关软件有过一些调研及使用,在这里推荐给大家:OCTA(粗粒化相关免费软件)链接: linkJ-OCTA(粗粒化相关商用软件)链接: lin...原创 2020-03-13 22:40:15 · 3191 阅读 · 3 评论