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医学影像学习笔记

从计算机角度记录学习医学影像分割与检测、影像组学、脑磁图/脑电信号数据处理的笔记

原创 MATLAB篇|时序数据模拟生成

本文目的是介绍如何模拟实际数据中具有特征的时间序列数据。基于本文提供的模拟数据方法为以后阐述不同时频分析方法提供数据支撑。均匀且正态分布的白噪声和粉红色噪声可以通过函数rand(均匀分布)和randn(通常为Gaussian分布)生成噪声。这些函数的输入指定所得矩阵的大小。...

2020-04-03 01:18:57 166

原创 开源免费的脑电/脑磁图数据分析软件汇总

常用的MEG/EEG工具包MNE-python: http://mne.tools基于python开发的开源软件包,用于探索,可视化和分析诸如MEG,EEG,sEEG,ECoG等人类神经生理学数据。它包括用于数据输入/输出,预处理,可视化,源估计,时频分析,连接性分析,机器学习和统计的模块。Brainstorm:https://neuroimage.usc.edu/brai...

2020-03-30 13:08:56 899 1

原创 开源用于医学影像的深度学习工具箱

主要整理相关将深度学习技术应用到医学数据领域的开源软件,囊括了医学影像的病灶分割、检测等技术。如果大家有更好的推荐,欢迎留言。医学影像系列NiftyNet: https://github.com/NifTK/NiftyNet (截止2020.3.14日,stars:1.1k)基于tensorflow用于医学图像分析和图像指导治疗研究的开源卷积神经网络平台,特点是易于定制的网络组件接口...

2020-03-30 13:07:18 258

原创 脑磁图/脑电(MEG/EEG)溯源定位软件汇总

Netstation, EGI, US. Available: https://www.egi.com/research-division/geodesic-eeg-system-components/eeg-software. Accessed on August 5, 2017.EEGLAB, Swartz Center for Computational Neuroscience, Un...

2020-03-30 13:05:54 547

原创 caffe2导入时出现“TypeError: __new__() got an unexpected keyword argument 'file'”[Solved]

from caffe2.python import workspaceTraceback (most recent call last):File “”, line 1, in File “/home/reallocing/anaconda27/lib/python2.7/site-packages/caffe2/python/init.py”, line 2, in from ca...

2018-11-05 15:23:20 3209

原创 python subplots循环画图

https://jakevdp.github.io/PythonDataScienceHandbook/04.08-multiple-subplots.htmlplt.subplots() ## axes are in a two-dimensional array, indexed by [row, col]fig, ax = plt.subplots(2, 3, sharex='col'...

2018-10-10 18:08:37 5165

原创 记录np.arange和np.range

区别在于range()函数是python内置函数,arange()是numpy多维数组库里面的库函数。前者所实现的数据间隔步长只能为整数,后者可以是浮点数。>>> import numpy as np>>> np.arange(1,10,0.2)array([ 1. , 1.2, 1.4, 1.6, 1.8, 2. , 2.2, 2.4, ...

2018-10-10 11:17:06 1284

原创 pandas的set_value赋值方式

The difference is that set_value is returning an object, while the assignment operator assigns the value into the existing DataFrame object.after calling set_value you will potentially have two DataF...

2018-10-09 11:41:15 3904

原创 python logging 重复输出日志

logger.propagate = False

2018-08-22 11:46:27 1148

原创 Pycharm识别不到自己创建的模块的原因

点击该文件夹,右键Mark directory as ,然后source root即可。 https://www.zhihu.com/question/52880389

2018-08-20 16:55:01 2104

原创 使用numpy时警告:RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility

若显示1.15.0及以上版本,则该警告是numpy版本过高所带来的。降级numpy版本即可,如1.14.5等:pip uninstall numpypip install numpy==1.14.5参考method

2018-08-20 10:59:47 883

原创 kubelet 启动不了服务[/etc/systemd/system/kubelet.service:11] Missing '='. [Solved]

在重启kubelet时,提示重启不了,报错如下: [/etc/systemd/system/kubelet.service:11] Missing ‘=’. [/etc/systemd/system/kubelet.service:10] Trailing garbage, ignoring使用 systemctl unmask kubelet.service然...

