debug
骑行去看海
苟有恒,何必三更眠五更起;最无益,莫过一日曝十日寒。
展开
-
GATK ApplyBQSRSpark 过程中因No space left on device终止
Spark计算时,默认会将中间结果、所用到的jar包临时存放到/tmp目录中,当挂载在/tmp目录的磁盘空间不足时,就会报错`No Space Left on the device。GATK ApplyBQSRSpark 过程中因No space left on device终止。命令清除tmp文件夹下的临时文件,手动操作,或者写一个定时清除的脚本。2、增加/tmp的大小。原创 2023-08-07 10:18:39 · 337 阅读 · 0 评论 -
GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止
我使用的服务器给每个用户分配的最多打开文件数量是409600,会出现too many open files是因为RStudio的Terminal限制,所以直接使用ssh连接服务器执行命令既可以解决问题。GATK 集成的Spark运行过程中会打开多个文件,而我使用的服务器版RStudio的Terminal限制了打开的文件数量最多为4096。GATK BQSR进行 BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止。查看当前用户能打开的最多文件数量。原创 2023-08-07 10:02:37 · 367 阅读 · 0 评论