Material Studio 5.0安装

负责学校高性能计算平台，还在用盗版软件，前些天安装Material Studio4.4总是并行不了，前天朋友给了个5.0版本，安装试试。参考MaterialStudio v4.3安装手册

1.用普通帐户安装

ye@ ./Install –t cluster

复制你的license文件到/../Accelrys/License_Pack/licenses 

2.修改
~/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：CPU数。修改~/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。  

否则在客户机上的job_control中只能看到安装节点上的cpu

3.启动网关，进入~/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，执行
./msgateway_control_18888 start 

使用root账号进行配置： 使gateway自启动：

#cp /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d

#cd /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/

#/sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888

 

发现一些问题：

1.用4.4的license也能启动5.0，由于先安装了4.4，不知怎么卸载，重新安装5.0，license用的是一个文件夹~/Accelrys/LicensePack/，直接就启动了。

2.Gateway start failed - process 6194 is not running.
装的时候不要用root帐户，用自己的帐户，并且装在自己的主目录里，再启动就不会有问题了。

3.现在只用castep，要把~/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/servers/Castep.pl权限修改可读。

 

简单试验时环境：

有 .cell和.param文件

PBS脚本

ye@node1:~/test/ms> cat run.pbs
#!/bin/sh
#PBS -N castepjob
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -q low

cd ~/test/ms
RunCASTEP.sh TiCl3-alpha
ye@node1:~/test/ms> cat RunCASTEP.sh
#!/bin/sh

MS_INSTALL_ROOT=/public/home/ye/Accelrys/MaterialsStudio50
export MS_INSTALL_ROOT
server=Castep
$MS_INSTALL_ROOT/share/bin/runMSserver.sh $server $*
if [ $? != 6 ]; then
     exit $?
fi

cat $MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.Readme

 

 

安装完Material Studio 5.0后一直在试验PBS脚本的编写，参考了网上普遍的脚本，根据自身情况试验几个可用的。

1.首先是配置环境变量，.bashrc的内容如下：

# User specific aliases and functions
# Parallel Environment Setting for Materials Studio 5.0
export MS_INSTALL_ROOT=/public/home/ye/Accelrys/MaterialsStudio50
export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3
export DMOL_TMP=~/scratch
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public/home/ye/Accelrys/LicensePack/linux/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib
export TMPDIR=$DMOL_TMP
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin
. ~/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profile
eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT/ -s sh`
############################################
2.我试验的模型工程名称为TiCl3-alpha，有输入文件TiCl3-alpha.param和TiCl3-alpha.cell，执行完成之后出现TiCl3-alpha.castep等文件。

脚本1

#!/bin/sh
#PBS -N castep-job
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -q low

cd ~/test/ms
mpirun -np 8 -prot -ibv -cpu_bind=v $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe TiCl3-alpha
#RunCASTEP.sh TiCl3-alpha

############################################

脚本2

#PBS -N TiCl3-alpha
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -q low

ulimit -l unlimited
ulimit -s unlimited
project_name=TiCl3-alpha
cd $PBS_O_WORKDIR
rm .machine
rm APPFILE
rm $project_name.castep

NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`

$MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name"

/opt/hpmpi/bin/mpirun  -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v -prot -f ./APPFILE
#$MPI_ROOT/bin/mpirun  -f ./APPFILE

############################################
脚本3

#PBS -N TiCl3-alpha
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -q low

project_name=TiCl3-alpha
cd $PBS_O_WORKDIR
#cd ~/test/ms

rm .machine
for NODE in `cat $PBS_NODEFILE`
do
   echo "-h $NODE -np 1 -e MPI_WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR /
   $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name" >> .machine
done
   $MS_INSTALL_ROOT/hpmpi/opt/hpmpi/bin/mpirun -f .machine

############################################