最近在上生物信息学相关课程,需要用到老师要求的一些R包,安装的时候各种问题,发帖记录一下,以免以后换电脑(不)还要遇到相同问题——
igraph的安装
> install.package("igraph")
开始跑(TWO THOUSAND YEARS LATER)
1. 第一次的问题如下:
/bin/bash: 行 1: gfortran: 未找到命令
make: *** [/sur/lib/R/etc/Makeconf:191: vendor/arpack/dgetv0.o] 错误 127
ERROR: compilation failed for package 'igraph'
第一次的解决:
安装gfortran
#退出R
> q()
#安装gfortran
sudo apt install gfortran
安装完之后再进入R,开始第二次下载igraph。自以为很顺利,直到……
2. 第二次的问题如下
/usr/bin/ld: 找不到 -llapack:没有那个文件或目录
/usr/bin/ld: 找不到 -lblas:没有那个文件或目录
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [/usr/share/R/share/make/shlib.mk:10: igraph.so] 错误1
ERROR: compilation failled for package 'igraph'
第二次的解决:参考http://t.csdn.cn/x3PmT
#退出R
> q()
#安装找不到的家伙
sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev
然后再次进入R,安装igraph!成功!!
> install.package("igraph")