Netcdf4.4的安装过程（附netcdf4.1.3的安装过程）

写这个文章，主要有两个目的：一个是自己备忘；另一个是分享. 方便自己也帮助他人.

NetCDF全称为network Common Data Format，中文译法为“网络通用数据格式”，对程序员来说，它和zip、jpeg、bmp文件格式类似，都是一种文件格式的标准。netcdf文件开始的目的是用于存储气象科学中的数据，现在已经成为许多数据采集软件的生成文件的格式。

 

注：netcdf4.2以上的版本c库和fortran库分开，要先安装netcdf-c,然后再安装netcdf-fortran

 

平台：centos6.9

 

安装步骤：

 

（1）编译环境的设置：

 

终端中输入如下语句：本人使用intel的编译器来编译，其他编译器（如PGI,GNU）对应修改。

export CC=icc

export CXX=icpc

export FC=ifort

export F90=ifort

export F77=ifort

安装之前的说明：

 

1. 由于安装netcdf4需要zlib和hdf5,我们将把这些安装在同一个目录下，方便后面的环境变量配置.

2. 安装使用的是root用户,如果读者用户没有root权限，可以使用sudo来提升权限。

 

（2）安装zlib（应该是用于数据压缩，szip安装同zlib）

 

1.下载地址：ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/

2.解压 tar -zxvf zlib-1.2.8.tar.gz

3.配置安装信息. ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed

其中可以使用 ./configure--help来查看可以使用那些选项。这里选择默认选项安装。

4.编译. make

5. 检查. make check

6.安装. make install

安装完成之后会在/usr/local/netcdf4-needed这个目录下生成三个文件lib include share

 

（3）安装hdf5

 

hdf5是为了使用netcdf-4特性，这个特性需要hdf5来支持，这个特性支持2G以上的文件。

 

1.下载地址：ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/

2.解压 tar -zxvf hdf5-1.8.13.tar.gz

3.配置安装信息. ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed --with-zlib=/usr/local/netcdf4-needed/

4.编译 make

5. 检查编译信息 make check

6. 安装 make install

安装完成后,会被安装进 /usr/local/netcdf4-needed目录下的四个文件lib include share bin 中.

（4）安装netcdf-c

1. 下载地址 ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/old/

2. 解压 tar -zxvf netcdf-4.3.2.tar.gz

3.配置安装信息 CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf4-needed/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf4-needed/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed --disable-dap

关于CPPFLAGS和LDFLAGS的用法参考这篇文章：https://blog.csdn.net/tuhuolong/article/details/7843352

4.编译 make

5.编译信息检查 make check

6.安装 make install

（5）安装netcdf-fortran

1.告知库文件位置.终端中输入 export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/netcdf4-needed/lib:$LD_LIBRARY_PATH

2. 解压tar -zxvf netcdf-fortran-4.4.0.tar.gz

3.配置安装信息. CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf4-needed/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf4-needed/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed

注意：此处如果没有输入 --disable-dap的话，要预先安装curl. dap应该是用于远程数据处理相关的,这里不安装也行。

4.编译 make

5.编译信息检查 make check

6.安装 make install

 

(6)配置环境变量

1.终端中输入 vim ~/.bashrc 按i进入插入模式，输入如下信息

#netcdf4.4

export NETCDF=/usr/local/netcdf4-needed

export PATH=$NETCDF/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=$NETCDF/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export CPPFLAGS='-I/usr/local/netcdf4-needed/include'

export LDFLAGS='-L/usr/local/netcdf4-needed/lib'

输入完成保存退出（先按esc键，然后输入：wq保存退出）

2.使环境变量生效

终端中输入 source ~/.bashrc

 

（7）查看安装了那些组件

[hxz@hxz~]$ nc-config --all

 

ThisnetCDF 4.3.2 has been built with the following features:

 

--cc -> icc

--cflags -> -I/usr/local/netcdf4-needed/include-I/usr/local/netcdf4-needed/include

--libs -> -L/usr/local/netcdf4-needed/lib -lnetcdf

 

--has-c++ -> no

--cxx ->

--has-c++4 -> no

--cxx4 ->

 

--fc -> ifort

--fflags -> -I/usr/local/netcdf4-needed/include

--flibs -> -L/usr/local/netcdf4-needed/lib -lnetcdff-L/usr/local/netcdf4-needed/lib -lnetcdf -lnetcdf

--has-f90 -> no

 

--has-dap -> no

--has-nc2 -> yes

--has-nc4 -> yes

--has-hdf5 -> yes

--has-hdf4 -> no

--has-pnetcdf->no

 

--prefix -> /usr/local/netcdf4-needed

--includedir->/usr/local/netcdf4-needed/include

--version -> netCDF 4.3.2

 

 

[hxz@hxz~]$ nf-config --all

 

ThisnetCDF-Fortran 4.4.0 has been built with the following features:

 

--cc -> icc

--cflags -> -I/usr/local/netcdf4-needed/include-I/usr/local/netcdf4-needed/include

 

--fc -> ifort

--fflags -> -I/usr/local/netcdf4-needed/include

--flibs -> -L/usr/local/netcdf4-needed/lib -lnetcdff-L/usr/local/netcdf4-needed/lib -lnetcdf -lnetcdf

--has-f90 -> no

--has-f03 -> yes

 

--has-nc2 -> yes

--has-nc4 -> yes

 

--prefix -> /usr/local/netcdf4-needed

--includedir->/usr/local/netcdf4-needed/include

--version -> netCDF-Fortran 4.4.0

 

 

补充：这里我没有安装curl,所以就没有选择dap组件。如果需要dap组件，可以先安装curl，然后在安装netcdf-fortran的时候不要输入--disable-dap.但是可能在安装curl的过程中make check之后可能会出现一个错误，虽然不影响最后的安装，但是对于强迫症的人群这个是受不了的。具体看着办把。。。

 

 

附录：netcdf4.1.3安装的简单说明。

其实，其他版本的netcdf的安装思路都是差不多的，出现问题主要还是编译环境或者相关库文件的设置不合理导致的。

zlib，hdf5同上，因为netcdf4.1.3版本的c库和fortran库是合并在一起的，所以安装就少了上面netcdf-fortran安装这一步。其他的环境变量配置等同上。

 

CPPFLAGS=-I/usr/local/netcdf4-needed/include LDFLAGS=-L/usr/local/netcdf4-needed/lib ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4-needed/