python
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tangxc10
这个作者很懒,什么都没留下…
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用python编写统计fasta格式的序列的长度脚本
如果用perl来编写统计fasta序列的长度脚本,很简单的几行代码就可以搞定,但是想了想,觉得用python写更时候处理大的文件,尤其是想用python实现多线程处理。因此,就有了用python来编写最初版的统计fasta序列长度的脚本的想法。 运行方法:nohup python stat_length.py input.fasta > input.len &运行结果:>Aquca_0原创 2015-09-30 22:22:24 · 9318 阅读 · 1 评论 -
用python统计scaffold的N50等信息
最近用python编写了统计scaffoldN50和contigN50等信息的脚本。运行结果截图如下:源代码如下:#!/usr/bin/env python#func: cal N50,N60,N70,N80,N90,finalimport os,sysimport operatorimport datetimeimport refrom optpars原创 2015-09-30 22:12:43 · 6432 阅读 · 0 评论 -
用python进行项目实训的计划
以下是用python来完成一些项目的相关的计划,主要分三个阶段:第一阶段:将perl相关的程序翻译成python,主要是对现有的工作中的perl脚本能够熟练地改写成python,以达到熟练运用python的目的主要的项目内容有: 1. 完成基本的用perl编写的,而且代码量在100以内的小程序,如统计GC含量、fasta原创 2015-10-06 22:46:57 · 4525 阅读 · 0 评论 -
[python项目一]查找输出fasta序列的gap的起始终止等信息
一、需要实现的程序内容及输出:对于输入的fasta序列,编写程序查找里面N的起始,终止位置等信息,如下面的染色体test.fa序列为例:>1 dna_sm:chromosome chromosome:UMD3.1:1:1:158337067:1 REFaaattagacactgaagagacttggaaagagaggaagtcaaataacaaagaagaggaaaccaaaagg原创 2015-10-08 10:56:17 · 2675 阅读 · 0 评论 -
【转】python的内建函数:filter,map,reduce,lambda,sorted等
Python内置了一些非常有趣但非常有用的函数,充分体现了Python的语言魅力!filter(function, sequence):对sequence中的item依次执行function(item),将执行结果为True的item组成一个List/String/Tuple(取决于sequence的类型)返回:>>> def f(x): return x % 2 != 0 and转载 2015-12-01 20:26:06 · 536 阅读 · 0 评论 -
Python中的swap函数
问:Python中为什么没有swap(a, b)方法?我们在Python中如何交换对象?Python 不使用这种方式(swap(a, b))。Python以引用方式管理对象,你可以交换引用,但通常不能交换内存中的对象值。当然你也不需要这样做。在C++中这种函数用来交换“a和b的值”。在Python中,a和b的值不会发生交换,但位于当前命名空间中的标记(如a和b)是可以交换的。而对象本身是仍转载 2016-02-19 00:21:06 · 35922 阅读 · 0 评论