Maven打包时与不用Maven打包的区别

今天发现个有意思的问题
两个IDE工具：MyEclipse 9.0 和SpringSource

用SpringSource直接添加Tomcat服务器，然后添加web工程 正常

用MyEclipse9.0 不仅仅之前部分依赖的包丢失（我用的H2.jar）而且直接添加Tomcat服务器，然后添加相同工程，出现有时配置文件丢失的情况，而用maven打包（右键pom.xml->maven package）则然后再添加该工程就运行就没有问题。


另外还遇到个问题，在家里搭建了一个本地仓库，用Myeclipse7.0新建Maven工程时到Nexus Indexer 是没有问题的，能正常显示，而用SpringSource则无论如何都刷新不了这个Nexus Indexer(注：Window -> show view -> other -> Maven Repositories 更新的)

而相同版本（SpringSource 2.7.2 ）在公司却没有遇到如此问题。
疑惑，深度疑惑该问题。