Materials Studio 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记

MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记

MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记
这几天重新配置了一下计算环境，顺便记录下来供同行参考，这次以安装MS5.0为例，实际上4.0，4.2，4.4的版本这几天我都配置过了，方法基本相同。
1.操作系统环境说明
客户端要求是Windows XP Professional - SP3或Vista (Business & Enterprise Editions) SP2，客户端只支持32位操作系统，也就是说装了64位的操作系统也无法用64位计算，只能运行在兼容32位模式下。
服务器端硬件现在一般是IA32或x86-64，后者较多，操作系统一般有windows、UNIX和LINUX。如果是用windows系列，可以用以下几种：
•Windows Server 2003, all editions - SP2 and R2
•Windows Server 2008, all editions - SP2
•Windows XP Professional - SP3
•Windows Vista (Business & Enterprise) - SP2
如果用UNIX系列（包含LINUX）可以用以下几种：
•x86 (32-bit)
Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8
SuSE™ Linux Enterprise Server 10 (SP1 and SP2)
•x86-64 (64-bit)
Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8
Red Hat Enterprise Linux - 5.3 and 5.4
Red Hat Enterprise Linux Desktop - 5.3 and 5.4
SuSE Linux Enterprise Server - 10 (SP1 and SP2) and 11
一般最小化安装就可以，不需要图形界面，但所有节点都要安装一些补丁，下面我以64位centos 4.8版为例，其他版本请参考README_Materials_Studio.htm中关于system_requirements_info部分：
glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit)
libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)
libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)
compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3 (32-bit)
hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64
这里要注意，除了HPMPI以外，其他都要同时安装32位和64位两种版本，HPMPI也要在所有参与计算的节点上安装。
2.SSH和RSH免认证设置，一般都是使用SSH免认证登录。
首先确认rsh-server包是否安装，方法参考Installing Materials Studio on a Linux cluster中的部分内容或网上搜索，很多教程：
HP-MPI使用rsh的话要保证各节点间可以免认证访问，这可以通过创建或修改/etc/hosts.equiv文件来实现，一般来说，hosts.equiv中要包含这样的内容：

localhost
节点１机器名
节点２机器名
……
节点n机器名
如果要使用SSH的话，首先要确认SSH服务是否安装，一般来说，SSH服务默认是安装的，测试方法如下：
ssh localhost
如果已经安装，你可以看提示符换行，并切换到当前用户的用户目录，如果没有出现这样的提示的话，就不能使用对称多处理器并行，需要检查SSH是否可用。
如果出现要求你输入密码的提示符，你就需要进行SSH免认证设置。当你第一次采用SSH登录时一般会看到以下提示：
The authenticity of host 'dewer2 (133.27.92.5)' can't be established.
RSA key fingerprint is cf:d6:77:c6:db:42:99:6f:11:07:f3:38:46:7b:f9:05.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?
回答yes继续，片刻后，看到一个新的提示符.
配置SSH免认证登录的方法如下：
为当前安装MS网关的用户创建一个公钥对，方法如下:
$> ssh-keygen -t rsa
不要输入任何密码字符串，只回车两次就可以了。
产生的私钥放于~/.ssh目录下的id_rsa 和id_rsa.pub文件中，将id_rsa.pub文件另存为 authorized_keys2。
改变读写权限，保证目录~./ssh和里面的文件不被其他任何用户访问，否则无法实现免认证登录，操作方法如下：
切换路么到保存密钥之处
cd ~/.ssh
设置权限
chmod 600 *
设置目录访问权限
chmod 700 .
Materials Studio用户的主目录必须设为对其他用户只读权限，如果其他用户有写权限的话，SSH还要要求输入密码，操作过程如下：
切换到用户的主目录
cd ~
改变权限，命令如下：
chmod 755 .
在各节点进行同样的操作，然后将所有id_rsa.pub的内容全并到一个文件里并命名为 authorized_keys2，放到每一个节点的~/.ssh路径下。 这样应该就可以做到免认证SSH了，如果还提示要输入密码的

话再仔细检查一下上述各步是否有误。
注意，MS的安装用户一定是非root用户，否则无法实现免认证登录，也无法实现多节点并行。
3.MS安装
先将MS文件上传到主节点，可以以打包的形式上传，也可以先做成ISO，我一般是习惯先做成ISO上传，以免出现权限不够的问题，遇到权限不够的时候改变文件属性，加上执行权限就可以了。
上传后将ISO文件挂载到某一目录下，如果想挂到根目录下mnt目录下的iso目录中，命令如下：
mount -o loop -t iso9660 ms50_unix.iso /mnt/iso
在主节点上切换到MS安装用户，本人用的是msi，然后到换到/mnt/iso/UNIX下执行./Install --type cluster,或是直接./mnt/iso/UNIX/Install --type cluster
--type cluster这个参数是并行时必须的加的参数，另一个要注意的就是要用非root用户安装。
安装过程中其他基本上用默认的就可以，但有一个临时文件夹建议不要放在共享目录下，每个节点放一个tmp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。比如说我的安装目录是/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那tmp我就放在/home/msi/下，用MS的用户创建，保证可写入。其他每个节点的用户目录下都创建一个tmp目录。安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点。
先将Accelrys共享，编辑/etc/exports，加入下面一行内容：
/home/msi/Accelrys    *(rw,no_root_squash)
保存退出后，重启NFS服务
service NFS restart
然后到其他节点上，su root，输入密码，执行以下命令：
mount -t nfs   主节点名:/home/msi/Accelrys /home/msi/Accelrys
再将hosts.equiv文件放在/etc下和/home/msi/Accelrys/etc下.
将licenses里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放到/home/msi/Accelrys/LicensePack/Licenses里。
修改
/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：CPU数。修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。
重新启动网关，进入/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，执行
./msgateway_control_18888 start
到此，LINUX下的安装结束。
回到windows下，配置服务控制台，加入新的网关，然后测试是否可用，如有问题再回头一下排查。
写的较匆忙，可能有不准确的地方，以后慢慢再修改。