lefse分析

LEfSe(LDA Effect Size)分析,可以用于两个或多个分组之间的比较,从而找到组间 有显著性差异的物种(即 biomarker),分析步骤主要分为三步:

Step1:利用 Kruskal-Wallis 秩和检验检测所有的特征物种,通过检测不同组间的物种丰 度差异,获得显著性差异物种。

Step2:再利用 Wilcoxon 秩和检验检测上步获得的显著性差异物种的所有亚种是否都趋 同于同一分类级别。

Step3:最后用线性判别分析(LDA),得到最终的差异物种(即 biomarker)。

 

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R语言LEfSe分析是一种常见的物种或基因组间差异分析方法。LEfSe可以通过在线分析和本地分析两种方式来实现。在线分析可能受到网络和其他因素的影响而导致速度较慢,而本地分析则可以在Windows或Linux系统上进行,并且具有更加灵活的调参方式。在Windows系统上运行LEfSe分析的步骤如下: 1. 首先,需要安装Python(2.7版本)和R,并将其安装路径添加到系统环境变量中。 2. 下载并安装LEfSe本地分析包,可以通过以下链接获取(https://download.csdn.net/download/weixin_43585681/11530367)。 3. 安装Python的相关库文件,包括rpy2、numpy(1.11)和matplotlib(1.5)。这些库文件可以通过pip命令进行安装。 4. 安装R语言的相关库文件,包括mvtnorm、modeltools和coin。可以通过R语言的命令行或包管理工具进行安装。 安装完成后,就可以使用R语言进行LEfSe分析了。具体步骤包括: 1. 准备输入数据,将数据以特定格式保存到lefse.in.txt文件中。 2. 打开命令行窗口,切换到LEfSe的安装目录。 3. 运行以下命令进行LEfSe分析:D:\lefse\run_lefse.py lefse.in.txt lefse.out.txt -l 3 其中,lefse.in.txt是输入文件的路径,lefse.out.txt是输出结果的路径,-l参数指定LDA阈值。 通过以上步骤,就可以使用R语言进行LEfSe分析,并获取到差异物种或基因组的结果。请注意,以上步骤是针对Windows系统的演示,其他系统可能需要稍作调整。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [Python&R LEfSe 分析](https://blog.csdn.net/qq_38854576/article/details/86763650)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [lefse分析本地实现方法带全部安装文件和所有细节,保证成功。](https://blog.csdn.net/weixin_43585681/article/details/99360997)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]
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