2018-08-14 12:23:01 4049

原创 [Keras] ValueError: Tensor Tensor is not an element of this graph.[Solved]

自己使用load_weights函数加载预测时正常,但利用用flask使用model.load_weights函数加载keras模型进行预测时,出现的ValueError: Tensor Tensor(“loss/mul:0”, shape=(), dtype=float32) is not an element of this graph.的错误。采用gevent启动服务:fro...

2018-07-23 16:56:11 1526 1

原创 [bug]tensorflow.python.framework.errors_impl.FailedPreconditionError: Attempting to use uninitialize

You also need to initialise the local variables hidden in the tf.metrics.recallmethod.For example, this piece of code would work:init_g = tf.global_variables_initializer()init_l = tf.local_varia...

2018-07-02 13:22:57 2292

原创 ImportError: No module named tkinter[solved]

[centos] $ sudo yum install tkinter

2018-06-21 20:28:40 179

原创 3.Tree Traversals (Inorder, Preorder and Postorder)[数据结构]

Inorder Traversal:Algorithm Inorder(tree) 1. Traverse the left subtree, i.e., call Inorder(left-subtree) 2. Visit the root. 3. Traverse the right subtree, i.e., call Inorder(right-subtree)

2017-12-01 15:22:01 787

原创 2.Binary Heap[数据结构]

A Binary Heap is a Binary Tree with following properties. 1) It’s a complete tree (All levels are completely filled except possibly the last level and the last level has all keys as left as possible).

2017-11-30 22:52:28 438

原创 1.Index Mapping (or Trivial Hashing) with negatives allowed[数据结构]

Given a limited range array contains both positive and non positive numbers, i.e., elements are in range from -MAX to +MAX. Our task is to search for some number is present in the array of not in O(1)

2017-11-29 15:00:34 288

原创 人工智能在教育方面应用的思考(一)

人工智能在教育上的应用一直是我们研究的重点和难点,在未来的日子里,盼望人工智能能在教育方面迎来更多的变革和创新!现在我觉得重要的方向是是基于AI的认知诊断方向,诊断学生的知识掌握状态,之后就可以有意识的辅助学生弱项知识,这块knewton,alekx做的不错;国内的情况,还是大多停留在嘴上,没有提供好的在线诊断的平台。 这一点进行深耕,可以帮助老师和家长、学生自己实时查看自己学习情况,提高学习效

2017-11-18 11:51:23 11594 2

原创 Docker:Cannot connect to the Docker daemon. Is the docker daemon running on this host?[已解决]

解决方法:查看是否存在进程:$ ps aux |grep docker停止进程$sudo service docker stop重启docker:$dockerd$ docker info #查看

2017-10-05 16:41:46 2211

原创 沉迷系列-教育自适应学习算法

总结我接触的关于教育自适应学习方面的算法.我的github账号关于教育自适应学习算法方面的实现应用层面预测学生试题表现&能力表现诊断学生已掌握知识点预测试题涉及知识点试题推荐&知识点推荐算法汇总传统认知诊断教育模型1.LLTM(线性逻辑斯蒂克特质模型)2. Rule Space Model3. Fusion Model(融合模型)4. IRT5 DINA6 DINO7. NIDA8. NIDO9.

