sql server中查询分析器和设计器性能真的差别很大吗？

    一个用于存档的数据表，大概有一个300万条记录，因临时需要检索数据，发现速度奇慢，一查发现没有任何索引，通过企业管理器中的设计界面，设置后保存，结果提示：超时时间已到。在操作完成之前超时时间已过或服务器未响应。

    但是我在查询分析器中使用
alter table alter table kq_clockcardold add constraint pk_t1 primary key (id)
alter table alter table kq_clockcardold add constraint pk-t2 unique (empid,card_time)
结果运行成功，时间是有点长，大概4min。
    难道查询分析器和设计器底层调用不一样吗？如果调用一样，性能咋会差别这样大呢？