肺实质分割

------对于医学图像分割的初学者而言，肺实质分割是一个很好的入门项目。目前，近乎所有肺部疾病的医学影像处理的预处理都包含肺实质分割，其重要性不言而喻。我本人的本科毕业设计的课题是肺结节的检测，肺实质的分割也是我的预处理之一。这个课题还是具有相当的难度的，所以在一开始，文献阅读甚是折磨，算法实现更是难于青天。不过，作为CSDN的一员，怎会服输!在完成大部分工作后，觉得本人在CSDN习得诸多武艺，应当有所分享，故作此文。虽说内容简单，但是也是一番心意，在此献丑，诸位勿怪。
话不多说，直接上干货，我尽量以当时自己一无所知的情况来分享，内容啰嗦，还请海涵。首先，展示一张肺部CT图像，从直观上介绍一下：

该图上可以清晰地看到肺部的各种结构，事实上，在做肺部图像处理时，我们用不到躯干和床板（躯干下边的那些弧形影像），将肺实质分割出来可以大大减少后续操作（例如：肺血管分割）的计算量。这是很现实而又充分的理由，毕竟天下武功，唯快不破。前面提到，肺实质的分割难度较低，但是依旧存在难点的，不然岂不对不起各位大侠的一身武艺了：
（1）肺部病变。一般情况下，从医院获取的肺部CT图像会有各种病变组织（毕竟没病也不太可能去拍CT），增加分割难度，因为你很难设计一个通用的算法来应对各种疾病造成的图像异常，也从侧面体现了算法的鲁棒性的重要性。
（2）左右肺黏连。虽然说，完整的提取肺实质很重要，但是也保证左右肺不能黏连，因为会影响肺容量等指标的的计算。
(在这里先插一句，如果各位没有渠道获取肺部CT图像，那么可以下载公开的肺部数据集，例如：http://image.diku.dk/exact/ )
言归正传，肺实质分割最普遍的做法是，最普遍的分割方法是采用阈值将肺实质和胸腔的其他结构分离，并基于区域生长方法获得连通的左、右肺，移除主气管和伸入肺的主支气管，再填充实质中血管、结节等形成的孔洞，得到完整的肺组织[1]。
一般来说，写论文都要对课题进行调研，然后写一段文献综述，对现有的各种方法进行介绍和对比，为了偷懒，我就不写了，不过我还是建议大家可以从相关课题的综述入手，至少要知道这个课题的研究进展如何，遇到那些难点，我可以对哪些方法进行改进等等。并且，尽量多看英文文献，毕竟前沿的文章都是英文书写的。前人有言：师夷长技以制夷。
本文采用区域生长法和全局阈值法两种方法分别对肺实质进行分割，并对两种算法进行比较。坦白说，这两种算法属于较为简单的算法，与现有的各种复杂的算法相较而言，胜在稳定、快速、简单而又易于实现，并且分割效果足以满足后续需求，故不再费时费力费脑子去复现大牛的文章。

1基于全局阈值法的肺实质分割
从图像上可以看到，肺实质在图像上是巨大的低灰度连通区域，而其他无关结构的灰度值较高，这为阈值法提供了基础：待分割区域灰度值集中且与其他区域相差较大。全局阈值法是一个不断迭代求取最终阈值的方法，我不想贴图敷衍大家，所以我用自己的话来描述该算法：
（1）为全局阈值设置初始值T，一般而言，若图像中最大的灰度值为Tmax,最小的灰度值为Tmin,那么 :
T=(Tmax+Tmin)/2
（2）以T为阈值将图像分为前景（灰度值大于等于T）和背景（灰度值小于T），计算前景的平均灰度值TF
和背景的平均灰度值TB。
（3）更新阈值T：
T=(TF+TB)/2
（4）重复步骤（2）（3）知道T不在变化为止。

这个算法在CSDN有很多详细的解读和代码，在此就不在班门弄斧了。下图就是算法结果：

可以看出效果很好，但是我们的目的是分割肺实质，这里并没有达到目的，所以我们继续处理：取反

可以看到下面的任务就是去除床板和消除孔洞。所以我们用半径为5的圆形结构单元进行闭运算再取反（这里的闭运算操作在CSDN有详细的介绍）：


现在，床板还在不屈不挠地干扰我们，不过已是强弩之末，途中明显只有两个连通区域，一个为床板，一个就是躯干，我们只要提取最大的连通区域（这个很幸运，CSDN又有详细的介绍，感谢！）即可去除床板：（弱弱说一句，Matlab实现这个超级简单）（连通区域的面积指的是连通区域内像素的个数）

现在我们得到的是躯干的掩膜，下一步将该掩膜进行孔洞填充获得新的掩膜，两个掩膜相减即可得到肺实质掩膜：


可以看到，我们基本上已经得到肺实质的掩膜了，但是就差将红框中的气管去除就大功告成了。我们可以提出连通区域面积小于S的连通区域即可，我这里设置为S=1000：


到了这一步，我们就可以欢呼了，肺实质分割大法练成。这里在回顾一下算法流程：
（1）全局阈值分割
（2）取反
（3）半径为5的圆形结构单元，进行闭运算
（4）取反
（5）提取最大连通区域
（6）孔洞填充
（7）掩膜相减
（8）剔除面积小于1000的连通区域（气管）
（9）用掩膜乘原图获得肺实质图像
代码我放在着这了，与本文结果一致 https://download.csdn.net/download/tianjinyikedaxue/11167108

2基于区域生长法的肺实质分割
简单来说，在肺实质中选取一点作为种子点，进行三维区域生长，在进行形态学处理即可，虽然我已经实现了，但是我写到这已经不想写了，有机会再来更新吧。

最后，希望有所收获的各位能够点赞，分享。代码的话后面忙完论文就回来填坑。