2017-08-10 10:39:56 2769 6

原创 举例说明python2.7.X和python3.X以上版本的区别记录学习

future 模块python 3.x引进了一些python2.7.x不兼容的关键字和功能,所以我们可以通过在python 2中导入future模型进行使用python3的特性. 如果我们想在python 2中使用python 3的整除,那么就可以导入下列: from __future__ import divisionfuture模块的另外一些功能print 函数python 2pri

2017-08-06 17:08:13 1291

原创 提高深度学习的性能的几点小意见

简要记录,技术细节请查看参考链接,里面附带了如何处理该问题的新链接.数据层面: 得到更多的数据变换加噪得到新数据归一化数据,比如根据output层的激活函数为sigmoid,规整y-value到[0,1]范围,比如tanh,规整到[-1,1]; 建议尝试保留原值和规整[0,1]和[-1,1]三种进行对比.转换数据: Lean on your intuition. Try things.

2017-08-04 17:06:38 567

原创 Dive into Machine Learning[沉迷机器学习,不能自拔~]

备注:回忆整理原已经学习过的机器学习和深度学习方面的算法.可视化数据 自动编码器

2017-06-25 20:49:12 584

原创 windows下文件在linux系统中为乱码[已解决]

linux下还可用iconv来执行编码转换,将一个GBK 编码的文件转换成UTF-8编码iconv -f gbk -t utf8 file1 -o file2

2017-06-12 19:32:37 1977

原创 牛客精品课程《直通BAT面试算法精讲课》[备忘]

专属邀请码:AFwHfKS,邀请链接为:www.nowcoder.com/courses/1?coupon=AFwHfKS。

2017-05-27 13:59:32 2143

原创 theano的gpu配置.theanorc文件[备忘]

$subl ~/.theanorc[global]floatX = float32device = cuda0[cuda] root = /usr/local/cuda-8.0

2017-05-10 09:28:54 1975

原创 个性化学习之推荐系统篇[笔记]

应用推荐系统于教育领域旨在强化(弥补)学生已掌握(未掌握)知识,它就可以帮助学生、老师在庞大的教育资源中检索出最合适的学习资源(知识点讲解视频 or ppt、试题)来进行有效的学习; 它不同于传统的商品推荐、音乐推荐系统,个性化学习推荐系统尝试根据学生的知识能力情况,因地制宜的推荐出学生大概能以20%,50%,80%等概率答对的试题,或者以学生当前知识水平、学习知识的倾向(视频或者文本)等为参考,

2017-03-22 15:57:32 2151 1

原创 python知识点:上下文管理器[__enter__ 和 __exit__ ]

上下文管理器(context manager)是Python2.5开始支持的一种语法,用于规定某个对象的使用范围。一旦进入或者离开该使用范围,会有特殊操作被调用 (比如为对象分配或者释放内存)。它的语法形式是with…as…with语句with open('some.txt',"w") as f: for i in f: print i自定义上下文管理器实现函数enter和

2017-03-21 21:55:03 3026

原创 python知识点: repr()/str()/eval()/exec()/bytes()

eval vs exec:Basically, eval is used to evaluate a single dynamically generated Python expression, and exec is used to execute dynamically generated Python code only for its side effects.eval and exec

2017-03-19 16:51:40 571

原创 python知识点: 列表解析/字典解析/集合解析/生成器解析

list comprehension/dict comprehension/set comprehension/generator comprehension列表解析式是将一个列表(实际上适用于任何可迭代对象(iterable))转换成另一个列表的工具。在转换过程中,可以指定元素必须符合一定的条件,才能添加至新的列表中,这样每个元素都可以按需要进行转换。list comprehension:>>>

2017-03-19 00:39:57 4413 1

原创 Ubuntu下搜狗输入法突然不能用,只能输入拼音[Solved]

ubuntu下搜狗的配置文件在 ~/.config下的3个文件夹里: SogouPY、SogouPY.users、sogou-qimpanel 删除这3个文件夹 删除配置文件,logout系统之后重新登录

