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RSS订阅原创 遗传图谱的可视化（比mapchart更强大）
将群体的遗传图谱构建完成之后，我们得到的是一个excel文件，一堆数据，那么在做工作汇报或者发表文章的时候，我们必须要将数据进行可视化，最传统的方法当然是使用mapchart，我一直也是使用mapchart，其将遗传图谱可视化的效果图如下：作为一个极度老牌的可视化软件，mapchart的弊端现在已经很明显了。在十几年前，一个群体的分子标记还很少，往往很普遍的情况是只有几百个SSR标记，而现...
2018-10-07 11:09:28
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原创 统计Binmap中某一亲本基因型所占总比例
在构建完binmap之后，往往需要统计各亲本占群体的基因型比例。比如玉米中的B73-teosinte群体，我们假设B73的基因型为A，teosinte的基因型为B，如果我们需要统计在整个群体中teosinte所占的基因型比例，这时候我们需要先将群体中所有B基因型的bin的区间都提取出来，生成一个bed文件，如下图，该bed文件共有三列，第一列为染色体名称，第二列为其中一个基因型为B的bin的起始物...
2018-10-07 10:30:53
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原创 Linux下手动编译安装R包（今日份收获）
不管是在windows下还是Linux下，我们安装R包的方法最常用最无脑的方法，自然是install.packages("package_name")，但是很多情况下并不能如愿：本人今天安装ASMap包时也失败了，于是在各种折腾之下学会了手动安装R包。第一步需要用wget下载R包到服务器，或者使用浏览器下载到windows下，再上传到服务器。PS.下载到服务器上的R包还需要解压缩第...
2018-08-22 10:42:26
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原创 箱型图学习笔记
昨天有个同学看文献的时候看到一张图，看不太明白，于是跑来问我，我乍一看此图，典型的箱型图，但也仅仅只限于知道是箱型图，并不知道到底这种图该如何去看，就恶补了一下相关知识。 对于箱型图，百度百科上的解释如下： 箱形图最大的优点就是不受异常值的影响，能够准确稳定地描绘出数据的离散分布情况，同时也利于数据的清洗。箱型图有六大因数：1.下四分位数Q12.中位数（第二...
2018-07-21 09:51:42
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原创 Linux下安装最新版本QIIME2_2018.6
本文章只介绍如何在Linux下安装最新版QIIME2软件，具体的软件使用及其他内容见QIIME2官方文档，请参考考：https://docs.qiime2.org/2018.6/安装步骤如下：1.下载安装anaconde2Linux下下载的是文件是Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh，下载完成后直接运行bash Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.s...
2018-07-14 18:53:45
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原创 linux：Unable to establish SSL connection
在Linux下安装各种软件最常用的命令自然是wget https://xxxxxxxx 。本人今天安装QIIME2软件，在使用wget下载时报错：多方查阅资料，所有人给出的建议都是一模一样的：wget的版本过低，建议更新wget版本。但是我确实更新过wget版本了，依旧有这个报错 #更新wget的命令为：yum update wget最后的解决方案是，我抱着侥幸心理换了一台服务器...
2018-07-14 18:29:11
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原创 Linux sed 命令学习笔记
简介：sed是一种流编辑器，它是文本处理中非常重要的工具，能够完美的配合正则表达式使用，功能不同凡响。处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”（pattern space），接着用sed命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。文件内容并没有 改变，除非你使用重定向存储输出或者使用直接编辑文件选项-i。sed主要用...
2018-07-14 08:24:38
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原创 Linux“terminate called after throwing an instance of std::bad_alloc what(): std::bad_alloc Aborted ”
最近在Linux下使用bedtools软件，在使用bedtools coverage时一直出现如下报错：terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'what(): std::bad_allocAborted (core dumped) 在网上查阅了很多，所有人都说是内存不够，但是并没有给出合...
2018-07-10 15:43:18
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空空如也
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