conda常用命令

刚刚尝试用conda管理自己用的一些生信软件，这里记录常用的一些命令

linux系统上下载并安装conda：

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

后续具体步骤参照  ——-生信技能树conda管理生信软件一文就够

查看是否成功安装

source ~/.bashrc

未出现任何提示，说明安装成功，进行下一步调用conda命令

conda --help

若出现“conda command not found”这样的语句，则可以通过编辑~/.bashrc文件

vim ~/.bashrc

在~/.bashrc文件结尾加上

export PATH=~/具体conda安装路径/bin:$PATH

退出后，再次执行

source ~/.bashrc

conda --help

配置conda镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

source ~/.condarc

通过source ~/.condarc查看现有环境配置镜像，vim命令可以编辑 ~/.condarc删除失败的镜像。

创建小环境

conda create -n +创建环境名称

查看小环境

conda info -e

进入小环境

source activate  +环境名称

查看小环境已安装的软件

conda list

安装相应版本的软件

conda install PACKAGENAME==VERSION

查找相应的软件包

conda search PACKAGENAME

退出小环境

conda deactivate

移除小环境

conda env remove --name bio-env

作者：阿糖胞苷_SYSU
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来源：简书
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