2017-03-16 10:10:24 685

原创 python知识点:迭代器和生成器

生成器(generator):受内存限制,不能一次性生成所有的元素,所以使用某种算法使得推算出下一个元素即可。 可以被next()函数不断调用并返回下一个值,直到最后抛出StopIteration错误表示无法继续返回下一个值.列表生成式:>>> l = [x for x in range(100000)]1.生成器:把[]换成()>>> l = (x for x in range(10000))

2017-03-15 13:37:11 692

原创 python知识点:浅拷贝和深拷贝

浅拷贝:只拷贝了父对象的元素,不拷贝其父对象引用,但会拷贝其子对象的引用。深拷贝:将对象的所有都拷贝了一份,与原对象完全不相干。浅拷贝:假设拷贝对象里面的子对象含有可变对象: 可以看到,浅拷贝得到的l2和l1是不同的对象,但l2的子对象的却是使用引用指向了原子对象。 即浅拷贝,只是偷懒拷贝了出了一个父对象,而其中的子对象却是直接拷贝了其引用。这里值得注意的是,因为元组是不可变对象,对其进行操作,

2017-03-13 14:15:38 898

原创 python知识点:可变对象和不可变对象

python中,对象分为可变(mutable)和不可变(immutable)两种类型。元组(tuple)、数值型(number){int,float}、字符串(string)均为不可变对象,而字典型(dictionary)和列表型(list)的对象是可变对象。 {我对可变对象的理解就是,变量a将其赋值给另一个变量b,修改这个变量b会直接修改原变量a,而不可变对象,就会复制变量a进行修改,不会修改原

2017-03-11 11:18:36 411

原创 个性化学习实验室之使用IRT模型诊断学生知识点掌握程度

数据准备1.Fraction Subtraction Data 数据描述: 536个学生做20道关于分数减法的响应数据集20道题涉及的8个知识点: alpha1 convert a whole number to a fraction, alpha2 separate a whole number from a fraction, alpha3 simplify befor

2017-03-10 19:28:36 3962 3

原创 个性化学习之自适应测试[Adaptive Test]

自适应测试的进展 计算机诊断是一种越来越受欢迎的评估学生的方法.这种方式需要进行优化,以便学生可以在尽可能少的时间里获取准确的评估。这种优化方式可能是通过学习分析或者计算机自适应测验(CATs):接下来的测试问题就是根据学生以前的反应来进行选择,从而使得诊断更加有效.使用以前学生的非自适应测试的数据收集,因此,可以为新的学生提供有意义的自适应测试,告诉学生下一步做什么.本文会回顾了几个在不同领域

2017-03-08 13:53:31 5330 2

原创 python知识点:了解PEP8风格

PEP8是针对python代码格式而编订的风格指南,采用一致的编码风格可以令代码更加易懂易读!方便更多的人协同工作。空白python中空白会影响代码的含义及其代码的清晰程度 - 使用space(空格)进行缩进,不采用tab - 每一层缩进都用4个空格表示 - 每行字符数不超过79 - 占据多行的长表达式,每一层的缩进都应该在上一层基础上再加4个空格 - 文件中函数和类之间用两个空行隔开

2017-03-06 17:36:08 747

原创 个性化学习之"知识组件"[Knowledge component]的理解

Knowledge component 知识组件是一种描述心理结构或者描述学习者用来完成任务或者问题的过程,它可以单独使用,也可以和其它知识组件联合使用.它起源于 Koedinger, Corbett, & Perfetti (2012).知识组件可以被泛化的理解为知识概念,原理,事实,或者技能等.比如说我们可以把”乘法运算规则”,”axa^x的求导公式”等当成知识组件。 当学生具备一

2017-03-06 14:43:55 1506

原创 ROCR资料备忘:画带颜色区分的多条ROC曲线图

https://www.r-bloggers.com/a-small-introduction-to-the-rocr-package/ http://stackoverflow.com/questions/14085281/multiple-roc-curves-in-one-plot-rocr library(ROCR) data(ROCR.simple) pred <- predi

2017-02-22 21:23:47 5942

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