【大数据分析】Spark的二次开发工程edata-base,介绍

介绍

edata-base是基于Spark的大数据二次开发库,它封装了Spark与其他常用中间的使用方法,使得基于Spark的开发更加简便。
源码仓库地址:https://gitee.com/alan-sword/edata-base

工程介绍

在这里插入图片描述

edata-base 中的POM

edata-base 规定了Spark API与其他中间件API的版本,自定义Spark工程可以自行引用,edata-base-component引用了这个父工程。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0"
         xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
         xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">

    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
    <groupId>com.edata.bigdata</groupId>
    <artifactId>edata-base</artifactId>
    <packaging>pom</packaging>
    <version>1.0-SNAPSHOT</version>

    <properties>
        <java.version>1.8</java.version>
        <scala.version>2.11</scala.version>
        <scala.binary.version>2.11</scala.binary.version>
        <spark.version>2.4.3</spark.version>
        <hadoop.version>3.1.2</hadoop.version>
        <posgresql.version>42.1.1</posgresql.version>
        <nebula.version>2.6.1</nebula.version>
        <flink.version>1.14.3</flink.version>
        <zookeeper.version>3.6.1</zookeeper.version>
    </properties>

    <modules>
        <module>edata-base-component</module>
        <module>edata-bigdata-test</module>
    </modules>

    <dependencies>


        <!--Postgresql-->
        <dependency>
            <groupId>org.postgresql</groupId>
            <artifactId>postgresql</artifactId>
            <version>42.3.1</version>
        </dependency>

        <!--mongodb-->
        <dependency>
            <groupId>org.mongodb.spark</groupId>
            <artifactId>mongo-spark-connector_${scala.version}</artifactId>
            <version>2.4.3</version>
        </dependency>

        <!--Spark-->
        <dependency>
            <groupId>org.apache.spark</groupId>
            <artifactId>spark-core_${scala.version}</artifactId>
            <version>${spark.version}</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.apache.spark</groupId>
            <artifactId>spark-streaming_${scala.version}</artifactId>
            <version>${spark.version}</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.apache.spark</groupId>
            <artifactId>spark-streaming-kafka-0-10_${scala.version}</artifactId>
            <version>${spark.version}</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.apache.spark</groupId>
            <artifactId>spark-sql_${scala.version}</artifactId>
            <version>${spark.version}</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.apache.spark</groupId>
            <artifactId>spark-hive_${scala.version}</artifactId>
            <version>${spark.version}</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.apache.spark</groupId>
            <artifactId>spark-mllib_${scala.version}</artifactId>
            <version>${spark.version}</version>
        </dependency>

        <!--ZooKeeper-->
        <dependency>
            <groupId>org.apache.zookeeper</groupId>
            <artifactId>zookeeper</artifactId>
            <version>${zookeeper.version}</version>
        </dependency>
    </dependencies>
    <build>
<!--        <sourceDirectory>src/main/scala</sourceDirectory>-->
<!--        <testSourceDirectory>src/test/scala</testSourceDirectory>-->
        <plugins>
            <plugin>
                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
                <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
                <configuration>
                    <source>${java.version}</source>
                    <target>${java.version}</target>
                    <encoding>UTF-8</encoding>
                    <showWarnings>true</showWarnings>
                </configuration>
            </plugin>
            <plugin>
                <groupId>org.scala-tools</groupId>
                <artifactId>maven-scala-plugin</artifactId>
                <version>2.15.2</version>
                <executions>
                    <execution>
                        <goals>
                            <goal>compile</goal>
                            <goal>testCompile</goal>
                        </goals>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>
<!--            <plugin>-->
<!--                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>-->
<!--                <artifactId>maven-surefire-plugin</artifactId>-->
<!--                <version>2.19</version>-->
<!--                <configuration>-->
<!--                    <skip>true</skip>-->
<!--                </configuration>-->
<!--            </plugin>-->
        </plugins>
    </build>
</project>

edata-base-component在自定义工程中的使用

我们可以先大致看看在自定义工程edata-base-test中是如何使用edata-base-component的,首先是POM文件

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0"
         xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
         xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">

    <parent>
        <artifactId>edata-base</artifactId>
        <groupId>com.edata.bigdata</groupId>
        <version>1.0-SNAPSHOT</version>
    </parent>
    <artifactId>edata-bigdata-test</artifactId>
    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>

    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>com.edata.bigdata</groupId>
            <artifactId>edata-base-component</artifactId>
            <version>1.0-SNAPSHOT</version>
        </dependency>
    </dependencies>
</project>

如上所示,edata-base-test引用了edata-base-component的包。便可以如下图般使用相关的库。

package com.edata.bigdata.viewmain
import com.edata.bigdata.bean.MyClass
import com.edata.bigdata.mongo.{SparkMongoConnector, SparkMongoImpl}
object testing {
  def main(args: Array[String]): Unit = {
    //创建连接器
    val connector:SparkMongoConnector = new SparkMongoConnector()
    connector.appname="SparkMongoTesting"
    connector.master = "local[*]"
    connector.ipport = "192.168.36.141:27017"
    connector.database = "spark"
    connector.collection = "collection"
    connector.username = "admin"
    connector.password = "123456"
    //connector.uri = "mongodb://admin:123456@192.168.36.141:27017/spark.collection?authSource=admin"
    //创建Spark-mongo数据交互实例,赋予连接器
    val smi = new SparkMongoImpl[MyClass]
    smi.connector = connector
    val data = smi.find()
    data.first()
    smi.save(data)
  }
}

