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RSS订阅原创 使用docker容器打包biobakery_workflows流程及其依赖项跑宏组学-仅供师妹参考
用的是pip3安装，通过阿里源，这只包含biobakery_workflows的核心软件和依赖项，不包括kneadata,metaphlan和humann等软件，还需要自己下载安装。docker system df命令，类似于Linux上的df命令，用于查看Docker的磁盘使用情况。在这里，我挂载了宿主机上的一个目录，目录里是需要用到的数据库，文件相当大，docker的挂载很好用。strainphlan的数据库用的是metaphlan的数据库。宏转录组的kneaddata，以下几个命令行谁跑的好就用谁。
2024-03-26 19:32:59
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