ImageJ
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sheldonxxd
这个作者很懒,什么都没留下…
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ImageJ -介绍与安装
写在开头ImageJ,一款免费却又极其强大的图像处理软件。百科但很不幸的是,这款软件对于电脑小白而言,可能并不容易上手。看一下这个软件的界面就知道了。反正我第一打开的时候就直接想关掉,这些个 icon 根本不知道干嘛的好吧。但是后来,大量的图像不得不用 ImageJ 分析,只有硬着头皮好好学习。所以说,学点什么,都是被逼出来的,主动学习反而效率不高。软件安装ImageJ貌似也有好几个distrib...原创 2018-05-19 09:21:53 · 45947 阅读 · 4 评论 -
图像栅格化统计
实现效果原始图像处理后通过这样的处理,使得两个区域接触部位的信号差异更加凸显出来实现思路这里使用的就是栅格化统计的思路即将图像分割成多个20*20像素区域大小的正方形然后统计每个区域内的信号强度(平均值)通过这些平均值的mapping得到一个新的矩阵再通过这个矩阵做等高线图使用工具1. ImageJ:用于提取图像信息2. OriginLab2...原创 2019-07-10 10:20:54 · 1034 阅读 · 0 评论 -
代码美化与良好的编程习惯养成
有一段时间没有写代码跑程序了再来看看以前的东西,简直就是头大于是用了大半天的时间,来搞代码美化并重新debug总结了一些经验如下:好的工具很重要,我的用是sublime(Docblockr插件),快速插入函数注释 明确函数名命名规则,驼峰命名法,前面是动作后面是对象,如findMaxima(寻找极大值点) 明确变量命名规则,使用下划线如maxima_noise(注意从属关系)或...原创 2018-08-08 21:39:00 · 305 阅读 · 0 评论 -
ImageJ+OriginLab简单实现区域信号强度统计
1. 先用ImageJ提取图像信息,提取20*20小区域的信号强度平均值2. 把Log窗口中输出的数值另存为csv格式,然后用excel打开,获取矩阵行列数3. 在OriginLab中新建一个矩阵,把excel数据复制过来4. 做热图效果如下这个效果并不是很好,接下来做一个等高线图甚至还可以做成立体的surface...原创 2018-07-28 20:44:58 · 3348 阅读 · 4 评论 -
基于ImageJ的粒子光斑检视器
问题在对粒子进行分类过滤的时候常常会出现一些假阳性或者假阴性的情况为了提高粒子过滤的准确性就希望能够针对一些程序自动判断出错的少数个例进行参数的优化调整我们希望实现的功能是点击图像上某个粒子光斑程序会输出这个粒子光斑的截图以及粒子分类结果和粒子对应参数代码//particle picker 手动版本,单击图像中某个粒子,即可显示其类别和基本信息//截图区域半径为8,先获取粒子光斑截图size...原创 2018-07-07 15:45:25 · 680 阅读 · 0 评论 -
细胞内粒子识别与统计作图
问题贵金属纳米颗粒如纳米金和纳米银在暗场显微镜下具有特定颜色的散射光斑其颜色类型与纳米颗粒的大小,形貌以及聚集状态相关现在获得了大量暗场细胞图像细胞存在较高的背景如何从这样的图像中对粒子进行统计分析代码实现因为时间关系,直接上代码,以后再细讲/* * count particles automatically */ //global parameters------ hue_blue ...原创 2018-07-05 20:16:31 · 669 阅读 · 0 评论 -
ImageJ选定位置后一键截图代码
问题在PPT甚至文章展示的时候需要使用单个细胞的截图为了保持截图的长宽和Scale一致如果使用一般的截图工具比如GreenShot或者Picpick就不是很方便如果能够只在单细胞中心点击一下程序自动截取好制定长宽的图像就非常完美了。下面就开始用ImageJ的宏语言进行编程了。编程思路1. 用户点击图像某一点,并记录该点坐标2. 基于特定点坐标截取指定大小的图像代码实现/* * 单细胞截图工具 ...原创 2018-07-04 16:20:25 · 8786 阅读 · 0 评论 -
银纳米粒子光斑图像等比例扩充
问题描述有时候展示粒子光斑喜欢看到马赛克那种类似热图的感觉比如下面这样但是这个粒子光斑位图只有15*15大小如果在类似PPT或者其他作图软件里面强行放大进行展示的时候软件会自动给你插值做成下面这种效果这并不是我们想要的。解决方案1. 打开一张粒子光斑像素图2. 按照顺序读取每个像素的值并记录下来3. 新建一张等比扩大n倍的图像4. 按照顺序以n*n矩形填充对应像素代码如下:/* * 将小像素图i...原创 2018-06-27 19:28:15 · 316 阅读 · 0 评论 -
ImageJ-Macro Language
引言ImageJ的用户界面是挺丑的连个自动跳广告的功能都没有。。。但它对开发者(Developer)的友好程度却非常高所以你如果懂一点儿编程用起来就会非常开心当然了,真的只需要懂一点点就行这一点点就是ImageJ自带的Macro Language (宏语言)宏语言的一般学习方法学编程嘛,不管是啥语言官方文档【链接在此】要多读但只能当做工具书一样查阅当然了Macro首先要知道Macro语言的基本语法...原创 2018-05-22 18:46:24 · 3797 阅读 · 0 评论 -
ImageJ-自定义用户界面用于手动分类标记
功能希望使用ImageJ对粒子光斑样本(300个)进行手动分类标记。就需要用到Dialog模块,让用户可以查看粒子光斑图像,然后选择其类型,并且将标记的数据保存到txt文件中。另外手动标记还要考虑临时中断的问题,如何让程序从断点继续循环,而不是从头开始。其实思路非常简单,每次程序执行都先检查一下已有的record,看看已经标记了多少,然后for循环就从多少开始。效果 代码...原创 2019-08-23 13:37:32 · 2182 阅读 · 0 评论