自定义工程在使用edata-base-component时,只需要实现两步
(1)创建Spark与其他中间件的连接器(connector)实例。
(2)创建Spark与其他中间的接口实例,创建过程中传入自定义case class(上面代码是MyClass),并将连接器实例赋给接口实例。

edata-base-component的模块划分

如下图所示
在这里插入图片描述
edata-base-component根据Spark与主流中间件在交互上的不同划分模块,例如hdfs,mongodb,postgresql等,此外还有一些工具类,以及针对自定义case class的反射转换。使得基于edata-base-component开发的Spark程序能够自动将用户定义的case class转换成DataFrame中的Schema

工程的使用

将edata-base-component工程打包成Jar,并在自己的自定义工程里进行引用,POM文件如下

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0"
         xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
         xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
    <parent>
        <artifactId>edata-base</artifactId>
        <groupId>com.edata.bigdata</groupId>
        <version>1.0-SNAPSHOT</version>
    </parent>
    <artifactId>edata-bigdata-test</artifactId>
    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>com.edata.bigdata</groupId>
            <artifactId>edata-base-component</artifactId>
            <version>1.0-SNAPSHOT</version>
        </dependency>
    </dependencies>
</project>

总体上,可以将基于edata-base-component的代码分成两个部分,创建连接器,以及调用API

    val connector:KafkaComsumeConnector = new KafkaComsumeConnector()
    connector.appname = "SparkKafkaComsumerTesting"
    connector.master = "local[*]"
    connector.bootstraps = "localhost:9092"
    connector.topic = "topicA"
    connector.group_id = "direct"

    val ski = new SparkKafkaImpl[String,String]
    ski.comsumeConnector = connector
    ski.createDirectStream()

    ski.stream.foreachRDD(rdd=>{
      rdd.foreach(println)
      val kvRDD = rdd.map(record=>(record.key,record.value))
      kvRDD.foreach(println)
    })
    ski.start()

在这里插入图片描述

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差异表达分析是一种常用的方法,用于比较不同条件下基因表达水平的变化。GEOquery和limma是R语言中广泛使用的两个包,可用于处理和分析芯片数据的差异表达。下面是使用GEOquery和limma进行差异表达分析的步骤: 1. 下载和导入芯片数据 使用GEOquery包中的getGEO函数下载芯片数据并导入到R中。例如,如果您要下载GSE12345数据集,可以使用以下代码: ``` library(GEOquery) gset <- getGEO("GSE12345") ``` 2. 数据质量控制 在进行差异表达分析之前,需要对数据进行质量控制。使用GEOquery包中的summary函数和plotPCA函数可以对芯片数据进行基本的质量控制。例如,可以使用以下代码绘制PCA图: ``` library(limma) library(GEOquery) gset <- getGEO("GSE12345") edata <- exprs(gset[[1]]) edata <- t(edata) edata <- na.omit(edata) fit <- prcomp(edata) plotPCA(fit) ``` 3. 数据预处理 对芯片数据进行归一化和标准化处理,以消除不同芯片之间的差异,并确保数据符合正态分布。常用的预处理方法包括RMA、GCRMA、MAS5等。使用limma包中的normalizeBetweenArrays函数可以对芯片数据进行预处理。例如,可以使用以下代码对芯片数据进行RMA预处理: ``` library(limma) library(GEOquery) gset <- getGEO("GSE12345") edata <- exprs(gset[[1]]) edata <- t(edata) edata <- na.omit(edata) edata <- backgroundCorrect.RMA(edata) edata <- normalize.quantiles.RMA(edata) edata <- log2(edata) ``` 4. 差异表达分析 使用limma包中的lmFit函数和eBayes函数可以进行差异表达分析。lmFit函数用于拟合线性模型,eBayes函数用于对差异表达结果进行统计显著性检验。例如,可以使用以下代码进行差异表达分析: ``` library(limma) library(GEOquery) gset <- getGEO("GSE12345") edata <- exprs(gset[[1]]) edata <- t(edata) edata <- na.omit(edata) edata <- backgroundCorrect.RMA(edata) edata <- normalize.quantiles.RMA(edata) edata <- log2(edata) factors <- c(0,0,0,1,1,1) design <- model.matrix(~factors) fit <- lmFit(edata, design) fit <- eBayes(fit) results <- topTable(fit, adjust="BH", sort.by="P", n=1000) ``` 上述代码中,factors表示芯片数据中不同样本的分组信息,design表示设计矩阵,fit表示拟合的线性模型,results表示差异表达结果。 5. 结果分析 根据差异表达结果,可以进行进一步的功能分析、通路分析等。常用的工具包括ClusterProfiler、GOstats、KEGGprofile等。例如,可以使用以下代码进行GO分析: ``` library(ClusterProfiler) gset <- getGEO("GSE12345") edata <- exprs(gset[[1]]) edata <- t(edata) edata <- na.omit(edata) edata <- backgroundCorrect.RMA(edata) edata <- normalize.quantiles.RMA(edata) edata <- log2(edata) factors <- c(0,0,0,1,1,1) design <- model.matrix(~factors) fit <- lmFit(edata, design) fit <- eBayes(fit) results <- topTable(fit, adjust="BH", sort.by="P", n=1000) genes <- rownames(results) geneList <- names(genes) geneList <- names(genes)[abs(results$logFC) > 1 & results$adj.P.Val < 0.05] ego <- enrichGO(geneList, OrgDb="org.Hs.eg.db", ont="BP") barplot(ego) ``` 上述代码中,geneList表示差异表达基因列表,ego表示进行GO分析所得到的富集结果。

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