语言比较
php是解释执行的服务器脚本语言，语言风格和c语言比较像，而java是面向对象的语言，它的最初原型是从c++上演化而来的，学习java首先要理解面向对象的概念，所以从这点上，php较java好学。
java编译成字节码.class文件，然后在java虚拟机上执行。java的web开发首先想到就是JSP，原来的web开发是servlet实现的（java源文件中内嵌大量html元素，用out.print(“<html>...</html>“)，所以后来出现了JSP（java server pages），JSP可以很方便嵌入到html中。不过，在服务器端执行的，JSP会被服务器转换成servlet，在编译执行。
其实实现web网站，jsp+servlet就可以了，但这样的话，要在servlet中或者JSP中写入大量重复的代码，比如，数据库连接代码，数据库操作代码等。如果写在JSP中，就会使得html和java代码耦合性提高，显得冗余，也不好维护，同时在服务器端JSP转化servlet也会耗费大量时间。若是写在servlet中，虽然java和html分离，但复用性没得到提高，所以出现了javabean。javaBean 是一种可复用的、跨平台的软件组件。使用javabean可以方便的实现java代码和html的分离，能够增强系统的功能和软件的复用性。
Java的Web开发属于SUN公司定义的J2EE其中的规范。而且在J2EE中包括了java的Web开发的所有方面，如：JSP、Servlet、JDBC、JNDI、JAVABEAN、EJB等等。J2EE就特别适合于做大型的企业级的应用。
数据库访问
java是通过JDBC访问数据库，根据数据库厂商提供的数据库驱动，很容易访问数据库，且访问数据接口统一。
php对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，数据库访问代码的通用性不是太好。例如，java访问mysql数据库改成sqlserver数据库，只需该少量代码，而php要改大量代码。
系统设计架构
采用java的web开发，理论上是面向对象的开发方法，需要用面向对象的方法建模分析设计，而php是面向过程的开发方法。
跨平台性
java和php都有很好的跨平台性，几乎不需修改就可以在不同的操作系统Linux或windows上运行。
开发成本比较
PHP最经典的组合就是：PHP + MySQL + Apache。非常适合开发中小型的Web应用，开发的速度比较快。而且所有的软件都是开源免费的，可以减少投入。
Java的Web应用服务器有免费Tomcat、JBoss等，如果需要更好的商业化的服务有：Web Sphere和 Web logic。
分布式多层架构比较
PHP只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而JAVA在这方面就比较强大，可以实现多层的网络架构。数据库层(持久化层)、应用(业务)逻辑层、表示逻辑层彼此分开，而且现在不同的层都已经有一些成熟的开发框架的支持。例如Struts就是利用java的Web开发技术实现了MVC的设计模式，而在业务逻辑层也有Spring框架，数据库持久化层有Hibernate等框架。这些框架可以方便开发者高效、合理、科学得架构多层的商业应用。
下面简要的说一下Struts，它实质上是在JSP Model2的基础上实现的一个MVC(Model、View、Controler)框架。JSP Model2体系结构是一种联合使用JSP 与Servlet 来提供动态内容的方法。在Struts框架中，模型由实现业务逻辑的JavaBean或EJB组件构成，控制器由Servlet实现的，视图由一组JSP文件组成。采用Struts可以明确角色的定义和开发者与网页设计者的分工。而且项目越复杂，其优势越明显。
源代码安全
PHP开发的程序的源代码都是公开的，他人拿到php开发的程序后都可以进行修改。
Java开发的程序，最后用户拿到的是只是一些编译好的class类，无法看到完整的源代码，安全性高。
性能比较
有人做过试验，对这两种种语言分别做回圈性能测试及存取Oracle数据库测试。
在循环性能测试中，JSP只用了令人吃惊的四秒钟就结束了20000*20000的回圈。而PHP测试的是2000*2000循环(少一个数量级)，却分别用了63秒。
数据库测试中，二者分别对 Oracle 8 进行 1000 次 Insert,Update,Select和Delete： JSP 需要 13 秒，PHP 需要 69 秒。
所述，我个人认为，PHP适合于快速开发，中小型应用系统，开发成本低，能够对变动的需求作出快速的反应。而Java适合于开发大型的应用系统，应用的前景比较广阔，系统易维护、可复用性较好。还有，同样功能的系统用Java开发的系统要比PHP开发的系统的价格要高。
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