Python与医疗图像1

1. PyMVPA

解析：PyMVPA [Python MultiVariate Pattern Analysis]是一个用来简化大型数据集的模式分类分析的Python模块。提供一些高级的抽象的常用的处理步骤和一些常用算法的实现，而且它不仅仅局限于神经影像学领域。Windows下安装方式为pip install pymvpa-0.4.8-cp27-none-win_amd64.whl。

 

2. Nilearn

解析：Nilearn是一个能够快速统计学习神经影像数据的Python模块。它利用Python语言中的scikit-learn工具箱和一些进行预测建模，分类，解码，连通性分析的应用程序来进行多元的统计。

 

3. Scikit-learn

解析：Scikit-learn是基于Scipy为机器学习建造的的一个Python模块，它的特色就是多样化的分类，回归和聚类的算法包括支持向量机，逻辑回归，朴素贝叶斯分类器，随机森林，Gradient Boosting，聚类算法和DBSCAN等。

 

4. Scikit-image

解析：Scikit-image是用于图像处理的Python包，使用原生的NumPy数组作为图像对象。

 

5. PyOpenCV [或CV2]

解析：PyOpenCV [或CV2]是一个用Python实现的OpenCV的API。但是，PyOpenCV与CV2的区别呢？

 

6. PyOpenGL

解析：PyOpenGL是一个用Python实现的OpenGL的API。

 

7. PIL

解析：PIL [Python Imaging Library]是Python中最常用图像处理库，它的功能非常强大，并且API非常简单易用。

 

8. FSL

解析：常用的分析fMRI的软件有SPM，FSL和AFNI。官网对FSL的介绍：FSL is a comprehensive library of image analysis and statistical tools for fMRI, MRI and DTI brain imaging data. The suite consists of various command line tools, as well as simple GUIs for its core analysis pipelines. Among others, FSL offers implementations of standard GLM analysis, white matter tractography, tissue segmentation, affine and non-linear co-registration, and independent component analysis.

FSL提供的工具，如下所示：

[1]Functional MRI: FEAT, MELODIC, FABBER, BASIL, VERBENA

[2]Structural MRI: BET, FAST, FIRST, FLIRT & FNIRT, FSLVBM, SIENA & SIENAX, fsl_anat

[3]Diffusion MRI: FDT, TBSS, EDDY, TOPUP

[4]GLM / Stats: GLM general advice, Randomise, Cluster, FDR, Dual Regression, Mm, FLOBS

[5]Other: FSLView, Fslutils, Atlases, Atlasquery, SUSAN, FUGUE, MCFLIRT, Miscvis, POSSUM, BayCEST

FSL安装，如下所示：

[1]下载FSL

http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-5.0.9-centos6_64.tar.gz

[2]安装FSL

sudo su
mkdir /opt/software
tar -zxvf fsl-5.0.9-centos6_64.tar.gz

[3]配置环境变量

vim ~/.bashrc
FSLDIR=/opt/software/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

说明：source ~/.bashrc即可，不需要重启计算机。

可能遇到的问题，如下所示：

[1]error while loading shared libraries: libmng.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

解析：

sudo apt-get install liblcms1 (http://packages.ubuntu.com/precise/libmng1)

sudo dpkg -i libmng1_1.0.10-3_amd64.deb

 

9. FreeSurfer

解析：FreeSurfer是一个处理大脑3D结构像数据，进行自动皮层和皮下核团分割的软件。该软件是一款用于分析脑神经数据的工具集合，它提供了一系列的算法来量化人脑的功能、连接以及结构属性，能对高分辨率的磁共振图像进行三维重建，生成展平或胀平图像，并能得到皮质厚度、面积、灰质容积等解剖参数。

FreeSurfer安装，如下所示：

[1]配置环境变量

export FREESURFER_HOME=/home/ssw/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

[2]yum install tcsh

[3]将license复制到/home/ssw/freesurfer中。

[4]分别输入tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help。

[5]recon-all -s bert -autorecon1。

 

10. Slicer

解析：3D Slicer是一个跨平台的，免费和开源的数据可视化和医学图像计算软件包。

 

11. nipy，nibabel

解析：Python医疗影像开发包。pip install nipy-0.4.0-cp27-none-win_amd64.whl；pip install nibabel。

 

12. VTK

解析：VTK [visualization toolkit]是一个开源的免费软件系统，主要用于三维计算机图形学、图像处理和可视化。VTK是在面向对象原理的基础上设计和实现的，它的内核是用C++构建的，包含有大约250,000行代码，2000多个类，还包含有几个转换界面，可以通过Python语言使用VTK。

 

参考文献：

[1] PyMVPA：http://www.pymvpa.org/

[2] Scikit-learn：http://scikit-image.org/

[3] PIL：http://www.pythonware.com/products/pil/

[4] PyOpenGL 3.x：http://pyopengl.sourceforge.net/

[5] 核磁共振成像：https://www.zhihu.com/topic/19613128/top-answers

[6] FSL：http://neuro.debian.net/install_pkg.html?p=fsl-complete

[7] ubuntu 12.04安装fsl：http://blog.csdn.net/lj695242104/article/details/17059625

[8] FreeSurfer使用手册：https://read.douban.com/column/594403/

[9] 3D Slicer：https://www.slicer.org/

[10] FreeSurfer Download and Install：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall/