MOLPRO并行编译教程

MOLPRO并行编译教程

今天继续为大家奉献上molpro2006.1版本的编译经历，希望对各位坛友有帮助。 编译过程时，建议以管理员root帐号登录，避免很多因为权限所导致的错误。，编译过程中，很多问题都可能是权限原因导致的，稍微注意一下就没问题了。在编译完毕以后再修改权限，让用户可以执行就ok了 准备工作： 1、molpro想要并行，需要Global Arrays（以下简称ga）工具，该工具是免费软件，可以在其主页http://www.emsl.pnl.gov/docs/global/填个申请单，下载最新版本。目前最新的正式版本是4.0.8。 2、编译molpro需要PGI编译器6.0版本以上或intel ifort编译器9.0以上以及cmkl或者mkl函数库。intel ifort和mkl可以在intel网站http://www.intel.com/cd/software/products/apac/zho/download/eval/232977.htm上填写个email地址注册下载免费评估版本。 Global Arrays下载后文件为ga-4-0-8.tgz，在/home下 tar -zxvf ga-4-0-8.tgz 解压得到ga-4-0-8文件夹，编译有多种方式，可以选择tcgmsg或mpi等，需要根据自己集群的具体系统和网络情况来选择，与molpro合用一般情况下推荐tcgmsg，只要按如下编译即可，简单稳定： cd ga-4-0-8 make TARGET=LINUX64（TARGET= 的选项有很多种选择） 我的CPU和系统都是64位的，所以写的是LINUX64 等几分钟，会提示编译成功，在ga-4-0-8的库文件夹lib下会生成一个LINUX64文件夹，在ga-4-0-8根目录下还有个tcgmsg文件夹，其下ipcv4.0文件夹下的parallel文件为并行执行文件，可以用它执行ga下global/testing/test.x的测试文件： ./home/ga-4-0-8/tcgmsg/ipcv4.0/parallel /home/ga-4-0-8/global/testing/test.x 运行成果，则说明ga编译成功。（好的开始是成功的一半，呵呵） intel ifort和mkl下载后都是tgz文件，用tar –zxvf 解压后分别得到相应的文件夹，分别运行其目录下的安装文件install，按图示输入相应的选择以及下载时的序列号就ok了，比较简单。 或者如果下载安装的是pgi编译器的rpm安装包的话，直接rpm –ivh xxxxx.rpm安装就ok了 万事俱备，只欠东风了 在集群登录账户根目录下建立.molpro文件夹，注意前边有个点，将molpro2006的license文件token拷贝到该文件夹下 拷贝molpro2006源文件到某个目录，我是拷贝到/home/gauss下的，解压molpro2006源文件的压缩包 tar –zxvf molpro2006.1.tar.gz cd molpro2006.1 ./configure –i8 –mpp –largefiles –em64t –ifort 其中-i8是使用64位积分文件，molpro可以使用更多的活性空间轨道 -mpp是编译并行版本，-largefiles是使用大于2GB的临时文件，-em64t或者-x86_64是CPU类型，如果是amd的cpu，可以使用-amd64，-ifort是使用intel ifort编译器，或也可以使用-pgf来指定使用pgi fortun编译器，我试过都可以。 输入上述命令，敲回车后，屏幕会提示给出刚才安装的mkl或者cmkl函数库的路径，这个时候系统会给定一个默认的路径，应该就是你刚才安装的路径，如果无误，直接再按回车就行（我下次再截图给各位） 此后有两个选项关于lapack函数库位置和ga的并行方式，按默认的就可以，再后就是给出ga的库文件路径： /home/ga-4-0-8/lib/LINUX64 注意大小写哦，linux操作系统大小写是严格区分的 接着提示输入并行程序位置 /home/ga-4-0-8/tcgmsg/ipcv4.0/parallel 之后按默认设置就可以了 其中提示输入编译生成的运行文件和库文件的存放路径，默认是/usr/local/bin和/usr/local/lib，可以按自己的需求修改，我就修改成/home/gauss/molpro2006.1/bin/molpro-mpp-linux-i8-x86_64和/home/gauss/molpro2006.1/lib 设置就ok了 然后在/home/gauss/molpro2006.1目录下输入 make 依机器情况，等待编译结束，编译完成后在刚才输入的/home/gauss/molpro2006.1/bin/molpro-mpp-linux-i8-x86_64文件夹下会生成相应的执行程序和相关配置文件molpro.rc vi /home/gauss/molpro2006.1/bin/molpro-mpp-linux-i8-x86_64/molpro.rc 根据自己的具体情况修改临时文件的存放目录（-D –I –W 选项），并行运行使用的内存总数(-G选项)和单个CPU使用的内存（-m选项），注意内存数的单位是word，不是bit，1word＝8bit 编辑用户根目录下的.bashrc或者.bash_profile文件，加入下面一行语句： export PATH=$PATH: /home/gauss/molpro2006.1/bin/molpro-mpp-linux-i8-x86_64(这里输入自己刚才设置的存放执行程序的路径) 然后再用下面的命令让其生效： source .bashrc 或者 source .bash_profile 注意用root帐号修改molpro2006.1文件夹权限，让用户可以有权限执行。 在用户目录下执行测试文件 Molpro –n 2 try.dat -n为CPU进程选项，2代表使用2个CPU进程 用top命令看一下进程，有2个molpro进程和一个parallel并行控制进程就对了 单机多进程并行大功告成 但要多机并行，还得设置无密码rsh登录才行，否则会出现连接拒绝而出错。rsh在高斯多机并行的时候也是需要的，当然高斯还可以使用ssh。 设置无密码rsh登录： 1、 检测每台机器上的rsh配置 [root@mzyy01 root]# rpm -aq |grep rsh rsh-0.17-25 rsh-server-0.17-25 如果没有server，需要安装rsh-server，可以在http://rpm.pbone.net/index.php3?stat=3&search=rsh-server&srodzaj=3上选择相应操作系统的rsh-server下载安装： rpm -ivh rsh-server-0.17-25.rpm 2、 修改/etc/xinetd.d/rsh rexec ，rlogin脚本文件，将其中的disable = yes修改为disable = no 创建/etc/hosts.equiv文件，该文件给出各个计算节点的完整计算机名或者ip地址也行，如果用计算机名，一定要写完整，而且不能用别名，否则不能实现无密码rsh登录，所以最好用ip地址，例如： 10.255.255.234 10.255.255.235 10.255.255.236 10.255.255.237 3、 启动rsh server /etc/init.d/xinetd restart Ok，搞定，可以切换到非root帐号，用[ft=,,][ft=,,Times]rsh